ĈҤI HӐC QUӔC GIA TP.HCM
75ѬӠ1*ĈҤI HӐC BÁCH KHOA
NGUYӈN LÊ HOÀI NHÂN
PHÂN LҰP VÀ PHÂN TÍCH GENOME
THӴC KHUҬN THӆ KHÁNG VI KHUҬN GÂY BӊNH
QUAN TRӐNG TRÊN CÁ TRA
Chuyên ngành: Công nghӋ sinh hӑc
Mã sӕ: 60420201
LUҰ19Ă17+Ҥ&6Ƭ
TP. HӖ &+Ë0,1+WKiQJ QăP
&{QJWUuQKÿѭӧc hoàn thành tҥi: 7UѭӡQJĈҥi Hӑc Bách Khoa ± Ĉ+4*± HCM
Cán bӝ Kѭӟng dүn khoa hӑc 1: PGS.TS Lê Phi Nga
Cán bӝ Kѭӟng dүn khoa hӑc 2: TS. Hoàng Anh Hoàng
Cán bӝ chҩm nhұn xét 1: TS. NguyӉQ+RjQJ&KѭѫQJ
Cán bӝ chҩm nhұn xét 2: TS. Phan Thӏ HuyӅn
LuұQYăQWKҥFVƭÿѭӧc bҧo vӋ tҥL7UѭӡQJĈҥi HӑF%iFK.KRDĈ+4*73+&0
QJj\WKiQJ QăP
Thành phҫn HӝLÿӗQJÿiQKJLiOXұQYăQWKҥFVƭJӗm:
1. PGS.TS. NguyӉn TiӃn Thҳng
± Chӫ tӏch
2. TS. HuǤnh Ngӑc Oanh
± TKѭNê
3. TS. NguyӉQ+RjQJ&KѭѫQJ
± Phҧn biӋn 1
4. TS. Phan Thӏ HuyӅn
± Phҧn biӋn 2
5. PGS.TS. Lê Phi Nga
± Uӹ viên
Xác nhұn cӫa Chӫ tӏch HӝLÿӗQJÿiQKJLi/9Yj7Uѭӣng Khoa quҧn lý chuyên
ngành sau khi luұQYăQÿmÿѭӧc sӱa chӳa (nӃu có).
CHӪ TӎCH HӜ,ĈӖNG
75ѬӢNG KHOA KӺ THUҰT HÓA HӐC
ĈҤI HӐC QUӔC GIA TP.HCM
CӜNG HÒA XÃ HӜI CHӪ 1*+Ƭ$9,ӊT NAM
75ѬӠ1*ĈҤI HӐC BÁCH KHOA
Ĉӝc lұp - Tӵ do - Hҥnh phúc
NHIӊM VӨ LUҰ19Ă17+Ҥ&6Ƭ
+ӑWrQKӑFYLrQ 1*8<ӈ1/Ç+2¬,1+Æ106+9
1Jj\WKiQJQăPVLQK 1ѫLVLQK %uQKĈӏnh
&KX\rQQJjQK &{QJQJKӋVLQKKӑF0mVӕ : 60420201
I. 7Ç1Ĉӄ TÀI
Phân lұp và phân tích genome thӵc khuҭn thӇ
kháng vi khuҭn gây bӋnh quan trӑng trên cá tra.
II. NHIӊM VӨ VÀ NӜI DUNG
1. Phân lұp và khҧRViWÿһc tính vi sinh cӫa thӵc khuҭn thӇ Edwardsiella ictaluri
gây bӋnh trên cá tra tӯ mүu bùn.
x
Phân lұp.
x
;iFÿӏnh phә xâm nhiӉm.
x
Khҧo sát hoҥt tính xâm nhiӉm.
2. 3KkQWtFKÿһFÿLӇm genome cӫa thӵc khuҭn thӇ.
x
Phân tích genome thӵc khuҭn thӇ kháng Aeromonas hydrophila phân
lұp ӣ ViӋW1DPWUѭӟFÿk\YjVRViQKYӟi genome cӫa PVN02 cùng phân
lұp ӣ ViӋW1DPÿmF{QJEӕ 2020.
x
Phân tích genome thӵc khuҭn thӇ kháng Edwardsiella ictaluri phân lұp
ӣ ViӋt Nam hiӋQFKѭDFyF{QJEӕ nào.
III. NGÀY GIAO NHIӊM VӨ: 22/02/2021
IV. NGÀY HOÀN THÀNH NHIӊM VӨ: 13/06/2021
V. CÁN BӜ +ѬӞNG DҮN: PGS.TS Lê Phi Nga, TS. Hoàng Anh Hoàng
7S+&0QJj\WKiQJQăP
CÁN BӜ +ѬӞNG DҮN
PGS.TS Lê Phi Nga
CHӪ NHIӊM BӜ 0Ð1Ĉ¬27ҤO
TS. Hoàng Anh Hoàng
75ѬӢNG KHOA KӺ THUҰT HÓA HӐC
PGS.TS Lê Thӏ Thӫy Tiên
*6763KDQ7KDQK6ѫQ1DP
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
LӠI CҦ0Ѫ1
Trên thӵc tӃ không có sӵ thành công nào mà không gҳn liӅn vӟi nhӳng hӛ trӧ, giúp
ÿӥ dù ít hay nhiӅu, dù trӵc tiӃp hay gián tiӃp cӫDQJѭӡi khác. Trong suӕt thӡi gian tӯ khi
bҳWÿҫu hӑc tұp ӣ giҧQJÿѭӡng Cao hӑFÿӃQQD\(PÿmQKұQÿѭӧc rҩt nhiӅu sӵ quan
tâmJL~Sÿӥ cӫa quý Thҫ\&{JLDÿuQKYjEҥn bè.
Vӟi lòng biӃWѫQVkXVҳc nhҩt, Em xin gӱLÿӃn quý Thҫy, Cô trong Khoa Công nghӋ
Hóa Hӑc ± 7UѭӡQJĈҥi hӑc Bách Khoa Thành Phӕ Hӗ &Kt0LQKÿmFQJYӟi tri thӭc và
tâm huyӃt cӫDPuQKÿӇ truyӅQÿҥt vӕn kiӃn thӭc quý báu cho chúng em trong suӕt thӡi
gian hӑc tұp tҥLWUѭӡng. Sau thӡi gian hӑc tұp và nghiên cӭX(PÿmKRjQWKjQKOXұQYăQ
vӟLÿӅ WjL ³3KkQOұp và phân tích genome thӵc khuҭn thӇ kháng vi khuҭn gây bӋnh quan
trӑQJWUrQFiWUD´
Hoàn thành bài khóa luұn Qj\FKRSKpS(Pÿѭӧc bày tӓ lӡi cҧPѫQWӟi Cô PGS.
