Tài liệu Khóa luận tốt nghiệp phân tích căn nguyên và tính nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn trên trẻ mắc viêm phổi tại khoa nhi – bệnh viện bạch mai

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC  NGUYỄN THỊ HƯƠNG GIANG PHÂN TÍCH CĂN NGUYÊN VÀ TÍNH NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN TRÊN TRẺ MẮC VIÊM PHỔI TẠI KHOA NHI – BỆNH VIỆN BẠCH MAI NĂM 2021 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC (DƯỢC HỌC) Hà Nội – 2022 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC  Người thực hiện: NGUYỄN THỊ HƯƠNG GIANG PHÂN TÍCH CĂN NGUYÊN VÀ TÍNH NHẠY CẢM KHÁNG SINH CỦA CÁC CHỦNG VI KHUẨN TRÊN TRẺ MẮC VIÊM PHỔI TẠI KHOA NHI – BỆNH VIỆN BẠCH MAI NĂM 2021 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC (DƯỢC HỌC) Khóa : QH.2017.Y Người hướng dẫn : 1. TS. PHẠM VĂN ĐẾM 2. ThS. BÙI THỊ XUÂN Hà Nội – 2022 LỜI CẢM ƠN Khi thực hiện đề tài khóa luận này, tôi có cơ hội được làm quen với nghiên cứu, qua đó tôi học hỏi được nhiều điều về lĩnh vực này. Trong quá trình thực hiện khóa luận tốt nghiệp, tôi đã nhận được rất nhiều sự giúp đỡ quý báu từ phía các thầy cô, bạn bè và những người thân của tôi. Tôi xin được bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới TS. Phạm Văn Đếm và ThS. Bùi Thị Xuân. Hai người thầy đã tận tình giúp đỡ, hướng dẫn tôi trong suốt quá trình từ xây dựng nghiên cứu, thu thập số liệu, giải đáp cho tôi những vướng mắc trong quá trình xử lý số liệu đến hoàn thiện khóa luận này. Tôi cũng xin chân thành cảm ơn toàn thể thầy cô, ban giám hiệu Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội, các bác sĩ Khoa Nhi – Bệnh viện Bạch Mai, cùng các anh, chị tại Phòng lưu trữ hồ sơ bệnh án, Bệnh viện Bạch Mai đã giúp đỡ và tạo điều kiện tốt nhất để tôi thực hiện nghiên cứu và hoàn thành khóa luận tốt nghiệp này. Lời cuối cùng, tôi xin biết ơn gia đình, bạn bè, những người đã luôn ủng hộ, động viên và tạo mọi điều kiện thuận lợi nhất giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện khóa luận này. Hà Nội, ngày 06 tháng 06 năm 2022 Sinh viên Nguyễn Thị Hương Giang DANH MỤC VIẾT TẮT BN Bệnh nhân CAP Community acquired pneumonia HAP Hospital acquired pneumonia HCAP Healthcare associated pneumonia RSV Virus hợp bào hô hấp VAP Ventilation associated pneumonia VPBV Viêm phổi mắc phải bệnh viện VPCĐ Viêm phổi mắc phải cộng đồng VPCSYT Viêm phổi kết hợp chăm sóc y tế VPTM Viêm phổi kết hợp thở máy DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 3.1. Phân bố BN theo giới .................................................................... 18 Bảng 3.2. Phân bố BN theo mức độ nặng của bệnh ...................................... 19 Bảng 3.3. Phân bố tác nhân vi sinh gây viêm phổi ........................................ 20 Bảng 3.4. Số lượng xét nghiệm virus được thực hiện.................................... 20 Bảng 3.5. Phân bố các chủng vi khuẩn phân lập được .................................. 21 Bảng 3.6. Phân bố vi khuẩn theo mức độ nặng của bệnh viêm phổi ............. 22 Bảng 3.7. Tính nhạy cảm kháng sinh của S. aureus ...................................... 24 Bảng 3.8. Tính nhạy cảm kháng sinh của K. pneumoniae ............................ 26 DANH MỤC SƠ ĐỒ, BIỂU ĐỒ Biểu đồ 3.1. Phân bố BN theo nhóm tuổi......................................................... 18 Biểu đồ 3.2. Phân bố BN theo bệnh mắc kèm ................................................. 19 Biểu đồ 3.3. Phân bố tác nhân vi khuẩn ........................................................... 21 Biểu đồ 3.4. Tính nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn H. influenzae ............... 23 Biểu đồ 3.5. Tính nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn S. pneumoniae............. 24 MỤC LỤC MỞ ĐẦU ........................................................................................................... 