Tài liệu đánh giá hiệu quả của thử nghiệm blue carba so với thử nghiệm mcim trong việc phát hiện enterobacteriaceae tiết carbapenemase

. BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH ———— NGUYỄN THỊ HƯƠNG LAN ĐÁNH GIÁ HIỆU QUẢ CỦA THỬ NGHIỆM BLUE-CARBA SO VỚI THỬ NGHIỆM mCIM TRONG VIỆC PHÁT HIỆN Enterobacteriaceae TIẾT CARBAPENEMASE LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT Y HỌC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – 2019 . . BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH ----------------- NGUYỄN THỊ HƯƠNG LAN ĐÁNH GIÁ HIỆU QUẢ CỦA THỬ NGHIỆM BLUE-CARBA SO VỚI THỬ NGHIỆM mCIM TRONG VIỆC PHÁT HIỆN Enterobacteriaceae TIẾT CARBAPENEMASE Ngành: Kỹ Thuật Xét Nghiệm Y Học Mã số: 872 06 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: 1. PGS.TS.BS. VÕ THỊ CHI MAI 2. TS.BS.TRƯƠNG THIÊN PHÚ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – 2019 . . LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Tất cả cơ sở dữ liệu, tài liệu tham khảo trong đề tài này là hoàn toàn trung thực và tuân theo đúng yêu cầu của một đề tài nghiên cứu. Luận văn này là duy nhất và chưa từng được công bố trong bất cứ công trình nghiên cứu nào khác. Tác giả luận văn Nguyễn Thị Hương Lan . . MỤC LỤC Lời cam đoan ...................................................................................................... i Danh mục viết tắt ............................................................................................. vi Danh mục bảng............................................................................................... viii Danh mục biểu đồ ............................................................................................. x Danh mục hình ................................................................................................. xi Tóm tắt luận văn.............................................................................................. xii Abstract .......................................................................................................... xiv ĐẶT VẤN ĐỀ ................................................................................................... 1 CÂU HỎI NGHIÊN CỨU ................................................................................ 3 MỤC TIÊU ........................................................................................................ 3 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU ........................................................... 4 1.1 TỔNG QUAN VỀ ĐỐI TƯỢNG VI SINH VẬT NGHIÊN CỨU ...... 4 1.1.1 Đại cương ....................................................................................... 4 1.1.2 Tính chất nuôi cấy .......................................................................... 4 1.1.3 Khả năng gây bệnh ......................................................................... 5 1.1.4 Các loại vi khuẩn thường gặp ........................................................ 5 1.1.5 Mức độ đề kháng kháng sinh ......................................................... 7 1.2 TỔNG QUAN VỀ KHÁNG SINH ...................................................... 7 1.2.1 Đại cương về kháng sinh ................................................................ 7 1.2.2 Hiện tượng đề kháng kháng sinh.................................................... 9 1.3 CƠ CHẾ ĐỀ KHÁNG CỦA VI KHUẨN VỚI KHÁNG SINH ....... 12 1.3.1 Vi khuẩn tiết enzim để phá hủy hoạt tính của kháng sinh ........... 12 1.3.2 Vi khuẩn thay đổi khả năng thẩm thấu của màng tế bào đối với kháng sinh ................................................................................................. 