TS. Lê Phi Nga, Thҫy TS. Hoàng Anh Hoàng, Cô Thҫy - QJѭӡLÿmWұQWuQKKѭӟng dүn
JL~Sÿӥ (PWURQJTXiWUuQKKRjQWKjQKÿӅ WjLÿӗng thӡi cҧPѫQFiF7Kҫy Cô giáo trong
.KRDÿmJL~Sÿӥ Em.
Xin cҧPѫQFiFFKӏ HPSKzQJ%ÿһc biӋt là chӏ Trҫn Thӏ Thanh Xuân và anh
Tӯ 4XDQJ9LQKÿmJL~Sÿӥ em rҩt nhiӅu.
MһFGÿmFyQKLӅu cӕ gҳng hӑc tұp nghiên cӭu trong suӕt thӡi gian qua, song do
thӡi gian có hҥn, nên luұQYăQQj\NK{QJWUiQKNKӓi nhӳng thiӃu sót. Em rҩt mong nhұn
ÿѭӧc sӵ góp ý cӫa các Thҫy Cô giáo và nhӳQJDLTXDQWkPÿӃQÿӅ WjLQj\ÿӇ luұQYăQ
ÿѭӧc hoàn thiӋQYjQkQJFDRKѫQQӳa.
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang i
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
TÓM TҲT
BӋnh gan thұn mӫ và bӋnh xuҩt huyӃt gây ra bӣi vi khuҭn Edwardsiella ictaluri và
Aeromonas hydrophila là hai trong nhӳng bӋnh quan trӑng trên cá tra (Pangasianodon
hypophthalmus) tҥi các ao nuôi thuӝFĈӗng bҵng Sông Cӱu Long. Nhҵm góp phҫQÿD
dҥng bӝ VѭXWұp thӵc khuҭn thӇ, ӣ ÿӅ WjLQj\W{LÿmVѫWX\Ӈn và phân lұSÿѭӧc 13 thӵc
khuҭn thӇ xâm nhiӉm Edwardsiella ictaluri tӯ mүu bùn. KӃt quҧ khҧo sát hoҥt tính xâm
nhiӉm Edwardsiella ictaluri ÿѭӧc thӵc hiӋn trên 5 thӵc khuҭn thӇ WURQJ ÿy Fy GzQJ
phage M14N có chu kǤ lây nhiӉm và hӋ sӕ nhân tӕt nhҩt là 100 phút, 160.52 ± 3.12. KӃt
quҧ [iFÿӏnh phә xâm nhiӉm khҧRViWÿѭӧc thӵc khuҭn thӇ M18N có xuҩt hiӋn khu vӵc
ly giҧi trên cҧ 5 dòng vi khuҭn và có phә ký chӫ rӝng nhҩt Edwardsiella ictaluri E1,
Edwardsiella ictaluri E3-1, Edwardsiella ictaluri E4-2, Edwardsiella ictaluri E5-3,
Edwardsiella ictaluri E6-4.
Trong nghiên cӭu này, 13 thӵc khuҭn thӇ phân lұSÿѭӧFFKѭDWLӃQKjQKEѭӟc phân
WtFKJHQRPHYuNK{QJÿӫ thӡLJLDQÿӇ khҧRViWÿѭӧc hӃWFiFÿһFWtQKYLVLQKFNJQJQKѭ
Eѭӟc tách chiӃt genome. Và nghiên cӭXÿmVӱ dөQJFѫVӣ dӳ liӋXÿӇ phân tích genome
tӯ các thӵc khuҭn thӇ A. hydrophila mӟLQKѭ391391391Yj E. ictaluri
mӟLQKѭ391391391ÿmÿѭӧc phân lұp và tách chiӃWJHQRPHWUѭӟFÿyEӣi
mӝt nhóm nghiên cӭu cӫD7UѭӡQJĈҥi hӑF%iFK.KRD73+&0.tFKWKѭӟc bӝ gen cӫa
các thӵc khuҭn thӇ PVN03, PVN04, PVN05, PVN06, PVN07 và PVN08 lҫQ Oѭӧt là
50.698 bp, 51.720 bp, 51.670 bp, 43.645 bp, 43.235 bp và 42.439bp. Sӕ NKXQJÿӑc mӣ
(orf) cӫa các thӵc khuҭn thӇ 391391391391391Yj391FNJQJ
lҫQOѭӧt là 64 (orf), 65 (orf), 66 (orf), 69 (orf), 60 (orf) và 66 (orf). Tҩt cҧ ÿӅu không có
tRNA, rRNA hoһc sRNA, gen kháng thuӕc kháng sinh, yӃu tӕ ÿӝc lӵFJHQÿӝc tӕ và
gen tích hӧSÿѭӧc phát hiӋn trong sáu bӝ gen cӫa phage.
Bên cҥQK ÿy YLӋc phân tích cây phát sinh loài nhóm thӵc khuҭn thӇ PVN03,
PVN04, PVN05 cùng vӟi PVN02 cӫa nhóm nghiên cӭu Tu Q. Vinh và cӝng sӵ (2020)
ÿѭӧc phân lұp tҥi ViӋW1DPÿmWҥo thành mӝt nhóm riêng biӋt vӟi các thӵc khuҭn thӇ
Aeromonas hydrophila NKiFWUrQFѫVӣ dӳ liӋu.
1JRjLUDSKkQWtFKFk\SKiWVLQKORjLFNJQJFKRWKҩy nhóm thӵc khuҭn thӇ PVN06,
PVN07, PVN08 cùng vӟi Pei21 tҥo thành mӝt nhóm vӟi các vӟi các thӵc khuҭn thӇ ÿm
FyWUѭӟFÿyWUrQ1&%,
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang ii
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
ABSTRACT
Hepatobiliary disease and hemorrhagic disease caused by Edwardsiella ictaluri
and Aeromonas hydrophila are two important diseases of catfish (Pangasianodon
hypophthalmus) farmed in the Mekong Delta. In order to contribute to the diversity of
the phage collection, in this study, I have preliminarily isolated 13 Edwardsiella ictaluri
bacteriophages from the sludge sample. The survey results of Edwardsiella ictaluri
infectivity were performed on 5 phages, including the M14N phage line with the best
infectivity cycle and multiplier of 70 minutes, 160.52 ± 3.12. The results of infection
spectrum determination were that the phage M18N appeared in the lysis region on all 5
bacterial strains and had the widest host spectrum Edwardsiella ictaluri E1,
Edwardsiella ictaluri E3-1, Edwardsiella ictaluri E4-2, Edwardsiella ictaluri E5-3,
Edwardsiella ictaluri E6-4.