1 CHƯƠNG 1 – TỔNG QUAN ........................................................................... 2 1.1. Tổng quan viêm phổi trẻ em .................................................................. 2 1.1.1. Khái niệm về viêm phổi .................................................................. 2 1.1.2. Dịch tễ học viêm phổi trẻ em .......................................................... 2 1.2. Căn nguyên gây viêm phổi ở trẻ em ...................................................... 4 1.2.1. Căn nguyên virus ............................................................................ 4 1.2.2. Căn nguyên vi khuẩn....................................................................... 4 1.2.3. Căn nguyên nấm, ký sinh trùng ...................................................... 7 1.2.4. Cách xác định căn nguyên gây viêm phổi ...................................... 7 1.3. Phác đồ kháng sinh điều trị viêm phổi ở trẻ em dưới 5 tuổi .................. 9 1.4. Nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn gây bệnh viêm phổi trẻ em ......... 10 1.4.1. Tình hình kháng kháng sinh của vi khuẩn gây bệnh viêm phổi ở trẻ em ............................................................................................................ 10 1.4.2. Cách xác định tính nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn [5] .......... 11 1.5. Tình hình nghiên cứu căn nguyên viêm phổi trẻ em ........................... 12 1.6. Vài nét về Khoa Nhi – Bệnh viện Bạch Mai ....................................... 12 CHƯƠNG 2 – ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ............ 14 2.1. Đối tượng nghiên cứu .......................................................................... 14 2.1.1. Đối tượng nghiên cứu ................................................................... 14 2.1.2. Đối tượng tiếp cận ......................................................................... 14 2.2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu........................................................ 14 2.2.1. Thời gian nghiên cứu .................................................................... 14 2.2.2. Địa điểm khảo sát .......................................................................... 14 2.3. Phương pháp nghiên cứu...................................................................... 15 2.3.1. Thiết kế nghiên cứu....................................................................... 15 2.3.2. Cỡ mẫu nghiên cứu ....................................................................... 15 2.3.3. Phương pháp thu thập số liệu ........................................................ 15 2.3.4. Chỉ tiêu nghiên cứu ....................................................................... 15 2.3.5. Biến số nghiên cứu ........................ Error! Bookmark not defined. 2.3.6. Công cụ thu thập thông tin và xử lý số liệu .................................. 16 CHƯƠNG 3 – KẾT QUẢ ............................................................................... 17 3.1. Đặc điểm của đối tượng nghiên cứu .................................................... 17 3.1.1. Đặc điểm về tuổi và giới tính của đối tượng nghiên cứu .............. 17 3.1.2. Phân bố đối tượng nghiên cứu theo mức độ nặng của bệnh ......... 18 3.1.3. Phân bố BN theo bệnh mắc kèm ................................................... 18 3.2. Đặc điểm các tác nhân vi sinh gây viêm phổi...................................... 19 3.2.1. Đặc điểm chung của tác nhân vi sinh gây viêm phổi.................... 19 3.2.2. Đặc điểm tác nhân virus gây viêm phổi ........................................ 19 3.2.4. Đặc điểm tác nhân vi khuẩn gây viêm phổi .................................. 20 3.3. Tính nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn gây viêm phổi .... 22 3.3.1. Tính nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn H. influenzae ................ 