15 1.3.3 Vi khuẩn làm thay đổi điểm tác động của kháng sinh ................. 15 1.3.4 Vi khuẩn thay đổi con đường biến dưỡng tránh tác động của kháng sinh ................................................................................................. 17 . i. 1.4 CARBAPENEM VÀ CƠ CHẾ KHÁNG CARBAPENEM .............. 18 1.4.1 Đại cương về carbapenem ............................................................ 18 1.4.2 Cơ chế hoạt động.......................................................................... 21 1.4.3 Các cơ chế kháng carbapenem ..................................................... 23 1.5 CARBAPENEMASE ......................................................................... 25 1.5.1 Carbapenemase lớp A .................................................................. 25 1.5.2 Carbapenemase lớp B................................................................... 26 1.5.3 Carbapenemase lớp D .................................................................. 26 1.6 THỰC TRẠNG VỀ PHƯƠNG PHÁP PHÁT HIỆN CRE, CÁC THỬ NGHIỆM PHÁT HIỆN CARBAPENEMASE............................................ 27 1.6.1 Các phương pháp phát hiện CRE ................................................. 27 1.6.2 Một số thử nghiệm phát hiện carbapenemase .............................. 28 1.6.3 Hướng điều trị nhiễm khuẩn do vi khuẩn kháng carbapenem ..... 32 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .............. 34 2.1 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ........................ 34 2.1.1 Thiết kế nghiên cứu ...................................................................... 34 2.1.2 Địa điểm nghiên cứu .................................................................... 34 2.1.3 Dân số mục tiêu ............................................................................ 34 2.1.4 Cỡ mẫu ......................................................................................... 34 2.1.5 Kỹ thuật chọn mẫu ....................................................................... 34 2.1.6 Tiêu chí chọn mẫu ........................................................................ 35 2.2 QUÁ TRÌNH THỰC HIỆN................................................................ 35 2.2.1 Quy trình thực hiện thử nghiệm Blue-Carba................................ 35 2.2.2 Quy trình thực hiện thử nghiệm mCIM ....................................... 38 2.2.3 Quy trình thực hiện thử nghiệm real-time PCR ........................... 42 2.3 PHƯƠNG PHÁP THU THẬP SỐ LIỆU ........................................... 49 2.4 PHẦN MỀM XỬ LÝ SỐ LIỆU ......................................................... 49 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ....................................................... 50 . . 3.1 TỶ LỆ CÁC VI KHUẨN MỤC TIÊU ............................................... 50 3.1.1 Tỷ lệ vi khuẩn Enterobacteriaceae gây bệnh thường gặp ............ 50 3.1.2 Tỷ lệ vi khuẩn Enterobacteriaceae gây bệnh thường gặp kháng carbapenem do tiết carbapenemase........................................................... 51 3.2 SO SÁNH KẾT QUẢ PHÁT HIỆN Enterobacteriaceae TIẾT CARBAPENEMASE CỦA THỬ NGHIỆM BLUE-CARBA SO VỚI THỬ NGHIỆM mCIM .......................................................................................... 52 3.2.1 Kết quả so sánh chung.................................................................. 52 3.2.2 Kết quả so sánh riêng đối với từng vi khuẩn mục tiêu ................ 53 3.3 KẾT QUẢ PHÂN LỚP CARBAPENEMASE .................................. 