In this study, 13 isolated bacteriophages have not been subjected to the genome
analysis step because there is not enough time to investigate all the microbiological
characteristics as well as the genome extraction step. And the study used the database to
analyze the genome from new A. hydrophila phages such as PVN03, PVN04, PVN05
and new E. ictaluri such as PVN06, PVN07, PVN08 that had been isolated and extracted
genomes by a research group of Ho Chi Minh City University of Technology. The
genome sizes of phages PVN03, PVN04, PVN05, PVN06, PVN07 and PVN08 were
50,698 bp, 51,720 bp, 51,670 bp, 43,645 bp, 43,235 bp and 42,439bp, respectively. The
open reading frame (orf) of phages PVN03, PVN04, PVN05, PVN06, PVN07 and
PVN08 were also 64 (orf), 65 (orf), 66 (orf), 69 (orf), 60 (orf) and 66 (orf). All were
free of tRNA, rRNA or sRNA, antibiotic resistance genes, virulence factors, toxin genes
and integrative genes detected in the six phage genomes.
Besides, the analysis of phylogenetic tree groups of phage groups PVN03, PVN04,
PVN05 together with PVN02 of the research group Tu Q. Vinh et al (2020) isolated in
Vietnam has formed a separate group with other Aeromonas hydrophila bacteriophages
in the database.
In addition, the analysis of the phylogenetic tree also showed that the
bacteriophages PVN06, PVN07, PVN08 together with Pei21 form a group with the
bacteriophages previously present on NCBI.
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang iii
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
LӠ,&$0Ĉ2$1
7{L [LQ FDP ÿRDQ OXұQ YăQ ³Phân lұp và phân tích genome thӵc khuҭn thӇ
kháng vi khuҭn gây bӋnh quan trӑng trên cá tra´OjF{QJWUuQKQJKLrQFӭu cӫa tôi
vӟi sӵ Kѭӟng dүn cӫa PGS.TS. Lê Phi Nga và TS. Hoàng Anh Hoàng. Các sӕ liӋu và
kӃt quҧ trình bày trong luұQYăQQj\OjWUXQJWKӵFYjFKѭDWӯQJÿѭӧFQJѭӡi khác công
bӕ trong bҩt kǤ công trình nào khác.
TÁC GIҦ LUҰ19Ă1
NGUYӈN LÊ HOÀI NHÂN
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang iv
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
MӨC LӨC
LӠI CҦ0Ѫ1 .................................................................................................................i
TÓM TҲT ..................................................................................................................... ii
LӠ,&$0Ĉ2$1 .........................................................................................................iv
MӨC LӨC ......................................................................................................................v
DANH MӨC CHӲ VIӂT TҲT................................................................................. viii
DANH MӨC CÁC HÌNH ............................................................................................ix
DANH MӨC CÁC BҦNG............................................................................................xi
MӢ ĈҪU .........................................................................................................................1
&+ѬѪ1*
TӘNG QUAN TÀI LIӊU...................................................................2
1.1.
Giá trӏ kinh tӃ ngành nuôi cá tra tҥi ViӋt Nam .............................................2
1.2.
Tình hình dӏch bӋnh gan thұn mӫ và bӋnh xuҩt huyӃt trên cá tra và bҩt
cұp khi sӱ dөng kháng sinh .......................................................................................2
1.2.1.
Tình hình dӏch bӋnh gan thұn mӫ trên cá tra ........................................2
1.2.2.
Tình hình dӏch bӋnh xuҩt huyӃt trên cá tra ............................................3
1.2.3.
Bҩt cұp khi sӱ dөQJNKiQJVLQKWURQJÿLӅu trӏ dӏch bӋnh thӫy sҧn .....4
1.3.
Tәng quan vӅ thӵc khuҭn thӇ và liӋu pháp thӵc khuҭn thӇ ........................5
1.3.1.
Tәng quan vӅ thӵc khuҭn thӇ ..................................................................5
1.3.2.
LiӋu pháp thӵc khuҭn thӇ ........................................................................5
1.4.
Công nghӋ giҧi trình tӵ gene ...........................................................................7
1.4.1.
Giҧi trình tӵ gen thӃ hӋ mӟi bҵng Illumina ............................................8
1.4.2.
Lҳp ráp và chú giҧi .................................................................................12
1.5.
Tình hình nghiên cӭXWURQJYjQJRjLQѭӟc .................................................14
1.5.1.
7URQJQѭӟc............................................................................................... 14
1.5.2.
1JRjLQѭӟc ............................................................................................... 14
1.6.
Mөc tiêu và nӝi dung nghiên cӭu cӫDÿӅ tài ................................................17
1.6.1.
Mөc tiêu ....................................................................................................17
1.6.2.
Nӝi dung nghiên cӭu ...............................................................................17
&+ѬѪ1* 2.
2.1.
VҰT LIӊ89¬3+ѬѪ1*3+È3 ...................................................19
Vұt liӋu ............................................................................................................19
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang v
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
2.1.1.
ThӡLJLDQYjÿӏDÿLӇm nghiên cӭu .........................................................19
2.1.2.
ĈӕLWѭӧng nghiên cӭu ..............................................................................19
2.1.3.
Hóa chҩWP{LWUѭӡng, thiӃt bӏ và dөng cө ............................................19
2.2.
3KѭѫQJSKiS ..................................................................................................19
Thí nghiӋm 1: Phân lұp và khҧRViWÿһc tính vi sinh cӫa thӵc khuҭn thӇ ÿӕi kháng
vi khuҭn Edwardsilla ictaluri gây bӋnh trên cá tra tӯ mүu bùn ............................. 19
2.2.1.
6ѫÿӗ tәng quát ....................................................................................20
2.2.2.
Thu và xӱ lý mүu .................................................................................20
2.2.3.
Phân lұp thӵc khuҭn thӇ .....................................................................21
2.2.4.
Tinh sҥch và tҥo stock thӵc khuҭn thӇ ..............................................22
2.2.5.
Khҧo sát hoҥt tính xâm nhiӉm cӫa các thӵc khuҭn thӇ ÿmSKkQOұp
23
;iFÿӏnh phә xâm nhiӉm cӫa thӵc khuҭn thӇ ..................................25
2.2.6.
Thí nghiӋP 3KkQWtFKÿһFÿLӇm genome cӫa thӵc khuҭn thӇ ............................. 26
2.2.1.
KiӇm tra và xӱ lý dӳ liӋu thô .............................................................. 26
2.2.2.
Lҳp ráp hӋ gen......................................................................................27
2.2.3.
Chú giҧi cҩu trúc ..................................................................................27
2.2.4.
Chú giҧi chӭFQăQJ ..............................................................................28
2.2.5.
Phân tích cây phát sinh loài ................................................................ 29
&+ѬѪ1*
3.1.
KӂT QUҦ VÀ THҦO LUҰN ..........................................................30
Thí nghiӋm 1: Phân lұp và khҧRViWÿһc tính vi sinh cӫa thӵc khuҭn thӇ
ÿӕi kháng vi khuҭn Edwardsilla ictaluri gây bӋnh trên cá tra tӯ mүu bùn .......30
3.1.1.
