Bién Dich: Nhóm Netter
VI SINH
LAM SANG
Edition 6
Vi Sinh Lâm Sàng
Edition 6
Biên Dịch: Nhóm Netter
Huỳnh Đức Vương Đại học Võ Trường Toản
Trương Gia Hân Đại học Y-Dược Cần Thơ
Cao Tuấn Anh
Đại học Y-Dược Cần Thơ
Nguyễn Phi Long
Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch
Lời Nói Đầu Của Tác Giả
Một kiến thức tốt về vi sinh lâm sàng là điều rất quan trọng đối với các bác sĩ lâm sàng trong
bất cứ lĩnh vực y tế nào. Vi khuẩn, virus, ký sinh trùng không có sự ưu ái nào cho nhãn khoa, nhi
khoa, chấn thương chỉnh hình, lão khoa hay bất cứ khoa nào cả. Với tư cách là một bác sĩ, bạn sẽ
phải đối mặt hằng ngày về các bệnh lý nhiễm khuẩn và phải sử dụng kháng sinh hằng ngày.
Cuốn sách này cố gắng tạo điều kiện thuận lợi cho quá trình học về vi sinh học bằng cách
trình bày thông một cách rõ ràng và đầy thú vị để giúp chúng ta ghi nhớ được bài học.
Phương pháp học tập của chúng tôi đó là:
1) Viết theo phong cách trò chuyện để giúp làm quen nhanh chóng
2) Gồm một số hình ảnh như là một “phương pháp ghi nhớ” và bảng tổng hợp ở cuối mỗi
chương
3) Tập trung nhiều vào các vấn đề lâm sàng và các bệnh lý nhiễm khuẩn vì cả hai đều rất
thú vị và cũng rất quan trọng đối với thực tế cho bác sĩ lâm sàng.
4) Giúp tiếp cận hợp lý về các vi sinh vật được nghiên cứu để sinh viên ít phải nhồi nhét
kiến thức và tiếp cận bệnh học một cách logic.
Cuốn sách này đã được cập nhật thông tin về các chủ đề đang phát triển nhanh chóng như là
HIV và AIDS (các nỗ lực tạo ra vaccin và các loại thuốc chống HIV mới). Cúm gia cầm H5N1,
SARS Coronavirus, virus Ebola, Hantavirus, các đợt bùng phát dịch E. coli và các loại kháng
sinh mới.
Các thông tin, nhân vật hoạt hình trong cuốn sách này không cố ý phỉ báng bất kỳ một bệnh
nhân, dân tộc hay một nhóm chủng tộc hoặc sắc tộc nào, mà đây chỉ là những phương pháp giúp
hỗ trợ cho việc học và nhớ về một chủ đề phức tạp và quan trọng.
Chúng tôi rất hoan nghênh sự phản hồi ý kiến cho các lần tái bản sắp tới. Mặc dù đã nỗ lực tối
đa để kiểm tra và chỉnh sửa nhưng cũng không thể tránh khỏi sai sót. Vì thế chúng tôi rất vui lòng
đón nhận các ý kiến đóng góp từ các đọc giả (xin vui lòng gửi qua email
[email protected])
MARK GLADWIN, MD
WILLIAM TRATTLER, MD
C. SCOTT MAHAN, MD
LỜI NÓI ĐẦU CỦA NHÓM DỊCH
Xin chào các đọc giả, chúng ta đang cầm trên tay cuốn Vi Sinh Lâm Sàng, tái bản lần thứ 6,
đã được biên dịch từ cuốn Clinical Microbiology made ridiculously simple. Nhận thấy rằng
trong các loại sách về y học thì những đầu sách về vi sinh thực sự khá ít và khá “khó nhai” do đặc
tính đơn thuần về môn vi sinh học này. Do đó, điều này đã làm thôi thúc chúng tôi cố gắng tìm và
biên dịch một cuốn sách về vi sinh cho chúng ta, cũng như đáp ứng nhu cầu “dễ xơi” cho mọi
người.