55 3.3.1 Kết quả thử nghiệm real-time PCR chung ................................... 55 3.3.2 Kết quả thử nghiệm real-time PCR với từng vi khuẩn mục tiêu . 57 3.3.3 Kết quả thử nghiệm real-time PCR với từng kiểu gen................. 59 3.3.4 Kết quả phân lớp carbapenemase của thử nghiệm Blue-Carba ... 64 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN .............................................................................. 72 4.1 ĐÁNH GIÁ HIỆU QUẢ CỦA THỬ NGHIỆN BLUE-CARBA SO VỚI THỬ NGHIỆM mCIM ........................................................................ 78 4.1.1 Đối với vi khuẩn Enterobacter spp. ............................................. 79 4.1.2 Đối với vi khuẩn E.coli ................................................................ 79 4.1.3 Đối với vi khuẩn K.pneumoniae .................................................. 79 4.2 SỰ BẤT TƯƠNG ĐỒNG GIỮA BCT VÀ THỬ NGHIỆM mCIM SO VỚI KẾT QUẢ CỦA THỬ NGHIỆM REAL-TIME PCR................... 79 4.2.1 Đối với 1 chủng vi khuẩn E. coli ................................................. 80 4.2.2 Đối với 2 chủng vi khuẩn K. pneumoniae.................................... 80 4.3 ĐÁNH GIÁ KẾT QUẢ CỦA BCT VÀ THỬ NGHIỆM mCIM SO VỚI KẾT QUẢ REAL-TIME PCR ............................................................. 81 4.3.1 Khẳng định kết quả dương tính với carbapenemase của BCT..... 81 4.3.2 Đánh giá khả năng phân lớp carbapenemase của BCT................ 84 4.3.3 Mục đích sử dụng thử nghiệm Blue-Carba .................................. 85 . . KẾT LUẬN ............................................................................................... 90 KIẾN NGHỊ .............................................................................................. 91 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC . i. DANH MỤC VIẾT TẮT Tiếng anh Tiếng việt AMR: Antimicrobial resistance Kháng kháng sinh BA: Blood Agar Thạch máu CDC: Centers for Disease Control and Trung tâm Kiểm soát và Phòng Prevention ngừa dịch bệnh CLSI: Clinical and Laboratory Standards Viện tiêu chuẩn lâm sàng và Institute, USA CPE: phòng thí nghiệm, Hoa Kỳ Carbapenemase - producing Vi khuẩn đường ruột sinh enzim carbapenemase Enterobacteriaceae CRE: Carbapenem - resistant Vi khuẩn đường ruột kháng Enterobacteriaceae carbapenem DAEC (Diffusely adherent E. coli) E. coli gây kết dính lan tỏa DNA: Deoxyribonucleic acid EAEC (Enteroaggregative E. coli) E. coli gây kết dính đường ruột EDTA: Ethylendiamin Tetraacetic Acid EHEC: Enterohemorrhagic E. coli E. coli gây xuất huyết đường ruột EIEC: Enteroinvasive E. coli E. coli xâm lấn đường ruột EPEC: Enteropathogenic E. coli E. coli gây bệnh đường ruột ESBL: Extended-Spectrum β-lactamases β-lactamase phổ rộng ETEC: Enterotoxigenic E. coli E. coli sinh độc tố ruột EUCAST: The European Committee on Ủy ban châu Âu về thử nghiệm Antimicrobial Succeptibility Testing tính nhạy cảm kháng sinh FDA: Food and Drug Administration Cục Quản lý Thực phẩm và . .i Dược (Hoa Kỳ) GARP-VN: Global Antibiotic Resistance Dự án Hợp tác toàn cầu về Partnership Viet Nam kháng kháng sinh GARP Việt Nam và Đơn vị Nghiên cứu Lâm sàng ĐH Oxford mCIM: Modified Carbapenem Inactivation Phương pháp bất hoạt Method carbapenem cải tiến MDR: Multi Drug Resistance Đa kháng thuốc MHA: Mueller Hinton Agar Thạch MH MHT: Modified Hodge Test Thử nghiệm Hodge cải tiến MIC: Minimum Inhibitory Concentration Nồng độ ức chế tối thiểu PABA: Para-Amino-Benzoic Acid PBP: Penicillin-Binding Protein Protein gắn Penicillin PCR: Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi polymerase PDR: Pan Drug Resistance Kháng thuốc toàn bộ VITEK MS (MALDI-TOF technology): VITEK khối phổ (kỹ thuật VITEK Mass spectrometry Assisted Laser Desorption (Matrix MALDI-TOF) Ionization Time-of-Flight technology) VRE: Vancomycin-Resistant Enterococcus Enterococcus Vancomycin WHO: World Health Organization Tổ chức y tế thế giới XDR: Extended Drug Resistance Kháng diện rộng . kháng ii. DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1: Kháng sinh nhóm β-lactam............................................................. 