KӃt quҧ phân lұp .....................................................................................30
3.1.2.
KӃt quҧ tҥo stock thӵc khuҭn thӇ phân lұSÿѭӧc ................................ 31
3.1.3.
KӃt quҧ hoҥt tính xâm nhiӉm.................................................................34
3.1.4.
KӃt quҧ [iFÿӏnh phә xâm nhiӉm cӫa thӵc khuҭn thӇ trên các vi
khuҭn khác ............................................................................................................36
3.2.
Thí nghiӋP 3KkQWtFKÿһFÿLӇm genome cӫa thӵc khuҭn thӇ ...............38
3.2.1.
KiӇm tra và xӱ lý dӳ liӋu thô .................................................................38
3.2.2.
Lҳp ráp hӋ gen .........................................................................................45
3.2.3.
Chú giҧi cҩu trúc .....................................................................................47
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang vi
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
3.2.4.
Chú giҧi chӭFQăQJ..................................................................................48
3.2.5.
Phân tích cây phát sinh loài....................................................................65
&+ѬѪ1*
KӂT LUҰN VÀ KIӂN NGHӎ..........................................................67
4.1. KӃt luұn ..............................................................................................................67
4.2. KiӃn nghӏ ............................................................................................................67
DANH MӨC CÔNG TRÌNH NGHIÊN CӬU ..........................................................68
TÀI LIӊU THAM KHҦO........................................................................................... 69
PHӨ LӨC 1 .....................................................................................................................i
PHӨ LӨC 2 .................................................................................................................. iii
PHӨ LӨC 3 ....................................................................................................................v
PHӨ LӨC 4 ................................................................................................................. vii
PHӨ LӨC 5 ...................................................................................................................ix
PHӨ LӨC 6 ...................................................................................................................xi
PHӨ LӨC 7 ................................................................................................................ xiii
LÝ LӎCH TRÍCH NGANG ........................................................................................xv
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang vii
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
DANH MӨC CHӲ VIӂT TҲT
CFU: Colony Forming Unit
EBI: European Bioinformatics Institute
ENA: European Nucleotide Archive
MCP: Major Capsid Protein
MSA: Multiple sequence alignment
NCBI: National Center for Biotechnology Information
NCBI CDD: NCBI Conserved Domains Database (CDD)
NGS: Next Generation Sequencing
ORF: Open Reading Frame
PFU: Plaque Forming Unit
sRNA: Soluble Ribonucleic Acid
TerL: Terminase Large Subunit
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang viii
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
DANH MӨC CÁC HÌNH
Hình 1. 1. A. Gan, thұn cá tra xuҩt hiӋQÿӕm trҳng, B. Vi khuҭn E. ictaluri nhuӝm
gram (100X) ...................................................................................................................3
Hình 1. 2. A: Cá tra bӏ xuҩt huyӃt, B: vi khuҭn A. hydrophila Gѭӟi kính hiӇQYLÿLӋn tӱ
. ........................................................................................................................................4
Hình 1. 3. Phage và chu trình cӫa phage. (A) Cҩu trúc cӫa mӝt phage; (B) Chu trình
sinh tan và chu trình tiӅm tan . ........................................................................................7
Hình 1. 4. Chuҭn bӏ WKѭYLӋn ..........................................................................................9
Hình 1. 5. Nhân bҧn cluster ..........................................................................................10
Hình 1. 6. Giҧi trình tӵ .................................................................................................11
Hình 1. 7. Giҧi trình tӵ ..................................................................................................12
Hình 1. 8. Quy trình hoҥWÿӝng cӫa Unicycler .............................................................. 13
Hình 2.1. Tәng quát nӝi dung phân lұp .........................................................................20
Hình 2.2. Xӱ lý mүu bùn ............................................................................................... 20
Hình 2. 3. Phân lұp thӵc khuҭn thӇ ...............................................................................21
Hình 2. 4. Tinh sҥch thӵc khuҭn thӇ ..............................................................................22
Hình 2. 5. Tҥo stock thӵc khuҭn thӇ ..............................................................................23
Hình 2. 6. Khҧo sát hoҥt tính xâm nhiӉm cӫa thӵc khuҭn thӇ.......................................24
cHình 3. 1. KӃt quҧ kiӇm tra chҩWOѭӧng dӳ liӋu thô và sau khi xӱ lý vӟi phҫn mӅm
Trimmomatic v0.39 cӫa PVN03....................................................................................39
Hình 3. 2. KӃt quҧ kiӇm tra chҩWOѭӧng dӳ liӋu thô và sau khi xӱ lý vӟi phҫn mӅm
Trimmomatic v0.39 cӫa PVN04....................................................................................40
