Tài liệu Bài giảng giá trị của dna thai tự do trong sàng lọc trước sinh không xâm lấn phát hiện lệch bội nst thai sử dụng công nghệ giải trình tự bán dẫn

HỘI NGHỊ SẢN PHỤ KHOA TOÀN QUỐC 2019 GIÁ TRỊ CỦA DNA THAI TỰ DO TRONG SÀNG LỌC TRƯỚC SINH KHÔNG XÂM LẤN PHÁT HIỆN LỆCH BỘI NST THAI SỬ DỤNG CÔNG NGHỆ GIẢI TRÌNH TỰ BÁN DẪN Báo cáo viên: Ths.Bs. Hoàng Hải Yến TỶ LỆ BẤT THƯỜNG NST TRONG CĐTS • 50% các trường hợp sảy thai Trisomy 21 • 0,5 - 1%: trẻ sinh ra Trisomy 18 13% • Trisomy:TCL, dị tật bẩm sinh, chậm phát triển thể chất, tâm thần, tử vong sớm sau sinh. 53% 5% 4% 8% Trisomy 13 17% X/Y trisomy 45,X • 85 %: trisomy 13, 18, 21và lệch Other bội NST giới tính Diana Wellesley et al. Rare chromosome abnormalities, prevalence and prenatal diagnosis rates from populationbased congenital anomaly registers in Europe. European Journal of Human Genetics (2012) 20, 521–526 hinhanhykhoa.com SÀNG LỌC, CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH HIỆN NAY • Tỷ lệ phát hiện: ≤ 94% Sàng lọc - Siêu âm - Hóa sinh • Tỷ lệ dương tính giả: 5% • Rủi ro từ thủ thuật xâm lấn: 0,1-1% - STGR - Chọc ối Tư vấn • Không sàng lọc rối loạn NST giới tính Phân tích di truyền NONINVASIVE PRENATAL SCREENIG (NIPS) Giảm rủi ro Ứng dụng rộng rãi? MỤC MỤC TIÊU TIÊU CỦA NIPS NIPT CỦA Tỷ lệ phát hiện cao Giảm tỷ lệ dương tính giả CƠ SỞ NIPS: DNA THAI TỰ DO (cffDNA) Nguồn gốc: Tế bào rau thai (cytotrophoblast). Phát hiện trong máu mẹ từ 9-10 tuần thai Đoạn DNA ngắn: 150-200 bp Thời gian bán huỷ 16,3 phút, mất Tăng dần theo tuổi thai: 3-13% sau sinh 2 giờ PHƯƠNG PHÁP PHÁT HIỆN cffDNA Giải trình tự từng đoạn song song khối lượng lớn ngẫu nhiên (MPS) MPS sau khi làm giàu đoạn đích DNA MPS dùng vị trí đích là các đoạn đích ngắn đặc hiệu của NST MPS dùng vị trí đích là các đa hình đơn nucleotid, SNP Thomas Harasim et al. Current status of non-invasive prenatal testing (NIPT): genetic counseling, dominant methods and overall performance. J Lab Med 2016; 40(5): 299–306 TẦM QUAN TRỌNG CỦA cfDNA Phát hiện trisomy trong huyết tương phụ thuộc vào tỷ lệ cfDNA thai Tỷ lệ cfDNA thai càng cao, càng dễ phát hiện lệch bội Tỷ lệ cfDNA thai 3-4% giảm độ nhạy của NIPS (*) (*) Sparks AB, Struble CA, Wang ET, Song K, Oliphant A: Non-invasive prenatal detection and selective analysis of cellfree DNA obtained from maternal blood: evaluation for trisomy 21 and trisomy 18. Am J Obstet Gynecol GIÁ TRỊ CỦA NIPS (37 NC, n=21.608) LỆCH BỘI n DR (%) FPR (%) Trisomy 21 1.051 99,2 0,09 Trisomy 18 389 96,3 0,13 Trisomy 13 139 91 0,13 Monosomy X 177 90,3 0,23 Khác 56 93 0,14 Đồng thuận với thai kỳ nguy cơ cao MỤC TIÊU Xác định giá trị của cffDNA trong sàng lọc trước sinh không xâm lấn phát hiện lệch bội NST 21, 18, 13 và NST giới tính thai sử dụng công nghệ giải trình tự bán dẫn dựa vào phương pháp SeqFF hinhanhykhoa.com ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU Tiêu chuẩn lựa chọn Thai đơn ≥10 tuần có từ 1 hay nhiều tiêu chuẩn sau: TM ≥ 35 tuổi. Kết quả triple test, combined test nguy cơ cao >1/250. Siêu âm có bất thường hình thái TS đẻ con có lệch