20 Bảng 1.2: Cách đọc kết quả thử nghiệm đĩa kết hợp MASTDISCS® ID (D70C+D71C + temocillin) ............................................................................ 30 Bảng 2.1: Kết quả thử nghiệm Blue – Carba .................................................. 38 Bảng 2.2: Chương trình khuếch đại ................................................................ 45 Bảng 2.3: Điều kiện đọc kết quả MBL (VIM,IMP,NDM) Real-TM ............. 46 Bảng 2.4: Điều kiện đọc kết quả KPC/OXA Real-TM................................... 46 Bảng 2.5: Phân tích kết quả real-time PCR MDR MBL (VIM,IMP,NDM) .. 47 Bảng 2.6: Phân tích kết quả real-time PCR MDR KPC/OXA........................ 48 Bảng 3.1: Tỷ lệ các vi khuẩn họ Enterobacteriaceae gây bệnh thường gặp ... 50 Bảng 3.2: Phát hiện vi khuẩn họ Enterobacteriaceae tiết carbapenemase ...... 51 Bảng 3.3: Kết quả của thử nghiệm Blue-Carba và thử nghiệm mCIM .......... 53 Bảng 3.4: Kết quả phát hiện vi khuẩn Enterobacter spp. tiết carbapenemase 53 Bảng 3.5: Kết quả phát hiện vi khuẩn E. coli tiết carbapenemase .................. 54 Bảng 3.6: Kết quả phát hiện vi khuẩn K. pneumoniae tiết carbapenemase .... 55 Bảng 3.7: Sự phân bố các kiểu gen carbapenemase ....................................... 56 Bảng 3.8: Số kiểu gen carbapenemase trong vi khuẩn Enterobacter spp. ..... 57 Bảng 3.9: Số kiểu gen carbapenemase trong vi khuẩn E. coli ........................ 58 Bảng 3.10: Số kiểu gen carbapenemase trong vi khuẩn K. pneumoniae ........ 58 Bảng 3.11: Tỷ lệ vi khuẩn tiết KPC ................................................................ 59 Bảng 3.12: Tỷ lệ vi khuẩn tiết NDM .............................................................. 60 Bảng 3.13: Tỷ lệ vi khuẩn tiết OXA-48 .......................................................... 60 Bảng 3.14: Tỷ lệ vi khuẩn tiết đồng thời 2 kiểu gen VIM+NDM .................. 61 Bảng 3.15: Tỷ lệ vi khuẩn tiết đồng thời 2 kiểu gen IMP+NDM ................... 62 Bảng 3.16: Tỷ lệ vi khuẩn tiết đồng thời 2 kiểu gen IMP+OXA-48 .............. 62 Bảng 3.17: Tỷ lệ vi khuẩn tiết đồng thời 2 kiểu gen NDM+OXA-48 ............ 63 Bảng 3.18: Tỷ lệ vi khuẩn chưa xác định kiểu gen ......................................... 64 Bảng 3.19: Thời gian xác định kết quả của thử nghiệm Blue-Carba .............. 64 Bảng 3.20: Xác định kết quả của BCT với kiểu gen KPC .............................. 65 Bảng 3.21: Xác định kết quả của BCT với kiểu gen NDM ............................ 66 Bảng 3.22: Xác định kết quả của BCT với kiểu gen OXA-48 ....................... 66 Bảng 3.23: Xác định kết quả của BCT với kiểu gen VIM+NDM .................. 67 Bảng 3.24: Xác định kết quả của BCT với kiểu gen IMP+NDM ................... 68 . . Bảng 3.25: Xác định kết quả của BCT với kiểu gen IMP+OXA-48 .............. 68 Bảng 3.26: Xác định kết quả của BCT với kiểu gen NDM+OXA-48 ............ 69 Bảng 3.27: Kết quả của BCT với 2 chủng chưa xác định kiểu gen ................ 70 Bảng 4.1: Tỷ lệ vi khuẩn họ Enterobacteriaceae tiết carbapenemase ............. 