22 3.3.2. Tính nhạy cảm kháng sinh của S. pneumoniae ............................. 23 3.3.3. Tính nhạy cảm kháng sinh của S. aureus...................................... 23 3.3.4. Tính nhạy cảm kháng sinh của K. pneumoniae ............................ 25 CHƯƠNG 4 – BÀN LUẬN ............................................................................ 27 4.1. Đặc điểm chung về đối tượng nghiên cứu ........................................... 27 4.1.1. Đặc điểm về tuổi ........................................................................... 27 4.1.2. Đặc điểm về giới tính .................................................................... 27 4.2. Đặc điểm về căn nguyên vi sinh .......................................................... 28 4.2.1. Kết quả xác định tác nhân vi sinh ................................................. 28 4.2.2. Đặc điểm về căn nguyên vi khuẩn ................................................ 28 4.3. Tính nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn ............................ 30 4.3.1. Tính nhạy cảm kháng sinh của chủng H. influenzae .................... 30 4.3.2. Tính nhạy cảm kháng sinh của chủng S. pneumoniae .................. 31 4.3.3. Tính nhạy cảm kháng sinh của chủng S. aureus ........................... 32 4.3.4. Tính nhạy cảm kháng sinh của chủng K. pneumoniae ................. 32 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT ............................................................................ 34 TÀI LIỆU THAM KHẢO ............................................................................... 36 MỞ ĐẦU Theo ước tính sức khỏe toàn cầu năm 2019 của Tổ chức Y tế Thế giới (WHO), viêm phổi là căn bệnh gây tử vong hàng đầu ở trẻ em dưới 5 tuổi, đứng hàng thứ tư nguyên nhân gây tử vong ở người và đứng đầu trong nhóm bệnh truyền nhiễm. Ước tính tử vong toàn cầu năm 2017, thế giới ghi nhận hơn 2,5 triệu ca tử vong do viêm phổi, trong đó nhóm trẻ em dưới 5 tuổi chiếm 15%. Tại Việt Nam, viêm phổi là nguyên nhân thứ 3 gây tử vong ở trẻ em dưới 5 tuổi, chỉ đứng sau dị tật bẩm sinh và biến chứng sinh non [52]. Tỷ lệ mắc viêm phổi hàng năm ở trẻ em trên toàn cầu đang có xu hướng giảm, tuy nhiên tỷ lệ mắc bệnh vẫn còn cao đặc biệt ở các quốc gia có thu nhập thấp và các nước đang phát triển, năm 2015 ước tính hàng năm tại các nước đang phát triển cứ 1.000 trẻ thì có 231 trẻ mắc viêm phổi, tỷ lệ này ở Việt Nam là 31 trẻ [52] . Nguyên nhân dẫn đến việc gia tăng tỉ lệ mắc viêm phổi là sự kết hợp của nhiều yếu tố, bao gồm tình trạng suy dinh dưỡng, môi trường sống, thói quen vệ sinh, việc tiếp xúc thường xuyên với yếu tố nguy cơ như sinh vật trung gian truyền bệnh, vi khuẩn và virus,…. Trong đó, vi khuẩn và virus là 2 căn nguyên chính gây bệnh phổ biến. Theo một báo cáo, tỷ lệ vi khuẩn gram âm gây viêm phổi đang có xu hướng ngày càng tăng lên ở khu vực Châu Á – Thái Bình Dương [65]. Điều này đồng nghĩa với nguy cơ gia tăng khả năng kháng kháng sinh ở các chủng vi khuẩn gây bệnh. Xuất phát từ xu hướng thay đổi của các căn nguyên gây bệnh viêm phổi ở trẻ em và tình trạng kháng kháng sinh ngày càng phổ biến. Vì thế tôi thực hiện đề tài “Phân tích căn nguyên và tính nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn trên trẻ mắc viêm phổi tại Khoa Nhi – Bệnh viện Bạch Mai năm 2021” nhằm hai mục tiêu chính: (1) Mô tả căn nguyên gây bệnh viêm phổi ở trẻ em tại Khoa Nhi – Bệnh viện Bạch Mai năm 2021. (2) Phân tích tính nhạy cảm kháng sinh của chủng vi khuẩn gây bệnh viêm phổi trẻ em tại Khoa Nhi – Bệnh viện Bạch Mai năm 2021. 