Hình 3. 3. KӃt quҧ kiӇm tra chҩWOѭӧng dӳ liӋu thô và sau khi xӱ lý vӟi phҫn mӅm
Trimmomatic v0.39 cӫa PVN05....................................................................................41
Hình 3. 4. KӃt quҧ kiӇm tra chҩWOѭӧng dӳ liӋu thô và sau khi xӱ lý vӟi phҫn mӅm
Trimmomatic v0.39 cӫa PVN06....................................................................................42
Hình 3. 5. KӃt quҧ kiӇm tra chҩWOѭӧng dӳ liӋu thô và sau khi xӱ lý vӟi phҫn mӅm
Trimmomatic v0.39 cӫa PVN07....................................................................................43
Hình 3. 6. KӃt quҧ kiӇm tra chҩWOѭӧng dӳ liӋu thô và sau khi xӱ lý vӟi phҫn mӅm
Trimmomatic v0.39 cӫa PVN08....................................................................................44
Hình 3. 7. KӃt quҧ BLASTN cӫa genome thӵc khuҭn thӇ PVN03 ............................... 45
Hình 3. 8. KӃt quҧ BLASTN cӫa genome thӵc khuҭn thӇ PVN04 ............................... 45
Hình 3. 9. KӃt quҧ BLASTN cӫa genome thӵc khuҭn thӇ PVN05 ............................... 46
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang ix
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
Hình 3. 10. KӃt quҧ BLASTN cӫa genome thӵc khuҭn thӇ PVN06 ............................. 46
Hình 3. 11. KӃt quҧ BLASTN cӫa genome thӵc khuҭn thӇ PVN07 ............................. 46
Hình 3. 12. KӃt quҧ BLASTN cӫa genome thӵc khuҭn thӇ PVN08 ............................. 47
Hình 3. 13. Phân tích cây phát sinh loài cӫa thӵc khuҭn thӇ và các thӵc khuҭn thӇ
WѭѫQJÿӗng dӵa trên trình tӵ amino acid cӫa (A) Terminase large subunit và (B) Major
capsid protein. ................................................................................................................66
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang x
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
DANH MӨC CÁC BҦNG
Bҧng 1. 1. Các nghiên cӭXSKkQWtFKÿһc tính genome trên thӵc khuҭn thӇ Aeromonas
hydrophila và Edwardsiella ictaluri ..............................................................................15
Bҧng 3. 1. KӃt quҧ phân lұp phage tӯ 30 mүu bùn lҩy tӯ các ao nuôi cá tra tҥi tӍnh Cҫn
7Kѫ .................................................................................................................................30
Bҧng 3. 2. 9zQJVLQKWDQYjNӃWTXҧWҥRVWRFNWKӵFNKXҭQWKӇSKkQOұS .......................31
Bҧng 3. 3. KӃt quҧ hoҥt tính xâm nhiӉm .......................................................................34
Bҧng 3. 4. KӃt quҧ hình ҧnh phә lây nhiӉm cӫa 13 dòng thӵc khuҭn thӇ ÿmSKkQOұp
ÿѭӧc trên 5 dòng vi khuҭn ............................................................................................. 36
Bҧng 3. 5. KӃt quҧ các domain cӫa thӵc khuҭn thӇ PVN03 .........................................48
Bҧng 3. 6. KӃt quҧ các domain cӫa thӵc khuҭn thӇ PVN04 .........................................49
Bҧng 3. 7. KӃt quҧ các domain cӫa thӵc khuҭn thӇ PVN05 .........................................50
Bҧng 3. 8. KӃt quҧ các domain cӫa thӵc khuҭn thӇ PVN06 .........................................51
Bҧng 3. 9. KӃt quҧ các domain cӫa thӵc khuҭn thӇ PVN07 .........................................51
Bҧng 3. 10. KӃt quҧ các domain cӫa thӵc khuҭn thӇ PVN08 .......................................52
Bҧng 3. 11. .ӃWTXҧFK~JLҧLFҩXWU~FYjFKӭFQăQJWKӵFNKXҭQWKӇ391 ...............53
Bҧng 3. 12. .ӃWTXҧFK~JLҧLFҩXWU~FYjFKӭFQăQJWKӵFNKXҭQWKӇ391 ...............55
Bҧng 3. 13. .ӃWTXҧFK~JLҧLFҩXWU~FYjFKӭFQăQJWKӵFNKXҭQWKӇ391 ...............57
Bҧng 3. 14. .ӃWTXҧFK~JLҧLFҩXWU~FYjFKӭFQăQJWKӵFNKXҭQWKӇ391 ...............59
Bҧng 3. 15. .ӃWTXҧFK~JLҧLFҩXWU~FYjFKӭFQăQJWKӵFNKXҭQWKӇ391 ...............61
Bҧng 3. 16. .ӃWTXҧFK~JLҧLFҩXWU~FYjFKӭFQăQJWKӵFNKXҭQWKӇ391 ...............63
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang xi
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
MӢ ĈҪU
Thӵc khuҭn thӇ ÿmÿѭӧc phát hiӋn và nghiên cӭu tӯ rҩt sӟPFiFKÿk\KѫQPӝt
WUăPQăPYjKѭӟng ӭng dөng thӇ thӵc khuҭQÿӇ kiӇm soát bӋnh nhiӉm khuҭn trong
nuôi trӗng thӫy sҧQFNJQJÿѭӧc nghiên cӭu ӣ nhiӅXQѭӟc vӟLFiFÿӕLWѭӧng khác nhau
[1].
ĈӇ hҥn chӃ dӏch bӋQKQJѭӡLQX{LFiWKѭӡng dùng các chҩt diӋt khuҭn, chӫ yӃu là
các chҩt chlorine và các chҩt kháng sinh. Các biӋn pháp hóa hӑFQj\ÿӅu có hұu quҧ
nguy hiӇPÿӕi vӟi sӭc khӓe cӫa vұt nuôi và sӭc khӓe cӫDQJѭӡi sӱ dөng [2]. ViӋc lҥm
dөng các chҩt kháng sinh dүQÿӃn viӋc kháng thuӕc cӫa các vi sinh vұt gây bӋnh và dүn
ÿӃn viӋc kiӇPVRiWÿѭӧc bӋQKFiQJj\FjQJNKyNKăQKѫQ0һt khác, viӋc tӗQGѭFiF
chҩt kháng sinh trong cá là mӝWNKyNKăQOӟn cho viӋc xuҩt khҭX'RÿyYLӋc dùng các
hóa chҩt trong nuôi trӗng và bҧo quҧn sҧn phҭPÿDQJOjPӝt rào cҧQÿӕi vӟi các loҥi sҧn
phҭm thӫy sҧn xuҩt khҭu.
Sӵ lây nhiӉm vi sinh vұt trong các sҧn phҭm có nguӗn gӕc tӯ nuôi trӗng thӫy sҧn
ÿmÿѭӧFQJăQFKһn bҵng cách sӱ dөng kháng sinh. Tuy nhiên, gҫQÿk\YLNKXҭn kháng
thuӕFÿmWUӣ thành mӝt vҩQÿӅ toàn cҫu, thúc giөc viӋc phát triӇn nhanh chóng các chiӃn
Oѭӧc kiӇm soát thay thӃ ÿӇ cҧi thiӋn chҩWOѭӧng và an toàn thӵc phҭm. Nhҵm hҥn chӃ các
ҧQKKѭӣng xҩu ҧQKKѭӣQJÿӃn sӭc khӓHFRQQJѭӡi và vұt nuôi, giúp cân bҵng hӋ sinh
thái và giҧm sӵ ô nhiӉPP{LWUѭӡng do hóa chҩt sӱ dөQJ3KѭѫQJSKiSWKD\WKӃ sӱ dөng
phage lytic hoһc các sҧn phҭm cӫa chúng, làm thuӕc sinh hӑFÿӇ ÿLӅu trӏ hoһc dӵ phòng
các bӋnh truyӅn nhiӉm do vi khuҭQÿmWKXK~Wÿѭӧc sӵ quan tâm [1].
Ngoài ra, hiӋQQD\ÿmFyQKLӅXÿӅ tài nghiên cӭu vӅ ÿһc tính sinh hӑFQKѭQJFKѭD
thӵc hiӋn phân tích geQRPHQrQFKѭDÿҧm bҧRWtQKDQWRjQÿӇ sӱ dөng vì có thӇ chӭa
mӝt sӕ JHQHFyFiFÿһFÿLӇm di truyӅn không mong muӕQQKѭÿӝc tӕ, siêu kháng nguyên,
protein gҳn vào tӃ bào chӫ / tӗn tҥi nӝi bào có thӇ lây lan sang cӝQJÿӗng vi khuҭn thông
qua quá trình tҧi nҥp [3] [4].
Vì vұy cҫn kӃt hӧp thӵc hiӋn viӋc khҧRViWÿһFWtQKYLVLQKÿӗng thӡi rà soát xem
gen cӫa thӵc khuҭn thӇ có nguy cѫPDQJJHQFKӭDFiFÿһc tính không an toàn hay không.