bội NST, thai chết lưu, sảy thai nhiều lần… Thai phụ đồng ý tham gia nghiên cứu ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU Tiêu chuẩn loại trừ Thai < 10 tuần, đa thai hoặc song thai tiêu biến Thai phụ đã thực hiện phẫu thuật cấy ghép hoặc trị liệu sử dụng tế bào gốc Thai phụ được truyền máu trong vòng 30 ngày. Thai phụ mắc ung thư, thai. phụ thực hiện IVF xin noãn Thai phụ có chuyển đoạn NST cân bằng, lệch bội NST. Thai phụ không đồng ý tham gia nghiên cứu hinhanhykhoa.com PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả cắt ngang, theo dõi dọc Cỡ mẫu nghiên cứu: 1231 mẫu Địa điểm nghiên cứu: - Bộ môn Hóa sinh, Trường Đại học Y Hà Nội - Trung tâm SL, CĐTS & SS, Bệnh viện Phụ sản Hà nội Thời gian nghiên cứu: 5/2016 – 8/2018 Xử lý số liệu: phần mềm Epidata 3.1, STATA 14 và các thuật toán thống kê .. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Mẫu bệnh phẩm: 10ml máu tĩnh mạch vào ống Streck Dụng cụ nghiên cứu: TTSL,CĐTS, BVPSHN Hóa chất nghiên cứu: - Hóa chất tách cfDNA tự động của Perkin Elmer. - Hóa chất chuẩn bị mẫu và nhân bản DNA phục vụ GTT của Thermo Fisher. - Chip bán dẫn dùng cho GTT của Thermo Fisher. hinhanhykhoa.com KỸ THUẬT SỬ DỤNG TRONG NGHIÊN CỨU Phân tích Kq ISP SƠ ĐỒ NGHIÊN CỨU 1231 thai phụ nguy cơ cao Lấy máu tĩnh mạch Giải trình tự thế hệ mới NGS Sàng lọc (z-score) Nguy cơ cao Nguy cơ thấp Chọc hút dịch ối (từ tuần 16) Theo dõi đến khi sinh Karyotype Kết luận hinhanhykhoa.com KẾT QUẢ 1. ĐẶC ĐIỂM ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU Đặc điểm Giá trị Tuổi mẹ 34,3  5,7 (17-47) Tuổi mẹ trung bình (năm) <35 tuổi (n, %) 537 (43,6%) ≥35 tuổi (n, %) 694 (56,4%) Tuổi thai 15,2  3,1 (10-30) Tuổi thai trung bình (tuần) 10-13 tuần 6 ngày (n, %) 468 (38,02%) 14-20 tuần 6 ngày (n, %) 704 (57,19%) 59 (4,79%) ≥21 tuần (n, %) McCullough RM, Almasri EA, Guan X, et al (2014). Non-Invasive Prenatal Chromosomal Aneuploidy Testing - Clinical Experience: 100,000 Clinical Samples. PLoS One, 9(10), e109173 hinhanhykhoa.com 2. TỶ LỆ THẤT BẠI NIPS Tỷ lệ cffDNA thấp Lần 1 Lần 2 Chung cffDNA < 3.5% > 3.5% Tổng số n % n % n % 47 3,8 17 36,2 17 1,36 1201 96,2 30 63,8 1231 98,6 1248 100 47 100 1248 100 - Gil MM, Quezada MS, Revello R, Akolekar R, Nicolaides KH (2015). Analysis of cell-free DNA in maternal blood in screening for fetal aneuploidies: updated meta-analysis. Ultrasound Obstet Gynecol - Saskia Tamminga, Merel van Maarle, et al (2016). Maternal Plasma DNA and RNA Sequencing for PrenatalTesting. Advances in Clinical Chemistry 3. TỶ LỆ cffDNA VÀ TUỔI THAI cff DNA n Tuần SD 10-13 tuần 6 ngày (1) 459 7,42  2,80 14-20 tuần 6 ngày (2) 679 7,58  2,65 ≥ 21 tuần (3) 42 9,60  3,50 1180 7,59  2,77 p1-2 p1-3 p2-3 Tuổi thai Tổng 1,000(1) 0,000(2) 0,000(2) 1. Suzumori N, Ebara T, Yamada T, et al. Fetal cell-free DNA fraction in maternal plasma is affected by fetal trisomy. J Hum Genet. 2016;61:647–52. .2. Zhou Y, Zhu Z, Gao Y, et al. Effects of maternal and fetal characteristics on cell-free fetal DNA fraction in maternal plasma. Reprod Sci. 2015;22:1429–35. hinhanhykhoa.com