1 CHƯƠNG 1 – TỔNG QUAN 1.1. Tổng quan viêm phổi trẻ em 1.1.1. Khái niệm về viêm phổi Viêm phổi là tình trạng viêm cấp tính lan tỏa cả phế nang, mô kẽ và phế quản, có thể một hoặc hai bên phổi [3]. Viêm phổi mắc phải cộng đồng (VPCĐ) (Community acquired pneumonia – CAP) là tình trạng nhiễm trùng của nhu mô phổi xảy ra ở cộng đồng, bên ngoài bệnh viện, bao gồm viêm phế nang, ống và túi phế nang, tiểu phế quản tận hoặc viêm tổ chức kẽ của phổi [4]. Viêm phổi mắc phải bệnh viện (VPBV) (Hospital acquired pneumonia – HAP) là viêm phổi xảy ra sau 48 giờ nhập viện mà trước đó không có triệu chứng hô hấp hay nhiễm trùng và không có tổn thương hay tiến triển trên X – quang ngực trước 48 giờ nhập viện [69]. Viêm phổi kết hợp thở máy (VPTM) (Ventilation associated pneumonia – VAP) là viêm phổi xảy ra sau 48 – 72 giờ thở máy. Đây là hình thái viêm phổi thường xảy ra khi BN nằm tại phòng chăm sóc đặc biệt (ICU) [69]. Viêm phổi kết hợp chăm sóc y tế (VPCSYT) (Healthcare associated pneumonia – HCAP) là hình thái viêm phổi cũng được xem là một bộ phận của viêm phổi bệnh viện do phổ vi khuẩn tương tự như VPBV [69]. 1.1.2. Dịch tễ học viêm phổi trẻ em Trên thế giới, viêm phổi là nguyên nhân hàng đầu gây tử vong ở trẻ em. Ước tính mỗi năm có 101,8 triệu trẻ em mắc viêm phổi trong đó có 0,7 triệu ca tử vong [75]. Theo một phân tích hệ thống về tỷ lệ mắc viêm phổi ở trẻ em dưới 5 tuổi, số đợt mắc viêm phổi trẻ em ở các nước đang phát triển đã giảm từ 178 triệu đợt vào năm 2000 xuống còn 138 triệu đợt vào năm 2015, tương ứng giảm 22,0% số đợt mắc trong vòng 15 năm [75]. Trong kỷ nguyên thực hiện Mục tiêu Phát triển Thiên niên kỷ (MDG) giai đoạn 2000 – 2015, thế giới đã có sự giảm đáng kể tỷ lệ tử vong nói chung và tỷ lệ tử vong do viêm phổi nói riêng ở nhóm trẻ em nhờ vào những tiến bộ trong việc cải thiện tỷ lệ sống của trẻ. Chỉ 20 năm trước, khi dân số trẻ em là khoảng 625 triệu, đã có 1,7 triệu trẻ 2 em dưới 5 tuổi chết vì viêm phổi, sau 15 năm con số này đã giảm xuống còn khoảng 0,9 triệu trẻ [52]. Năm 2015 trong số 5,9 triệu trẻ em dưới 5 tuổi tử vong thì viêm phổi là nguyên nhân đứng hàng thứ 2 với khoảng 921.000 ca tử vong, chiếm 15,5% tổng số ca tử vong và đã giảm 51,0% trong vòng 15 năm kể từ năm 2000 [49, 52] . Tỷ lệ mắc và tử vong do viêm phổi ở trẻ em hàng năm ở các nước đang phát triển cao hơn gấp 10 đến 15 lần ở các nước phát triển, tỷ lệ này không chỉ phổ biến hơn mà còn có diễn biến nặng hơn so với các nước phát triển [58, 66, 68]. Ấn Độ và Đông Nam Á là 2 khu vực có số ca tử vong do viêm phổi cao nhất với lần lượt 0,5 triệu ca và 0,2 triệu ca chiếm ¾ tổng số ca tử vong do viêm phổi ở trẻ em dưới 5 tuổi trên toàn cầu. Năm quốc gia có số trẻ em dưới 5 tuổi tử vong do viêm phổi cao nhất là Ấn Độ, Nigeria, Pakistan, Cộng hòa Dân chủ Congo và Ethiopia [49]. Tại Việt Nam, viêm phổi là một trong 10 bệnh gây tử vong hàng đầu ở trẻ em [83]. Theo thống kê mới nhất của WHO năm 2019, viêm phổi đứng hàng thứ 3 nguyên nhân gây tử vong ở trẻ sơ sinh dưới 1 tuổi và đứng thứ 6 nguyên nhân gây tử vong ở trẻ dưới 5 tuổi [57]. Nghiên cứu gánh nặng Bệnh tật Toàn cầu thống kê năm 2017, Việt Nam có hơn 18.000 người tử vong do viêm phổi, trong đó gần 2.500 ca là trẻ em dưới 5 tuổi [75]. Thống kê cũng cho thấy cứ 100.000 trẻ em dưới 5 tuổi thì có 31 trẻ tử vong do viêm phổi [75]. Trong một nghiên cứu thực trạng khám và điều trị nhiễm khuẩn hô hấp tại Bệnh viện Nhi Trung ương tỷ lệ trẻ nhập viện do nhiễm khuẩn hô hấp chiếm tỷ lệ cao (55,9%) trên tổng số trẻ đến khám bệnh, đa số ở lứa tuổi từ 2 đến 59 tháng tuổi và 70,0% trong số đó là bệnh nhẹ đến nặng [18]. Viêm phổi là một căn bệnh có gánh nặng kinh tế đáng kể đối với các quốc gia trên thế giới. Trung bình tổng chi phí y tế liên quan đến viêm phổi ở BN dưới 5 tuổi từ 4,3 USD – 559,4 USD/đợt, tương đương 100.000 VND đến 12 triệu VND [81]. Tại Việt Nam, chi phí cho mỗi đợt điều trị dao động trong khoảng từ 3.000.000 VNĐ đến 5.000.000 VND, trong đó bảo hiểm chi trả trung bình 2.500.000 VND [6]. 