Tӯ ÿyW{LWLӃn hành thӵc hiӋQÿӅ WjL³Phân lұp và phân tích genome thӵc khuҭn
thӇ kháng vi khuҭn gây bӋnh quan trӑQJWUrQFiWUD´vӟi mong muӕn tuyӇn chӑn
ÿѭӧc thӵc khuҭn thӇ EѭӟFÿҫXÿiQKJLiNKҧ QăQJ ӭng dөng cӫa thӵc khuҭn thӇ trong
nuôi trӗng thӫy sҧn nói chung và cө thӇ trong phòng trӏ bӋnh quan trӑng trên cá tra.
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang 1
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
&+ѬѪ1*
1.1.
TӘNG QUAN TÀI LIӊU
Giá trӏ kinh tӃ ngành nuôi cá tra tҥi ViӋt Nam
1ăPGLӋn tích nuôi thӫy sҧn cӫa CҫQ7Kѫÿҥt 9.000 ha, sҧQOѭӧng 224.000
tҩQ WăQJVRYӟLQăP WURQJÿyFiWUDFKLӃm khoҧng 80% [5].
Các sҧn phҭm tӯ cá tra hiӋQQD\ÿmFyPһt tҥi thӏ WUѭӡng cӫDKѫQTXӕc gia.
Chuӛi giá trӏ cӫDFiWUDFNJQJÿѭӧc nâng lên. Tӯ EDQÿҫu chӍ FyFiWUDSKLOrÿӃn nay các
nhà máy chӃ biӃQÿmiSGөng công nghӋ ÿӇ chiӃt xuҩt collagen tӯ da cá tra, dҫu cá, snack
FiWUDăQOLӅn, các phө phҭPNKiFFNJQJÿѭӧc tұn dөng làm bӝWFi«
Sau thӡi gian giҧm sâu kéo dài, giá cá tra nguyên liӋu, cá giӕng và giá xuҩt khҭu
ÿӅXÿmWăQJWUӣ lҥLĈӃn cuӕi tháng 10/2020, giá cá tra nguyên liӋu tҥLĈӗng bҵng sông
CӱX/RQJÿmWăQJOrQPӭc 21.000 - ÿӗng/kg ± mӭc giá có lãi FKRQJѭӡi nuôi.
Cùng vӟLÿyFiWUDJLӕQJFNJQJWăQJJLiNKiQKDQKGRWKLӃu nguӗn cung. Sau mӝt
thӡi gian dài chӍ quanh quҭn ӣ mӭc 15.000 ± ÿӗng/kg thì hiӋn nay, giá cá tra
giӕng (loҥi 30 ± 35 con/kg) ӣ CҫQ7KѫÿmWăQJOrQ± ÿӗng/kg, gi~SQJѭӡi
sҧn xuҩt có lãi khá cao. Nguyên nhân khiӃn giá cá giӕng bұWWăQJOjGRTXêFy
PѭDEmRWKӡi tiӃt bҩt lӧi nên viӋFѭѫQJQX{LEӏ hao hөt nhiӅu, dүQÿӃn nguӗn cung cá
giӕng thiӃu hөt.
7tQKÿӃn hӃt tháng 9/2020, diӋn tích thҧ nuôi cá tra tҥLĈӗng bҵng sông Cӱu Long
ÿҥt 4.968 ha, bҵng 91% so vӟi cùng kǤ QăP 7әng sҧQOѭӧQJFiWUD WKiQJÿҫu
QăPѭӟFÿҥt trên 1 triӋu tҩn, bҵng 93,6% so vӟi cùng kǤ QăP [5].
Theo HiӋp hӝi chӃ biӃn và xuҩt khҭu thӫy sҧn ViӋt Nam, cá tra là mһt hàng có
doanh sӕ xuҩt khҭu giҧm mҥnh; quý I (giҧm 29%), quý II giҧm 32%, tiӃp tөc giҧm 27%
và 29% trong tháng 7 và tháng 8. Sang tháng 9, xuҩt khҭu cá tra tiӃp tөc giҧm 14% vӟi
doanh sӕ ÿҥt 135 triӋX86'ÿѭDNӃt quҧ xuҩt khҭXONJ\NӃ WKiQJÿҫXQăPJLҧm 28%
ÿҥt khoҧng 1 tӹ 86'7URQJNKLÿy WKiQJÿҫXQăPWăQJWUѭӣng xuҩt khҭu cá
WUDOjÿҥt mӭc 1,6 tӹ USD [6].
Theo Tәng Cөc Thӫy sҧn, kim ngҥch xuҩt khҭXFiWUDWtQKÿӃQѭӟFÿҥt 1,12
tӹ USD, giҧm 27,5% so vӟi cùng kǤ QăP
1.2.
Tình hình dӏch bӋnh gan thұn mӫ và bӋnh xuҩt huyӃt trên cá tra và bҩt
cұp khi sӱ dөng kháng sinh
1.2.1.
Tình hình dӏch bӋnh gan thұn mӫ trên cá tra
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang 2
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
Vào thӡi gian giao mùa, khi mà nhiӋWÿӝ Qѭӟc chênh lӋch nhiӅu giӳDQJj\YjÿrP
OjÿLӅu kiӋn thuұn lӧLÿӇ nhiӅu mҫm bӋnh phát triӇQÿһc biӋt là bӋnh gan thұn mӫ trên
cá tra.
BӋnh mӫ gan (bӋQK ÿӕm trҳng trên gan, thұn) trên cá tra, cá basa do nhóm vi
khuҭn Edwardsiella ictaluri gây ra. Vi khuҭn E. ictaluri thuӝc hӑ Enterbacteriaceae là
vi khuҭn gram âm, hình qXHNtFKWKѭӟc 1 x 2- ȝPNK{QJVLQKEjRWӱ, là vi khuҭn yӃm
khí tùy tiӋn, phҧn ӭQJFDWDODVHGѭѫQJWtQKR[LGDVHkPWtQKNK{QJR[\KRiOrQPHQ
WURQJP{LWUѭӡng glucose. Có 1 - 3 Plasmid liên kӃt vӟi E. ictaluri [7].
Hình 1. 1. A. Gan, thұn cá tra xuҩt hiӋQÿӕm trҳng, B. Vi khuҭn E. ictaluri nhuӝm
gram (100X) [2].
