Tài liệu Xác định sự phân bố các genotype của hcv từ bệnh nhân đến khám và điều trị tại bệnh viện bệnh nhiệt đới trung ương năm 2010 2011

Xác định sự phân bố các genotype của HCV từ bệnh nhân đến khám và điều trị tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2010-2011 Nguyễn Thị Như Hà Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Luận văn ThS ngành: Sinh học thực nghiệm; Mã số: 60 42 30 Người hướng dẫn: PGS.TS. Nguyễn Vũ Trung Năm bảo vệ: 2012 Abstract: Xác định sự phân bổ của các genotype của HCV bằng kỹ thuật giải trình tự gen ở bệnh nhân đến khám và điều trị tại bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2010-2011: xác định các kiểu gen của HCV ở bệnh nhân đến khám và điều trị tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương bằng kỹ thuật giải trình tự gen; đánh giá mối liên quan giữa kiểu gen HCV với một số đặc điểm về dịch tễ học và cận lâm sàng. Keywords: Sinh học thực nghiệm; Viên gan virút C; Phân bổ gen Content MỞ ĐẦU Bệnh viêm gan vi rút C hiện nay đang là một vấn đề y tế toàn cầu. Theo ước tính của Tổ chức Y tế Thế giới, tỉ lệ nhiễm HCV trên thế giới khoảng 3,1%, tương đương 170 triệu người, với số nhiễm mới 3-4 triệu người mỗi năm [10] [24] [57] .Tổng chi phí y tế dành cho chẩn đoán và điều trị cũng như phòng viêm gan vi rút C dự đoán tăng từ 30 tỷ USD vào năm 2009 lên đến hơn 85 tỷ USD vào năm 2024. Nếu không điều trị, viêm gan vi rút C diễn biến thành biến chứng xơ gan, ung thư gan và có thể dẫn đến tử vong [31] [57] . Tỉ lệ nhiễm HCV dẫn đến xơ gan là 15-20% sau 20 năm. Tỷ lệ ung thư gan trên bệnh nhân nhiễm HCV chiếm khoảng 1,4-3,3% mỗi năm, trong đó, tử vong là 2,6-4% [57]. Ở Việt Nam 510% dân số nhiễm HCV [12]. Viêm gan vi rút C là một bệnh nguy hiểm vì triệu chứng lâm sàng thường không rõ ràng, 90% trường hợp không có triệu chứng, trong khi đó hậu quả của bệnh để lại thường rất nặng nề. Có 50%-80% viêm gan vi rút C chuyển thành mạn tính, 20%-25% bệnh nhân mạn tính diễn tiến qua xơ gan và ung thư gan [4] [30] . Do đó, xác định chính xác tác nhân HCV là một mục tiêu quan tâm hàng đầu của các bác sĩ. Vi rút viêm gan C được phân thành 6 kiểu gen ký hiệu bằng số từ 1 đến 6 và phân ra các kiểu gen phụ ký hiệu bằng chữ a,b,c,…[52]. Ngoài xét nghiệm tìm kháng thể kháng HCV, xác định số lượng vi rút trong máu để chẩn đoán tình trạng nhiễm HCV, xác định kiểu gen trước khi điều trị có thể tiên đoán khả năng đáp ứng, xác định thời gian điều trị và dự đoán hiệu quả điều trị kháng vi rút [21] [28] . Tại Việt nam, nghiên cứu về kiểu gen HCV được tiến hành từ năm 1994 [40], tuy nhiên, từ đó đến nay, có một số nghiên cứu thực hiện trong khuôn khổ hợp tác nghiên cứu với nước ngoài và được thực hiện ở nước ngoài. Ngoài ra, số lượng nghiên cứu còn rất hạn chế. Thêm vào đó, nhiều nghiên cứu phân loại kiểu gen dựa vào trình tự đoạn 5’ không mã hóa của bộ gen HCV. Nhưng hiện nay, việc phân loại theo hình thức này không chính xác do vi rút thuộc kiểu gen 6 của HCV có trình tự đoạn này giống với các chủng thuộc kiểu gen 1 nên có sự phân loại nhầm lẫn giữa hai kiểu gen này. Do vậy, các tác giả đã khuyến cáo sử dụng trình tự đoạn core, E1 hoặc NS5B cho phân loại kiểu gen của HCV. Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương là cơ sở hàng đầu về chẩn đoán, điều trị các bệnh truyền nhiễm nói chung, đặc biệt là các bệnh viêm gan trong đó có viêm gan vi rút C nói riêng. Vì vậy, nhu cầu chẩn đoán bệnh sớm và chính xác càng cấp thiết. Từ năm 2010, chúng tôi đã tiến hành triển khai kỹ thuật xác định kiểu gen HCV bằng kỹ thuật giải trình tự gen vùng core của HCV giúp chẩn đoán và điều trị bệnh. Qua hơn 1 năm triển khai chúng tôi đã thu được các kết quả nhất định. Vì vậy chúng tôi tiến hành đề tài “Xác định sự phân bố các genotype của HCV bằng kỹ thuật giải trình tự gen ở bệnh nhân đến khám và điều trị tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2010-2011” với các mục tiêu sau: 1. Xác định các kiểu gen của HCV ở bệnh nhân đến khám và điều trị tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương bằng kỹ thuật giải trình tự gen. 2. Đánh giá mối liên quan giữa kiểu gen HCV với một số đặc điểm về dịch tễ học và cận lâm sàng. References [1] 1, Trần Hữu Bích, Nguyễn Thúy Quỳnh, Nguyễn Ngọc Bích et al., Điều tra dịch tễ tình hình nhiễm vi rút viêm gan B và C tại Hà Nội và Bắc Giang, Y Học TP. Hồ Chí Minh 14 (phụ bản của Số 4) (2010), pp. 71-82. [2] 2, Phạm Thị Ngọc Bích, and Phạm Thị Diễm Thảo, Định lượng nộng độ virus và khảo sát tỷ lệ từng loại genotype của HCV bằng quy trình kỹ thuật Real-time RT-PCR trên các bệnh nhân được xét nghiệm tại bệnh viện Đại học Y dược và công ty Việt Á, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch, 2010. [3] 3, and Nguyễn Trọng Chính, Nhiễm Vi rút viêm gan C ở bệnh nhân mắc bệnh gan và genotype viruts viêm gan C, Tạp chí Y Dược học quân sự 3 (2004), pp. 93-97. [4] 4, Hồ Tấn Đạt, Phạm Thị Thu Thủy, Nguyễn Thanh Tòng et al., Kiểu gen của siêu vi viêm gan C ở Việt Nam, Y Học TP. Hồ Chí Minh 10 (2006), pp. 28 -34. [5] 5, and Nguyễn Thanh Hảo, Xác định genotype vi rút viêm gan C ở Việt Nam, Tạp chí Y Học Dự phòng X, số 3 (45) (2000), pp. 39-43. [6] 6, and L.T.H. Lê Thanh Hoà, Định typ (genotyping) virus viêm gan C (HCV) sử dụng chỉ thị 5’UTR trên bệnh nhân viêm gan virus ở Hà Nội, Y học Việt Nam 7 (2007), pp. 29-36. [7] 7, and Khổng Minh Huệ, Nghiên cứu tạo bộ sinh phẩm phát hiện HIV, HBV và HCV bằng kỹ thuật PCR, Luận văn thạc sĩ khoa học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội 2009. [8] 8, and Liên, Tìm hiểu các thứ type di truyền của vi rút viêm gan C tại thành phố Hồ Chí Minh, Y học Thực Hành 2 (2006), pp. 72-75. [9] 9, and Nguyễn Nghiêm Luật; Đoàn Văn Thuyết, Phát hiện kiểu gen (genotypes) và kiểu gen phụ (subtypes) của vi rút viêm gan C lây nhiễm ở khu vực Hà nội bằng kỹ thuật giải trình tự gen trực tiếp, Y Học Việt Nam 2 (2011), pp. 170-175. [10] 10, and N.N.L. Cao Minh Nga, Tình trạng nhiễm HCV, HIV, HBV và Lao trên các đối tượng nghiện ma tuý, Y học TP. Hồ Chí Minh Tập 9 số 1 (2005), pp. 73-78. [11] 11, and Trịnh Thị Ngọc, Lưu hành genotype viêm gan C ở các bệnh nhân có tiền sử tiêm chích ma túy và giá trị của nó trong tiên lượng điều trị, Tạp chí Vệ sinh phòng dịch VI, Số 1(26) (1996), pp. 47-51. [12] 12, and Võ Minh Quang, Các yếu tố dịch tễ, lâm sàng và cận lâm sàng ở bệnh nhân viêm gan siêu vi C điều trị tại bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP.HCM - Năm 2006-2007, Y Học TP. Hồ Chí Minh 13 (2009), pp. 268-273. [13] 13, and Nguyễn Thị Tuyết Vân, Tình hình nhiễm vi rút viêm gan C trên người nghiện chích ma túy tại trại giam Đăk Trung, Gia Trung và trung tâm giáo dục xã hội của Tây Nguyên, Y Học TP. Hồ Chí Minh 12(Phụ bản số 1) (2008). [14] A. Hawkins, F.Davidson, and P. Simmonds, Comparison of Plasma Virus Loads among Individuals Infected with Hepatitis C Virus (HCV) Genotypes 1, 2, and 3 by Quantiplex HCV RNA Assay Versions 1 and 2, Roche Monitor Assay, and an In-House Limiting Dilution Method, J Clin Microbiol 35 (1997), pp. 187-192. [15] Alan Flanciscus, HCV Diagnostic Tools: Genotype, Subtype and Quasispecies, Hepatitis C support project (2011). Available at www.hcvadvocate.org. [16] Considering-HCV-treatment., Know your genotype and viral load, HCV Advocate 6 (2003). [17] D. T. Chao, K. Abe, and M. H. Nguyen, Systematic review: epidemiology of hepatitis C genotype 6 and its management, Aliment Pharmacol Ther 34 (2011), pp. 286-96. Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=21623850. [18] Deok Ja Oh, Prevalence of Hepatitis C virus infections and Distribution of Hepatitis C virus genotypes among Korean Blood Donors, Annals of Laboratory Medicine 32 (2012), pp. 210-215. [19] Di Martino V, Rufat, Boyer, Renard et al., The influence of human immunodeficiency virus coinfection on chronic hepatitis C in injection drug users: a long-term retrospective cohort study, Hepatology 34 (2001), pp. 1193-9. Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=11732009. [20] Dodd R.Y, Notari E.P.t., and S.L., Current prevalence and incidence of infectious disease markers and estimated window-period risk in the American Red Cross blood donor population, Transfusion 42(8) (2002), pp. 975-979. [21] Doi H, Hepatittis C virus (HCV) subtype prevalence in Chiang Mai, Thailand, and identification of novel subtypes of HCV major type 6, J Clin Microbiol 34 (1996), pp. 569-574. [22] Fuat Kurbanov, Hepatitis C virus molecular epidemiology in Uzbekistan, Journal of Medical Virology 69 (2003), pp. 367-375. [23] GC, New hepatitis C guidlines for the Asia-Pacific region: APASL consensus statements on the diagnosis, management and treatment of hepatitis C virus infection, J. Gastroenterol. Hepatol 22 (2007), pp. 607-610. [24] Global burden of hepatitis C working group, Global burden of disease (GBD) for hepatitis C, j Clin Pharmacol 44 (1) ( 2004), pp. 20-29. [25] Gordon. S. C., and R.S., The pathology of hepatitis C as a function of mode of transmission blood transfusion VS intravenous drug user, Hepatology 18 No6 (1993), pp. 13381343. [26] Jean-Francois Cantaloube, Laperche, Gallian, Bouchardeau et al., Analysis of the 5' noncoding region versus the NS5b region in genotyping hepatitis C virus isolates from blood donors in France, J Clin Microbiol 44 (2006), pp. 2051-6. Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=16757597. [27] Johannes Bircher, Clinical Hepatology, second ed, oxford university press, 1999. [28] Legrand-Abravanel F, Influence of the HCV subtype on the virological response to pegylated interferon and ribaverin therapy, J Med virol 81(12) (2009), pp. 2029-2035. [29] Lesens O, Deschênes M, Steben M, Bélanger G et al., Hepatitis C virus is related to progressive liver disease in human immunodeficiency virus-positive hemophiliacs and should be treated as an opportunistic infection, J Infect Dis 179(5) (1999), pp. 1254-1258. [30] Lothar Thomas, Clinical Laboratory Diagnostics, Use and Assessment of Clinical Laboratory Results, TH-Books (1999), pp. 1273-1278. [31] Milliman, Consequenceces of hepatitis C virus (HCV): costs of a baby boomer epidemic of liver disease (2009). [32] Ming-Lung Yu, and Wan-Long Chuang, Treatment of chronic hepatitis C in Asia: When East meets West Journal of Gastroenterology and Hepatology 24 (2009), pp. 336-345. [33] Miriam J Alter, Epidemiology of viral hepatitis and HIV co-infection, J Hepatol 44 (2006), pp. S6-9. Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=16352363. [34] ---, Epidemiology of hepatitis C virus infection, World J Gastroenterol 13 (17) (2007), pp. 2436-2441. [35] Nakano T, LuL, LiuP, and Pybus OG, Viral gene sequences reveal the variable history of hepatitis C virus infection among countries, Journal of Infectious Diseases 190 (2004), pp. 1098– 1108. [36] Nizar N. Zein, Clinical Significance of Hepatitis C Virus Genotypes, Clinical Microbiology Reviews 13. No2 (2000), pp. 223-235. [37] Norah A Terrault, and Sanjiv Chopra, Screening for and diagnostic approach to hepatitis C virus infection, Nguồn: www.uptodate.com (2011). [38] P.Simmonds, Evolutionary analysis of variants of hepatitis