3 1.2. Căn nguyên gây viêm phổi ở trẻ em 1.2.1. Căn nguyên virus Virus là nguyên nhân chính gây bệnh viêm phổi và gặp nhiều ở viêm phổi cộng đồng, chiếm 61,0% các tác nhân gây bệnh [56]. Virus hợp bào hô hấp (RSV) là virus phổ biến nhất gây viêm phổi ở trẻ em và chiếm 31,0% các tác nhân virus [56]. RSV gây ra 1,4 triệu ca mắc viêm phổi và 27.300 ca tử vong cho trẻ em dưới 6 tuổi năm 2005 [55]. Trẻ em dưới 2 tuổi có nguy cơ nhiễm RSV cao hơn và có khả năng diễn biến nặng [46].Viêm phổi do RSV thường không có dấu hiệu hoặc triệu chứng lâm sàng cụ thể, một số xét nghiệm có thể chẩn đoán xác định RSV: (1) nuôi cấy tế bào; (2) phản ứng chuỗi polymerase phiên mã ngược (RT-PCR); (3) xét nghiệm miễn dịch huỳnh quang trực tiếp (DFAs); (4) xét nghiệm phát hiện kháng nguyên nhanh (RADTs) và một trong những mẫu sinh học tốt nhất để thực hiện phân tích RSV là mẫu đờm mũi họng [21]. Virus cúm (IV) đóng vai trò quan trọng đe dọa thường trực đến sức khỏe con người, là tác nhân xuất hiện trong 22,0% các trường hợp CAP, có nhiều bằng chứng cho thấy những thay đổi mà virus cúm gây ra dẫn đến sự lây nhiễm vi khuẩn ở đường hô hấp trên và phổi [54]. Trong số 3 loại virus cúm A, B, C thì cúm A về mặt lâm sàng là quan trọng nhất gây bệnh viêm phổi nặng và có thể dẫn đến tử vong [60]. Bất chấp sự sẵn có của vac-xin phòng ngừa, WHO ước tính các vụ dịch cúm hàng năm gây ra 3-5 triệu ca bệnh nặng và 250.000 – 500.000 ca tử vong hàng năm [71]. Chủng ngừa bằng vac-xin được nhiều nghiên cứu đánh giá là làm giảm số lần nhập viện do viêm phổi và nhiễm trùng do phế cầu xâm lấn và tử vong [32, 38]. Virus sởi (MeV) là tác nhân gây bệnh sởi, bệnh sởi diễn biến phát ban toàn thân và có thể dẫn đến các biến chứng nhiễm trùng. Hầu hết các trường hợp tử vong do sởi là do tăng tính nhạy cảm với nhiễm khuẩn hoặc virus khác [28]. 1.2.2. Căn nguyên vi khuẩn Vi khuẩn là tác nhân phổ biến thứ 2 gây viêm phổi chiếm 27,0% và chỉ sau tác nhân virus [59]. Tác nhân vi khuẩn gây VPCĐ phổ biến là Streptococcus 4 pneumoniae và Hemophilus fluenzae [56], tiếp theo là Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae và Legionella pneumophila. Tỉ lệ mắc các chủng vi khuẩn có sự khác nhau giữa từng vùng địa lý, tác nhân vi khuẩn gây VPBV và VPTM bao gồm: Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae và Staphylococcus aureus [59]. Chủng vi khuẩn Gram dương S. pneumoniae là một loại phế cầu khuẩn Gram dương, hình mũi mác, từng là mầm bệnh phổ biến nhất gây VPCĐ trên toàn thế giới, trước khi có thuốc kháng sinh, đây là nguyên nhân của 95,0% trường hợp mắc viêm phổi [50]. S. pneumoniae phổ biến nhờ khả năng cư trú ở vòm họng, gần 40,0% – 50,0% trẻ em khỏe mạnh và 20,0% – 30,0% người lớn mang mầm bệnh [36]. Ở Châu Á, S. pneumoniae chiếm 13,3% các căn nguyên gây VPCĐ. Chụp Xquang được cho là phương pháp chính trong chẩn đoán viêm phổi, viêm phổi thùy cổ điển được cho là do S. pneumonia gây ra [33]. Ngoài ra phương pháp cấy đờm tuy có độ đặc hiệu thấp nhưng vẫn được khuyến cáo là nên làm, một kháng nguyên tồn tại trong mẫu nước tiểu có độ nhạy 80,0% và đặc hiệu 97,0% là công cụ hỗ trợ chẩn đoán xác định vi khuẩn [33]. S. aereus là vi khuẩn Gram dương, thường là tác nhân gây 80,0% nhiễm trùng ở bệnh viện [77]. S. aereus gây bệnh bằng cách tạo ra lớp màng sinh học, và làm cho bệnh trầm trọng hơn [48]. Chủng vi khuẩn Gram âm H. influenzae là một vi khuẩn Gram âm và đa hình, là nguyên nhân phổ biến của bệnh nhiễm trùng hô hấp, tỷ lệ nhiễm ở Châu Á là 6,9%, trong đó dạng H. influenzae–b (Hib) lây nhiễm chủ yếu cho trẻ em và những người bị suy giảm miễn dịch [59]. Hib xâm lấn phổ biến ở trẻ em dưới 5 tuổi và chủ yếu gây viêm phổi và viêm màng não mủ [42]. Viêm phổi thường được chẩn đoán bằng cách chụp X – quang phổi, sau đó nhuộm gram đờm và nuôi cấy chẩn đoán xác định, RT – PCR của dịch tiết hô hấp có độ nhạy cao 75,0%, độ đặc hiệu 80,0% [29]. A. baumannii là những coccobacilli Gram âm, hiếu khí và là một trong những mầm