78 Bảng 4.2: Khác biệt giữa thử nghiệm: Blue-Carba, mCIM và real-time PCR80 Bảng 4.3: Tần suất và tỷ lệ các kiểu gen carbapenemase ............................... 82 Bảng 4.4: Bảng so sánh một số thử nghiệm phát hiện carbapenemase .......... 88 . . DANH MỤC BIỂU ĐỒ Biểu đồ 2.1: Các kênh kết quả MDR MBL (VIM, IMP, IC, NDM) .............. 47 Biểu đồ 2.2: Các kênh kết quả MDR MBL (KPC, OXA, IC) ........................ 48 Biểu đồ 3.1: Kết quả thử nghiệm Blue-Carba và thử nghiệm mCIM ............. 51 Biểu đồ 3.2: Sự phân bố các kiểu gen carbapenemase ................................... 56 Biểu đồ 3.3: Xác định thời gian dương tính của BCT với các kiểu gen ......... 71 . i. DANH MỤC HÌNH Hình 1.1: Các cơ chế tác động của kháng sinh ................................................. 8 Hình 1.2: Nguồn gốc kháng thuốc .................................................................. 11 Hình 1.3: Phương thức lây truyền vi khuẩn kháng thuốc ............................... 12 Hình 1.4: Phân biệt vách tế bào vi khuẩn gram âm và gram dương ............... 15 Hình 1.5: Cơ chế đề kháng kháng sinh ........................................................... 18 Hình 1.6: Peptidoglycan đơn phân của E.coli (trái) và S. aureus (phải) ........ 21 Hình 1.7: Cầu nối pentaglycine (trái) hay cầu nối giữa 2 tetrapeptide (phải) 22 Hình 1.8: Hình ảnh thử nghiệm Hodge cải tiến (MHT) ................................. 28 Hình 1.9: Hình ảnh 2 thử nghiệm Carba-NP và Blue-Carba .......................... 29 Hình 1.10: Thử nghiệm đĩa kết hợp MASTDISCS® ID (D70C+D71C + temocillin) ....................................................................................................... 30 Hình 2.1: Thử nghiệm Blue-Carba.................................................................. 38 Hình 2.2: Quy trình thực hiện mCIM ............................................................. 40 Hình 2.3: Kết quả thử nghiệm mCIM ............................................................. 41 Hình 3.1: Khuẩn lạc họ Enterobacteriaceae trên môi trường MC .................. 50 Hình 3.2: Hình ảnh thử nghiệm Blue-Carba và thử nghiệm mCIM ............... 52 Hình 4.1: Tỷ lệ tử vong do kháng kháng sinh vào năm 2050 trên thế giới .... 73 Hình 4.2: Phân bố các gen carbapenemase trên toàn thế giới ........................ 76 Hình 4.3: Quá trình phát triển kháng sinh ....................................................... 77 . .i TÓM TẮT LUẬN VĂN Đặt vấn đề: Các thử nghiệm nhanh, đơn giản và đáng tin cậy để sàng lọc các loài vi khuẩn gram âm tiết carbapenemase là cần thiết để hỗ trợ tích cực cho việc chọn kháng sinh điều trị phù hợp, góp phần quan trọng vào nhiệm vụ quản lý kháng sinh và giám sát dịch tễ học chương trình kiểm soát nhiễm khuẩn. Vì vậy chúng tôi thực hiện đề tài này nhằm đánh giá hiệu quả của thử nghiệm Blue-Carba (BCT) so với mCIM (modified carbapenem inactivation method) trong việc phát hiện vi khuẩn đường ruột tiết carbapenemase. Đối tượng và phương pháp: Đây là một nghiên cứu cắt ngang. Tiến hành thử nghiệm Blue-Carba song song với mCIM trên 189 chủng Enterobacteriaceae kháng carbapenem (bao gồm các chủng Escherichia coli, Klebsiella spp. và Enterobacter spp. phân lập từ bệnh phẩm lâm sàng, được định danh và thử nghiệm nhạy cảm kháng sinh bằng máy Vitek MS và Vitek 2 compact theo tiêu chuẩn CLSI 2018) tại Bệnh viện Chợ Rẫy. Sau đó, thực hiện real-time PCR tìm 5 kiểu gen carbapenemase (KPC, NDM, VIM, IMP và OXA) trên 94 chủng dương tính hoàn toàn với BCT mà chỉ 91 dương tính với mCIM. Kết quả: Trong số 189 chủng trên, có 178 chủng dương tính (94,2%) và 11 chủng âm tính (5,8%) với BCT; 175 chủng dương tính (92,6%) và 14 chủng âm tính (7,4%) với