TӕFÿӝ lây lan cӫa bӋnh gan thұn mӫ rҩt nhanh [8]. Khi có mҫm bӋnh xâm nhұp
khoҧng 3-4 ngày, toàn bӝ FiWURQJDRÿӅu bӏ nhiӉm bӋnh. Tӹ lӋ cá chӃt cao có thӇ 100%
ÿӕi vӟi cá bӝWѭѫQJJLӕng, tӯ 30 - ÿӕi vӟi cá thӏWYjÿmOjPJLҧPQăQJVXҩWÿiQJNӇ
trong các hӋ thӕng nuôi [9]'RÿyFҫn có biӋn pháp phòng trӏ bӋnh tích cӵc. Không
GQJFѫTXDQQӝi tҥng, máu, mӫ và các sҧn phҭm phө cӫDFiÿӇ chӃ biӃn làm thӭFăQ
trӣ lҥi cho cá, bӣi mҫm bӋnh sӁ tӗn tҥLOkXWURQJP{LWUѭӡQJQѭӟc và phát tán vi khuҭn
gây bӋnh sang khu vӵc nuôi cá khác.
1.2.2.
Tình hình dӏch bӋnh xuҩt huyӃt trên cá tra
BӋnh xuҩt huyӃt ӣ FiWUDWKѭӡng xuҩt hiӋn hҫXQKѭTXDQKQăPÿһc biӋt là khi cá
bӏ sӕFP{LWUѭӡQJDRQX{LNK{QJÿҧm bҧo [2].
BӋnh xuҩt huyӃt xuҩt hiӋn ӣ hҫu hӃt các loài cá tra nuôi lӗng, bè, ao hӗ Qѭӟc ngӑt
và ӣ tҩt cҧ FiFJLDLÿRҥn nuôi, bӋnh lây lan nhanh, cao (có thӇ ÿӃQ WURQJWUѭӡng
hӧp bӋnh nһng. Ӣ ViӋt Nam, bӋnh xuҩt huyӃt do Aeromonas hydrophila xҧy ra quanh
QăPWұSWUXQJYjRÿҫXPDNK{ÿһc biӋt là khi cá bӏ VWUHVVQKѭVDXNKLWUӡLPѭD%Ӌnh
lây tӯ cá bӋnh sang cá khӓe trong cùng mӝt ao nuôi [10].
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang 3
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
Vi khuҭn Aeromonas hydrophila thuӝc hӑ Aeromonadaceae [11] là vi khuҭn
Gram âm, hìQKTXH NtFKWKѭӟFWUXQJEuQKȝPî-ȝP FyO{QJFyWKӇ di chuyӇn.
Hình 1. 2. A: Cá tra bӏ xuҩt huyӃt, B: vi khuҭn A. hydrophila Gѭӟi kính hiӇQYLÿLӋn tӱ
[12].
Trong quá trình nuôi, các ao nuôi tích tө mùn bã, bùn, rác và các chҩt thҧi khác
làm ô nhiӉm nguӗQQѭӟc, tiӅm ҭn các mҫm bӋQKÿӕi vӟLFiQX{L FiWKѭӡng bӏ nhiӉm
bӋnh xuҩt huyӃt do vi khuҭn, gây thiӋt hҥi rҩt lӟn. Do vұy, cҫn chú ý các dҩu hiӋu bӋnh
lý và tác nhân gây bӋQKÿӇ phòng và trӏ bӋnh kӏp thӡi, góp phҫn giҧm thiӋt hҥi và phòng
ngӯa dӏch bӋnh lây lan [7].
1.2.3.
Bҩt cұp khi sӱ dөQJNKiQJVLQKWURQJÿiӅu trӏ dӏch bӋnh thӫy sҧn
ViӋc sӱ dөng kháng sinh bӯDEmLNK{QJÿ~QJFiFKFyWKӇ dүQÿӃn nhiӅu tác hҥi
QKѭ YLNKXҭn kháng thuӕc khiӃn viӋc phòng trӏ bӋnh không còn tác dөng; ҧQKKѭӣng
trӵc tiӃSÿӃn sӭc khӓe cӫDQJѭӡi sӱ dөQJ WKD\ÿәi hӋ vi sinh vұt tӵ nhiên, gây mҩt cân
bҵng sinh thái hoһc gây hҥi cho các loài sinh vұt tӵ nhiên.
ViӋt Nam có diӋn tích nuôi trӗng thӫy sҧQWăQJÿӅu qua tӯQJQăPWӯ QăP
gҫQKDÿӃQQD\ÿmKѫQWULӋu ha và sҧQOѭӧQJWăQJOrQKѫQYӟi hai sҧn
phҭm chӫ lӵc tôm và cá tra. Chúng ta hiӋn có 567 nhà máy chӃ biӃn thӫy sҧn quy mô
công nghiӋSÿiSӭng các tiêu chuҭn an toàn thӵc phҭPQKѭ+$&&3*036623 KjQJ
WUăPQKjPi\ÿ{QJOҥQKÿӫ tiêu chuҭn xuҩt khҭu sang EU, nhiӅu nhà máy, vùng nuôi
ÿҥt chӭng nhұn tӵ nguyӋQQKѭ*OREDO*$3$6&%$3%5&YY.LPQJҥch xuҩt khҭu
QăPÿҥWKѫQWӹ 86'KѫQOҫQVRQăP WUӣ thành mӝt trong nhӳQJQѭӟc
xuҩt khҭu thӫy sҧn lӟn trên thӃ giӟi.
Tuy nhiên, tình hình nhiӉPGѭOѭӧng kháng sinh vүQFKѭDÿѭӧc xӱ lý triӋWÿӇ.
7tQKWUXQJEuQKWURQJJLDLÿRҥn này, mӛLQăP9LӋt Nam thiӋt hҥLKѫQWULӋu USD do
hàng xuҩt khҭu thӫy sҧn bӏ trҧ lҥi [13].
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang 4
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
ViӋc lҥm dөng hóa chҩt, kháng sinh có thӇ làm xuҩt hiӋn các chӫng kháng thuӕc
(nhӡn thuӕF QrQNKLÿLӅu trӏ bӋQKFKRQJѭӡi sӁ không có hiӋu quҧ. VӅ kinh tӃ, tác hҥi
cӫa viӋc sӱ dөng chҩt cҩm, lҥm dөng thuӕc thú y, hóa chҩt, kháng sinh trong nuôi trӗng
thӫy sҧn khiӃn nhiӅu lô hàng thӫy sҧn xuҩt khҭu cӫa các doanh nghiӋSQѭӟc ta bӏ Fѫ
quan có thҭm quyӅQQѭӟc ngoài cҧnh báo tӗQGѭKyDFKҩt và bӏ trҧ vӅ, gây thiӋt hҥi lӟn
vӅ kinh tӃĈLӅu này ҧQKKѭӣng trӵc tiӃSÿӃn các doanh nghiӋSYjQJѭӡi nuôi trӗng thӫy
sҧn khiӃn hӑ ÿLrXÿӭng, thұm chí bӏ thua lӛ, phá sҧn [14].
1.3.