bệnh phổ biến nhất gây nhiễm trùng bệnh viện [47]. Có nhiều 5 nghiên cứu chỉ ra rằng A. baumannii có khả năng nhanh chóng phát triển đề kháng kháng sinh và có khả năng đề kháng với hầu hết các kháng sinh hiện có trên lâm sàng [47, 53]. Cơ chế kháng kháng sinh chính là sản sinh β – lactamase làm bất hoạt kháng sinh nhóm β – lactam [67]. P. aeruginosa là vi khuẩn Gram âm, thường gây bệnh ở đường hô hấp, tiết niệu, nhiễm trùng máu, đặc biệt đây là chủng gây bệnh thường xuyên qua các thiết bị y tế [27]. Chủng vi khuẩn này cũng cho thấy khả năng kháng kháng sinh cao [79]. K. pneumoniae là vi khuẩn Gram âm gây nhiễm trùng cơ hội. Hiện nay đã xuất hiện chủng K. pneumoniae đa kháng và siêu vi khuẩn kháng thuốc K. pneumoniae [26]. Đây là tác nhân quan trọng gây VPCĐ (chiếm 3% -15%) và VPBV (chiếm khoảng 8%-12%) [26, 61]. Vi khuẩn không điển hình: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae và Legionella pneumoniae là nhóm các vi khuẩn không điển hình gây viêm phổi ở trẻ em. Ở những bênh nhân bị VPCĐ tỷ lệ phát hiện M. pneumoniae, C. pneumoniae và L. pneumophila lần lượt là 10,1%; 3,5% và 2,7% [51]. M. pneumoniae có thể được phân lập trên môi trường huyết thanh, tuy nhiên thường rất khó vì đòi hỏi môi trường nuôi cấy đặc biệt và thời gian dài để tăng trưởng [63]. Không có phát hiện lâm sàng hoặc X – quang cụ thể đối với M. pneumoniae, nhuộm Gram và nuôi cấy không hữu ích cho việc chẩn đoán, PCR có thể được thực hiện nhanh chóng và là xét nghiệm được lựa chọn, các xét nghiệm huyết thanh học có độ nhạy và độ đặc hiệu chấp nhận được [22]. L. pneumoniae là trực khuẩn gram âm gây bệnh chủ yếu ở đường hô hấp và chỉ có thể chẩn đoán xác định bằng xét nghiệm ưu tiên nuôi cấy trên thạch có chứa than đặc biệt [78]. Mycobacterium tuberculosis là trực khuẩn gây bệnh lao, không phải Gram âm cũng không phải Gram dương do phản ứng kém với vết Gram. Vi khuẩn này đặc biệt do đề kháng với nhiều loại kháng sinh, khó nhuộm Gram và có khả năng tồn tại trong điều kiện khắc nghiệt như axit, kiềm. Nhuộm Ziehl – Neelsen thường được sử dụng nhất để chẩn đoán lao [23]. Các vi khuẩn khác 6 Bacteroides melanigenicus, Fusobacterium spp., Peptostreptococcus spp.) và/hoặc Streptococcus ở miệng (Streptococcusmilleri) là các vi khuẩn kỵ khí gây viêm phổi do hít phải, thường liên quan đến nhiễm trùng hoại tử đa căn nguyên, dấu hiệu thường thấy là đờm có mùi thối hoặc dịch mủ thối . Burkholderia pseudomallei là căn nguyên quan trọng gây VPCĐ ở các nước thuộc Đông Nam Á và Bắc Úc [45]. 1.2.3. Căn nguyên nấm, ký sinh trùng Nấm và ký sinh trùng là căn nguyên hiếm gặp nhất trong gây bệnh viêm phổi ở trẻ em, chiếm khoảng dưới 5% [56]. Một số tác nhân thường gặp bao gồm Histoplasma capsulatum, Coccidioides spp, Blastomyces dermatitidis [37]. 1.2.4. Cách xác định căn nguyên gây viêm phổi Chụp cắt lớp vi tính ngực [3] Phương pháp xác định bằng hình ảnh chụp cắt lớp vi tính ngực không thể xác định được chính xác căn nguyên gây bệnh, dựa vào hình ảnh tổn thương điển hình của vi sinh vật gây bệnh để hỗ trợ việc xác định tác nhân và lựa chọn kháng sinh phù hợp. - Viêm phổi do S. pneumoniae: tổn thương là các vùng đông đặc đồng nhất, có hình phế quản hơi, giới hạn ở một thùy phổi, có thể kèm theo tràn dịch và tràn mủ màng phổi. - Viêm phổi do S. aureus gây các tổn thương dạng viêm phế quản phổi với hình ảnh nhiều đám mờ đông đặc phổi. Tổn thương thường gặp dạng hang, có thể kèm theo tràn dịch và tràn mủ màng phổi. - Viêm phổi do K. pneumoniae: thường gặp ở thùy trên, có hình ảnh đông đặc phổi, có hình ảnh phế quản hơi, tổn thương thường gây xuất tiết nhiều đẩy lồi rãnh liên thùy về phía phổi lành, thường tạo hang, có kèm theo tràn dịch và tràn mủ màng phổi nhiều hơn so với S. pneumoniae. - Viêm phổi do Legionella: các tổn thương đông đặc lan tỏa, ở một thùy hoặc nhiều thùy phổi, thường kèm tràn dịch màng phổi