mCIM. Với hệ số Kappa là 0,87, tỷ lệ tương đồng quan sát của 2 thử nghiệm là 0,98 (KTC: 0,95 – 1,00). Trên 94 chủng dương tính với BCT, real-time PCR phát hiện 92 chủng dương tính với ít nhất một trong 5 kiểu gen carbapenemase kể trên. Kết luận: BCT tương đồng gần như hoàn hảo với thử nghiệm mCIM. Hơn nữa, BCT còn có thể định hướng phân lớp A, B và D carbapenemase. Do . ii. vậy, thử nghiệm Blue-Carba hoàn toàn khả dụng để sàng lọc vi khuẩn tiết carbapenemase tại hầu hết các phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng. Từ khóa: Carbapenemase, CPE, CRE, Blue-Carba, mCIM. . v. ABSTRACT Background: Fast, simple and reliable tests for screening carbapenemase-producing gram-negative bacilli are necessary to actively support the appropriate antimicrobial therapy, to contribute to the antibiotic stewardship, and to survey epidemiological data for infection control programs. Therefore, we conducted this study evaluating the actual availability of Blue-Carba test compared to mCIM for detection of carbapenemase-producing enterobacteria. Materials and method: This is a cross-sectional study. Blue-Carba test (BCT) was conducted in parallel with modified carbapenem-inactivated method (mCIM) on 189 carbapenem-resistant isolates of enterobacteria, including Escherichia coli, Klebsiella spp., and Enterobacter spp., which were isolated from clinical specimens at Cho Ray hospital, identified by Vitek MS and tested for antimicrobial susceptibility by Vitek 2 Compact according to CLSI 2018. Then real-time PCR was performed to determine five types of carbapenemase genes, including KPC, NDM, VIM, IMP and OXA, on 94 of those isolates positive with BCT and 91 of them positive with mCIM. Results: Among these 189 isolates, BCT showed 178 positive strains (94.2%) and 11 negative strains (5.8%); while 175 (92.6%) of these were positive and 14 (7.4%) negative with mCIM. Calculated Kappa coefficient was 0.87 and proportions of agreement of two tests was 0.98 (CI: 0.95 – 1.00). Of those 94 isolates positive with BCT, real-time PCR determined 92 strains producing at least one of the 5 carbapenemase genes mentioned above. Conclusion: The similarity of BCT to mCIM is almost perfect. Moreover, BCT can preliminarily orientate carbapenemase subgroups A, B and D. Therefore, the test is actually effective for screening carbapenemaseproducing enterobacteria in most of clinical microbiological laboratories. Key words: Carbapenemase, CPE, CRE, Blue-Carba, mCIM . . ĐẶT VẤN ĐỀ Tỷ lệ Enterobacteriaceae đề kháng nhiều loại kháng sinh ngày càng gia tăng, các bác sĩ lâm sàng sử dụng kháng sinh carbapenem như là lựa chọn cuối cùng để điều trị hiệu quả các bệnh nhiễm khuẩn nghiêm trọng do các vi khuẩn đa kháng này. Sự xuất hiện và lan truyền của Enterobacteriaceae kháng carbapenem (CRE) là một vấn đề rất đáng quan tâm về lâm sàng và sức khỏe cộng đồng [14] . Các cơ chế kháng carbapenem trong Enterobacteriaceae rất phức tạp, bao gồm các cơ chế: (i) tiết carbapenemase, enzim có khả năng thủy phân carbapenem; (ii) không phải do tiết carbapenemase như vi khuẩn tiết quá nhiều AmpC β-lactamase hoặc ESBL phổ rộng (ESBLs) hay (iii) thay đổi tính thấm của màng tế bào [39], [70] . Mặc dù hiện nay, việc xác định cơ chế kháng carbapenem chưa được khuyến nghị cho việc hướng dẫn các quyết định điều trị và cũng chưa được thực hiện thường xuyên trong hầu hết các phòng xét nghiệm (PXN) vi sinh lâm sàng [19], [67] , sự khác biệt giữa CPE (Carbapenemase Producing Enterobacteriaceae) và không CPE là rất quan trọng đối với mục đích kiểm soát nhiễm khuẩn và giám sát dịch tễ học vi khuẩn