C virus found in South-East Asia: comparison with classifications based upon sequence similarity Journal of General Virology 77 (1996), pp. 3013-3024. [39] Pham DA, High prevalence of Hepatitis C virus genotype 6 in Vietnam, Asian Pac J Allergy Immunol 27 (2009), pp. 153-160. [40] Pham Song, Markers of hepatitis C and B virus infections among blood donors in Ho Chi Minh city and Hanoi, Vietnam, Clinical and diagnostic laboratory immunology 1(4) (1994), pp. 413-418. [41] Ragni M. V, and Belle S. H, Impact of human immunodeficiency virus infection on progression to end-stage liver disease in individuals with hemophilia and hepatitis C virus infection, J Infect Dis 183 (2001), pp. 1112-5. Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=11237838. [42] Raymond D, Hepatitis C virus (HCV) and HIV/HCV coinfection: A critical review of research and treatment, Treatment Action Group 16 (2004), pp. 266-288. [43] Roche Diagnostic GmbH, COBAS AmpliPrep/COBAS TagMan COBAS HCV Test for in vitro dianostic use, Roche Diagnostic GmbH, 2009, pp. 18. [44] Sanjiv Chopra, Characteristics of the hepatitis C virus, Nguồn: www.uptodate.com (2009). [45] Schreiber G.B, Michael.B. Busch, Steven. H. Kleinman, and Korelitz James . J, The risk of transfusion-transmitted viral infections. The Retrovirus Epidemiology Donor Study, The New England Journal of Medicine 334(26) (1996), pp. 1685-1690. [46] Silini E, Bottelli R, Asti M, Bruno S et al., Hepatitis C virus genotypes and risk of hepatocellular carcinoma in cirrhosis: a case-control study, Gastroenterology 111 (1996), pp. 199–205. [47] Simmonds P, Alberti, Alter, Bonino et al., A proposed system for the nomenclature of hepatitis C viral genotypes, Hepatology 19 (1994), pp. 1321-4. Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=8175159. [48] Simmonds P, Bukh, Combet, Deleage et al., Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes, Hepatology 42 (2005), pp. 962-73. Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=16149085. [49] Stephane Chevaliez, Hepatitis C virus (HCV) genotype 1 subtype identification in new HCV drug development and future clinical practice, PLoS One 4 (2009), pp. e8209. Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=19997618. [50] Sueli M. Nakatani, Santos, Riediger, Krieger et al., Development of hepatitis C virus genotyping by real-time PCR based on the NS5B region, PLoS One 5 (2010), pp. e10150. Available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list _uids=20405017. [51] Svetlozar Natov, Daignosis of hepatitis C virus infection in patients on dialysis, Nguồn: www.uptodate.com (2011). [52] T.Chung, Chronic Hepatitis C, Gut and Liver 5(2) (2011), pp. 117-132. [53] Takada N, S. Takase, A. Takada, and Date, Differences in the hepatitis C virus genotypes in different countries, J. Hepatol 17 (1993), pp. 277-283. [54] Tomoaki Tanimoto, Nguyen Hung Cuong, Azumi Ishizaki, Phan Thi Thu Chung et al., Multiple Routes of Hepatitis C Virus Transmission Among Injection Drug Users in Hai Phong, Northern Vietnam Journal of Medical Virology 82 (2010), pp. 1355-1363. [55] Toshiyuki Shinji, and Norio Koide, Three type 6 hepatitis C virus subgroups among blood donors in the Yangon area of Myanmar are identified as subtypes 6m and 6n, and a novel subtype by sequence analysis of the Core region, Acta Med. Okayama 60(6) (2006), pp. 345349. [56] Vincent Soriano, Amanda Mocroft, Juergen Rockstroh, Bruno Ledergerber et al., Spontaneous Viral Clearance, Viral Load, and Genotype Distribution of Hepatitis C Virus (HCV) in HIV-Infected Patients with Anti-HCV Antibodies in Europe, The Journal of Infectious Diseases 198 (2008), pp. 1337-44. [57] WHO, Hepatitis C, 2011.