ít, hiếm khi gặp tổn thương dạng áp xe. 7 - Viêm phổi do H. influenzae: tổn thương dưới dạng viêm phế quản phổi rải rác nhiều phân thùy phổi hai bên. - Viêm phổi do virus: Ở người lớn, tổn thương dạng đám mờ phế nang ở thùy dưới hai bên hay dạng kính mờ. Ở trẻ em gặp dạng nốt lưới lan tỏa. Một số trường hợp tổn thương phổi tiến triển rất nhanh gây suy hô hấp cấp. Các xét nghiệm vi sinh xác định vi khuẩn [5, 43, 80] Quy trình xét nghiệm vi sinh gồm hai giai đoạn. Chẩn đoán nhanh: - Kinh điển: nhuộm soi trực tiếp tìm vi khuẩn dựa vào hình thể, độ lớn và tính chất bắt màu cũng như cách sắp xếp của chúng, bằng phương pháp nhuộm Gram cho hầu hết các loại vi khuẩn và nhuộm Ziehl – Neelsen cho các vi khuẩn kháng cồn và acid, ví dụ lao. Riêng vi khuẩn tả, có thể soi tươi để phát hiện vi khuẩn dựa vào tính chất di động điển hình của nó. - Hiện đại: nếu có điều kiện, có thể áp dụng một số kỹ thuật mới tìm vi khuẩn, ví dụ nhuộm huỳnh quang tìm vi khuẩn kháng acid - AFB (acid fast bacillus) dựa vào chất huỳnh quang gắn vào vỏ “sáp” hoặc dựa vào đoạn ADN đặc trưng như PCR (Polymerase Chain Reaction). - Ưu điểm của phương pháp này là nhanh có kết quả (sau khoảng 30 phút đến 2 giờ) rất hữu ích cho lâm sàng: điều trị kịp thời, nhưng nhược điểm là không chính xác. - Nhuộm soi có ưu điểm vượt trội là đơn giản, rẻ tiền, dễ áp dụng cho mọi phòng xét nghiệm nhưng nhược điểm là không chính xác, vì nhiều vi khuẩn có hình dạng và tính chất bắt màu giống nhau và không biết độ nhạy cảm của vi khuẩn với kháng sinh. - Nhuộm soi trực tiếp còn có vai trò quan trọng đối với Labo vi sinh: giúp lựa chọn môi trường nuôi cấy và phân lập thích hợp cho công đoạn xét nghiệm tiếp theo. - Kết quả nhuộm huỳnh quang hoặc PCR tuy chính xác hơn nhưng đòi hỏi trang thiết bị hiện đại và sinh phẩm không rẻ tiền. Nuôi cấy: 8 - Nuôi cấy trong môi trường phân lập hoặc tăng sinh tùy từng loại bệnh phẩm và vi khuẩn cần tìm để có dòng vi khuẩn thuần nhất. - Xác định: định danh vi khuẩn gây bệnh dựa vào các đặc tính sinh vật hóa học và kháng nguyên của nó. 1.3. Phác đồ kháng sinh điều trị viêm phổi ở trẻ em dưới 5 tuổi Theo “Hướng dẫn chẩn đoán và điều trị một số bệnh thường gặp ở trẻ em của Bộ Y tế (2015): 1. Viêm phổi Uống một trong các kháng sinh sau: - Amoxicillin 80mg/kg/24 giờ, chia 2 lần hoặc Amoxicillin – Clavulanic 80mg/kg/24 giờ, chia 2 lần .Thời gian điều trị 5 ngày. - Nếu trẻ dị ứng với nhóm β-lactam hoặc nghi ngờ viêm phổi do vi khuẩn không điển hình thì dùng nhóm Macrolide: (Azithromycin, Clarithromycin hoặc Erythromycin). 2. Viêm phổi nặng Kháng sinh lựa chọn ban đầu thuộc nhóm Penicilline A kết hợp 1 thuốc thuộc nhóm Aminosid, lựa chọn: - Ampicillin 200mg/kg/24 giờ, chia 4 lần, tiêm tĩnh mạch chậm cách mỗi 6 giờ hoặc Amoxicillin-clavulanic 90mg/kg/24 giờ, chia 3 lần, tiêm tĩnh mạch chậm hoặc tiêm bắp cách mỗi 8 giờ. - Kết hợp với Gentamicin 7,5mg/kg tiêm tĩnh mạch chậm 30 phút hoặc tiêm bắp một lần. Có thể thay thế bằng Amikacin 15mg/kg tiêm tĩnh mạch chậm hoặc tiêm bắp. - Dùng Ceftriaxone 80mg/kg/24h tiêm tĩnh mạch chậm 1 lần hoặc Cefotaxime 100 – 200 mg/kg/24 giờ, chia 2 - 3 lần tiêm tĩnh mạch chậm; dùng khi thất bại với các thuốc trên hoặc dùng ngay từ đầu. - Thời gian dùng kháng sinh ít nhất 5 ngày. - Nếu có bằng chứng viêm phổi, màng phổi do tụ cầu nhạy với Methicilline, dùng Oxacillin hoặc Cloxacillin 200mg/kg/24 giờ, chia 4 lần, tiêm tĩnh mạch chậm. Kết hợp với Gentamycin 7,5mg/kg/24 giờ, tiêm tĩnh mạch 9 chậm. Chọc hút hoặc dẫn lưu mủ khi có tràn mủ màng phổi. Điều trị ít nhất 3 tuần. - Nếu có bằng chứng viêm phổi do vi khuẩn không điển hình: uống Macrolide nếu trẻ không suy hấp. Nếu trẻ suy hô hấp, dùng Levofloxacin tiêm tĩnh mạch chậm 15-20 mg/kg/12h, ngày hai lần. Thời gian điều trị 1- 2 tuần. 1.4. Nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn gây bệnh viêm phổi trẻ em 1.4.1. Tình