gram âm kháng carbapenem. Việc phát hiện ra chúng một cách nhanh chóng và chính xác sẽ hỗ trợ tích cực cho công tác kiểm soát sự lây lan các tính kháng này [16] . Ngoài ra, khi các kháng sinh mới có thể điều trị hiệu quả đối với CPE được đưa vào sử dụng, việc phân biệt CPE với không phải CPE sẽ rất quan trọng cho sự quản lý và sử dụng hợp lý các loại kháng sinh mới này [12]. Mặt khác, một báo cáo gần đây cũng cho thấy vi khuẩn CPE có thể có độc lực cao hơn so với vi khuẩn không phải là CPE [64] . Nếu phát hiện này được xác nhận thì việc xác định các cơ chế kháng thuốc trong CRE sẽ trở nên quan trọng đối với chăm sóc lâm sàng, nhưng các thử nghiệm nhạy cảm kháng sinh (AST: Antimicrobial Susceptibility Testing) không thể xác định . . được CPE và không CPE [17], [63]. Do vậy, Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa dịch bệnh (CDC) hiện khuyến nghị các PXN vi sinh lâm sàng tích cực sàng lọc các chủng vi khuẩn tiết carbapenemase trong CRE [16] . Các thử nghiệm kiểu hình để phát hiện vi khuẩn tiết carbapenemase hiện có như: Hodge test cải tiến, Carba NP, mCIM đều có những hạn chế nhất định như: thời gian thực hiện kéo dài, độ nhạy và / hoặc độ đặc hiệu không cao. Thử nghiệm kiểu gen như: PCR, real-time PCR, giải trình tự gen phát hiện được kiểu gen carbapenemase cụ thể của các lớp Ambler A (KPC, SME, GES, IMI, NMC), Ambler B (VIM, IMP, NDM, GIM, SPM), Ambler D (OXA), tuy nhiên các phương pháp này đắt tiền lại đòi hỏi trình độ kỹ thuật cao. Vì vậy việc tìm ra một thử nghiệm có khả năng phát hiện CPE nhanh chóng, chính xác, dễ thực hiện và phù hợp với điều kiện kinh tế xã hội hiện tại của Việt Nam là yêu cầu cấp thiết. . . CÂU HỎI NGHIÊN CỨU Thử nghiệm Blue-Carba có thể sử dụng thường quy tại các PXN Vi sinh lâm sàng tại Việt Nam trong việc phát hiện vi khuẩn gram âm tiết carbapememase không? MỤC TIÊU Mục tiêu tổng quát Đánh giá hiệu quả của thử nghiệm Blue-Carba so với thử nghiệm mCIM trong việc phát hiện vi khuẩn đường ruột gây bệnh thường gặp như: E. coli, Klebsiella spp., Enterobacter spp. tiết carbapenemase. Mục tiêu cụ thể 1. Xác định tỷ lệ các vi khuẩn E. coli, Klebsiella spp., Enterobacter spp. kháng carbapenem do tiết carbapenemase bởi thử nghiệm Blue-Carba và thử nghiệm mCIM. 2. Đánh giá hiệu quả của thử nghiệm Blue-Carba so với thử nghiệm mCIM. 3. Xác định khả năng phân lớp carbapenemase của thử nghiệm Blue-Carba. . . CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 TỔNG QUAN VỀ ĐỐI TƯỢNG VI SINH VẬT NGHIÊN CỨU 1.1.1 Đại cương Họ vi khuẩn đường ruột là một họ lớn gồm nhiều loại trực khuẩn gram âm, có chung một số tính chất như: [2], [13] a. Lên men glucose b. Khử nitrate thành nitrite. c. Phản ứng oxidase âm tính. Ngoài ra, còn có một số vi khuẩn khác sống ở đường ruột nhưng không thuộc họ Enterobacteriaceae. Việc phân loại các vi khuẩn thuộc họ Enterobacteriaceae khá phức tạp. Những năm gần đây, nhiều kỹ thuật mới được áp dụng, đặc biệt là kỹ thuật khảo sát DNA, đã bổ sung thêm một số chi và loài khác nhau. Những vi khuẩn đường ruột là tác nhân gây bệnh thường gặp được phân lập từ bệnh phẩm nằm trong 8 tộc như sau: (Escherichieae, Edwardsielleae, Salmonelleae, Citrobactereae, Klebsielleae, Proteeae, Yersinieae và Erwinieae), trên 25 chi và hơn 110 loài. 1.1.2 Tính chất nuôi cấy Vi khuẩn đường ruột thường dễ nuôi cấy trên các loại môi trường như: môi trường không ngăn chặn (BA: Blood Agar, NA: Nutrient Agar), môi trường phân biệt (lên men hay không lên men lactose), môi trường chọn lọc (ức chế vi khuẩn không mong muốn, đồng thời giúp cho vi khuẩn muốn tìm kiếm phát triển dễ dàng) hay môi trường tăng sinh. .