Tәng quan vӅ thӵc khuҭn thӇ và liӋu pháp thӵc khuҭn thӇ
1.3.1. Tәng quan vӅ thӵc khuҭn thӇ
%DFWHULRSKDJHVFzQÿѭӧc gӑi là thӵc khuҭn, là loҥi virus chӍ xâm nhiӉm và nhân
lên trong tӃ bào vi khuҭn. Chúng có mһt khҳSQѫLWURQJP{LWUѭӡQJYjÿѭӧc công nhұn
là tác nhân sinh hӑc phong phú nhҩWWUrQWUiLÿҩW&K~QJY{FQJÿDGҥng vӅ NtFKWKѭӟc,
hình thái và tә chӭc bӝ gen [5] [7] [11].
Tuy nhiên, tҩt cҧ ÿӅu bao gӗm mӝt bӝ JHQD[LWQXFOHLFÿѭӧc bӑc trong mӝt lӟp vӓ
cӫa các protein capsid mã hóa phage, có chӭFQăQJEҧo vӋ vұt liӋu di truyӅn và làm
WUXQJJLDQÿѭDQyYjRWӃ bào chӫ tiӃp theo. Kính hiӇQYLÿLӋn tӱ ÿmFKRSKpSKuQKGXQJ
chi tiӃt KjQJWUăPORҥi phage, mӝt sӕ trong sӕ FK~QJGѭӡQJQKѭFyÿҫu", "chân" và
ÿX{L 0һc dù có vҿ QJRjL QKѭ Yұy, các phage không di chuyӇn và phө thuӝc vào
chuyӇQÿӝQJ%URZQÿӇ tiӃp cұn mөc tiêu cӫa chúng.
Phage có thӇ WѭѫQJWiFYӟi vұt chӫ cӫa chúng bҵng cRQÿѭӡng tan hoһc tiӅm tan.
/\WLFSKDJHÿѭӧc biӃWOjOjPJLiQÿRҥn sӵ WUDRÿәi chҩt cӫa vi khuҭn và dүQÿӃn ly giҧi
tӃ EjR1Jѭӧc lҥLSKDJHO\VRJHQLF FzQÿѭӧc gӑLOjSKDJH{Qÿӟi) có thӇ tích hӧp DNA
cӫa chúng vào bӝ gen vұt chӫ YjGRÿyWKLӃt lұp mӕi quan hӋ lâu dài vӟi vұt chӫ vi khuҭn
cӫa chúng (Hình 1.3B) [15].
Tӯng bӏ phӫ nhұQQJj\QD\QJѭӡLWDÿmFKҩp nhұn rӝng rãi rҵQJSKDJHÿmÿyQJ
mӝt vai trò quan trӑng trong viӋFÿLӅu hòa các cӝQJÿӗng vi khuҭn trong mӑi hӋ sinh
thái [16]. Do cҩXWU~FÿѫQJLҧQYjWtQKÿһFWUѭQJFӫa vұt chӫ, thӵc khuҭn thӇ ÿmÿyQJ
mӝt vai trò quan trӑQJWURQJOƭQKYӵc sinh hӑc phân tӱ và công nghӋ sinh hӑc. GҫQÿk\
KѫQWKӵc khuҭn thӇ ÿmWKXK~Wÿѭӧc sӵ quan tâm cӫa cӝQJÿӗng khoa hӑFÿһc biӋt là
liӋu pháp phage, hӋ thӕng phát hiӋn, cҧm biӃn sinh hӑFGQJSKDJHSKѭѫQJWLӋn phân
phӕi vҳc-xin và thұPFKtÿӇ sӱ dөng trong chҭQÿRiQEӋnh vi khuҭn.
1.3.2. LiӋu pháp thӵc khuҭn thӇ
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang 5
Lu̵QYăQ7K̩FVƭ
Nhӳng lӧi ích cӫa liӋu pháp thӵc khuҭn thӇ giҧi quyӃt nhӳng thiӃu sót cӫa kháng
sinh. Mӛi loҥi thӵc khuҭn thӇ sӁ chӍ tҩn công mӝt loҥi vi khuҭn nhҩWÿӏnh vì liӋu pháp
thӵc khuҭn thӇ vӟLѭXÿLӇPFyWtQKÿһc hiӋu cao [17]ĈLӅXQj\FyQJKƭDOjPӝt thӇ thӵc
khuҭn có thӇ ÿѭӧc sӱ dөQJÿӇ nhҳm trӵc tiӃp vào vi khuҭn gây bӋnh. Tuy nhiên, vүn có
mӝWYjLWUѭӡng hӧp xâm nhiӉm chéo giӳa các loài vi khuҭQѬXÿLӇm cӫa liӋu pháp thӵc
khuҭn thӇ là thӵc khuҭn hoҥWÿӝng chӕng lҥi cҧ vi khuҭn và vi khuҭn kháng kháng sinh.
Chúng có thӇ ÿѭӧc sӱ dөng mӝt mình hoһc vӟi thuӕc kháng sinh và các loҥi thuӕc khác.
Các phage tӵ QKkQOrQYjWăQJVӕ OѭӧQJWURQJTXiWUuQKÿLӅu trӏ (có thӇ chӍ cҫn mӝt liӅu).
Phage có thӇ ÿѭӧc phân lұp nhanh chóng, vì bҧn chҩt phә biӃn cӫa chúng và chúng
có nhiӅu trong mӑi vùng sinh thái, làm giҧm chi phí phát triӇn cӫa chúng so vӟi kháng
VLQK&K~QJNK{QJÿӝFÿӕi vӟLÿӝng vұt, thӵc vұWYjP{LWUѭӡng [18].
Bên cҥQKÿyOLӋu pháp sӱ dөng phage còn nhiӅu thách thӭc, vi khuҭn gây bӋnh
phҧLÿѭӧF[iFÿӏnh rõ ràng, tính әQÿӏnh bӏ ҧQKKѭӣng bӣi các loҥi hóa chҩt hóa hӑc,
hiӋu quҧ bӏ ҧQKKѭӣng bӣi tiӃn triӇn cӫa bӋnh, sӵ tӗQOѭXFӫa phage trong hӋ thӕng ao
nuôi vүQFKѭDÿѭӧFÿiQKJLi
Ĉӕi vӟi hoҥWÿӝng diӋt khuҭn cӫa chúng, các thӵc khuҭn thӇ trӏ liӋXÿѭӧc cho là
tiêu diӋt vi khuҭn mөc tiêu cӫa chúng bҵng cách nhân lên bên trong và phân ly tӃ bào
chӫ (tӭc là thông qua chu trình lytic). Tuy nhiên, các nghiên cӭu tiӃp theo cho thҩy rҵng
không phҧi tҩt cҧ FiFSKDJHÿӅu sao chép giӕng nhau và có sӵ khác biӋt quan trӑng trong
các chu kǤ ly giҧi cӫa phage lytic và lysogenic [19] (Hình 1.3.).
HVTH: Nguy͍n Lê Hoài Nhân
Trang 6
- Xem thêm -
.PDF 
103 
1 
65 