hình kháng kháng sinh của vi khuẩn gây bệnh viêm phổi ở trẻ em S. pneumoniae là vi khuẩn hàng đầu gây viêm phổi và tử vong do viêm phổi ở trẻ em toàn cầu. S. pneumoniae xuất hiện kháng thuốc với nhiều loại kháng sinh, như Penicillin, Cephalosporin, kháng sinh nhóm Macrolide, Floroquinolon và đa kháng thuốc bằng cách hình thành màng sinh học trong vòm họng [30], cơ chế chuyển gen theo chiều ngang giúp cho vi khuẩn này dễ dàng thu nhận các gen kháng thuốc [72]. Tình hình kháng Penicillin hiện nay không còn quá nghiêm trọng. Một nghiên cứu đánh giá tính nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn này từ năm 2000 đến 2020 được thực hiện cho kết quả: Ước tính tỷ lệ S. pneumoniae kém nhạy cảm với kháng sinh Penicillin, Sulfamethoxazole – Trimethoprim và Cephalosporin thế hệ 3 đã giảm đáng kể [25]. Việc triển khai tiêm vac-xin ngừa phế cầu đã làm giảm tỷ lệ phế cầu lưu hành kháng thuốc điều trị viêm phổi đầu tay [25]. Tuy nhiên, S. pneumoniae kháng Macrolide đang có xu hướng tăng cao liên tục và nghiêm trọng hơn với tỷ lệ đề kháng là 28,0% [35, 80]. Tỷ lệ đa kháng thuốc được báo cáo là 59,3%, ở Việt Nam là 75,5% . Tỷ lệ kháng Fluroquinolon còn hiếm gặp [62]. Chủng vi khuẩn H. influenzae có tỷ lệ kháng thuốc thấp hơn, tuy nhiên nhiều nghiên cứu đã chỉ ra vi khuẩn này đã kháng với nhiều loại kháng sinh điều trị viêm phổi phổ biến như một số β – lactam, Macrolide, Tetracycline [74]. S. aureus là tác nhân quan trọng gây VPBV, trong đó tác nhân điển hình là chủng kháng Methixillin với tỷ lệ mắc và tử vong cao, đặc biệt là ở Mỹ [40]. Nghiên cứu tại Châu Á, tỷ lệ chủng S. aureus kháng Methixillin khoảng 60,0% - 70,0% [31]. Tại Việt Nam, tỷ lệ mắc S. aureus kháng Methixillin là 48,0% 10 78,9%, khác nhau giữa Bắc – Trung – Nam [70]. S. aureus cũng được phát hiện kháng với Vancomycin, Linezolid và Tigecyclin trong một nghiên cứu tại Ấn Độ [44]. 1.4.2. Cách xác định tính nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn [5] Kháng sinh đồ là kỹ thuật xác định độ nhạy cảm của vi khuẩn với kháng sinh in vitro. Thực hiện kháng sinh đồ nhằm hai mục đích: định tính và định lượng mức độ nhạy cảm của vi khuẩn với kháng sinh, vì thế có hai kỹ thuật, dựa trên hai nguyên lý khác nhau. - Kỹ thuật khoanh giấy kháng sinh khuếch tán nhằm định tính: mỗi khoanh giấy thấm một loại kháng sinh với hàm lượng nhất định; chúng sẽ tạo ra các vùng ức chế có đường kính khác nhau sau khi nuôi cấy vi khuẩn. Dựa vào đường kính của vùng ức chế đo được mà xếp loại S (nhạy cảm), I (trung gian) hay R (đề kháng). WHO khuyến cáo tất cả các Labo vi sinh áp dụng kỹ thuật Kirby-Bauer đã được chuẩn hóa nhằm đạt sự đồng nhất về kỹ thuật và nếu đảm bảo chất lượng, kết quả kháng sinh đồ của các Labo khác nhau (kể cả trong nước và nước ngoài) có thể so sánh được với nhau, được tổng hợp và phân tích để tìm ra đặc điểm và mức độ đề kháng của mỗi loài vi khuẩn ở từng bệnh viện/vùng/ quốc gia giúp ích cho việc xây dựng phác đồ điều trị theo kinh nghiệm và cho công tác phòng bệnh. - Kỹ thuật pha loãng kháng sinh trong môi trường lỏng hoặc đặc nhằm định lượng: xác định nồng độ kháng sinh tối thiểu ức chế được sự phát triển của vi khuẩn (MIC - Minimal Inhibitory Concentration) hoặc nồng độ kháng sinh tối thiểu giết chết vi khuẩn (MBC - Minimal Bactericidal Concentration). - Ưu điểm của phương pháp nuôi cấy gồm phân lập, định danh vi khuẩn và kháng sinh đồ là kết quả chính xác nhưng nhược điểm là cần nhiều thời gian, ví dụ với vi khuẩn phát triển nhanh từ một số bệnh phẩm có thể sau 2 ngày có kết quả xét nghiệm; nhưng với những vi khuẩn phát triển chậm (ví dụ lao) hoặc có số lượng ít trong bệnh phẩm (ví dụ máu) hoặc do người bệnh đã dùng kháng sinh sẽ cần nhiều ngày hơn. Tuy kết quả nuôi cấy và kháng sinh đồ có thể làm chậm với chính người bệnh ấy nhưng đó là bằng chứng giúp nhà lâm sàng tích lũy kinh nghiệm cho 11