Với phần trình bày cụ thể, cùng với các hình ảnh vui nhộn thì chúng tôi mong đây là điều sẽ
giúp chúng ta có thể nắm bắt được lượng kiến thức về vi sinh mà không bị nhàm chán. Ở mỗi
phần cuối chương sẽ có bảng tóm tắt để có thể tóm tắt lại nội dung mỗi chương. Ngoài ra, một số
thông tin, thông số, văn phạm sẽ được chuyển đổi phù hợp và các thuật ngữ quen thuộc như
“receptor” sẽ được để nguyên. Còn một số địa danh, tên nhân vật, sự kiện mà tác giả sử dụng
trong sách chắc chắn sẽ khá xa lạ với chúng ta, vậy làm sao để giải quyết? Rất đơn giản! Google
sẽ giúp chúng ta điều này! Vì nếu chỉnh sửa thì thông tin trong sách sẽ không còn ý nghĩa, thậm
chí nó chẳng khác một câu chuyện hài kiểu Downy.
Vì đây là bản dịch đầu tay của nhóm Netter nên không thể tránh được sai sót vì thế nhóm rất
mong mọi ý kiến đóng góp của các đọc giả cho những lần tái bản và những cuốn sách khác sau
này. Những ý kiến đóng góp xin vui lòng gửi về địa chỉ email
[email protected]. Xin
cám ơn các đọc giả!
Trưởng nhóm
Huỳnh Đức Vương
Nhóm Netter. Study, study more, study forever!
PHẦN I. VI KHUẨN
CHƯƠNG 1. PHÂN LOẠI VI KHUẨN
Tên của tất cả sinh vật được chia gồm 2 phần: chi rồi đến
loài (vd: Homo sapiens). Vi khuẩn cũng được đưa về một
nhóm chung và được đặt tên dựa trên sự khác nhau về
hình thái học và chuyển hóa hóa sinh. Tuy nhiên, hiện nay
vi khuẩn cũng được phân loại dựa trên sự miễn dịch và
đặc tính di truyền. Trong chương này, sẽ tập trung chủ yếu
vào tính bắt màu Gram, hình thái và đặc trưng chuyển hóa
của vi khuẩn, tất cả những điều đó cho phép người thầy
thuốc lâm sàng nhanh chóng xác định sự nhiễm trùng trên
bệnh nhân.
Sự Biến Đổi Màu Của Nhuộm Gram
Vì vi khuẩn không có màu sắc và thường không thể
thấy dưới đèn quang học của kính hiển vi. Việc nhuộm
nhiều màu sắc lên vi khuẩn đã giúp cho việc hình dung ra hình thể của chúng và được sử dụng
nhiều nhất là phương pháp nhuộn Gram, điều này đã phân vi khuẩn ra làm 2 nhóm chính: nhóm
Gram dương (Gram-Positive) và nhóm Gram âm (Gram-Negative). Phương pháp nhuộm này
có thể cho phép thầy sàng thuốc lâm xác định có phải vi khuẩn là hình tròn hay hình que không.
Với bất kỳ phương pháp nhuộm nào, đầu tiên ta phải phết lên trên mặt bản kính mẫu vật cần
nhuộm (nước bọt, dịch mủ…) và sau đó hơ nóng nhẹ bằng ngọn lửa đèn cồn để cố định vi khuẩn
lên mặt kính. Có 4 bước để nhuộm Gram:
1) Đổ thuốc nhuộm tím tinh thể (tím gentian) hoặc thuốc nhuộm xanh và chờ trong 60 giây
2) Rửa sạch với nước (tối đa 5 giây) và rồi ngâm với dung dịch iod
3) Rửa sạch với nước và sau đó khử màu bằng dung dịch cồn 95%
4) Cuối cùng, khử chất nhuộm với safranin (thuốc nhuộm đỏ). Chờ trong 30 giây và sau đó
rửa sạch lại với nước
Khi xem mẫu vật cẩn thận dưới kính hiển vi, ta sẽ thấy thuốc nhuộm đã được hấp thụ và được
giữ lại bên trong tế bào và làm nó chuyển thành màu xanh, đó là vi khuẩn Gram dương. Nếu
thuốc nhuộm bị rửa sạch bởi cồn, thì tế bào sẽ hấp thu thuốc nhuộm safranin và chuyển thành
màu đỏ, thì đó là vi khuẩn Gram âm.
Gram(+) = Xanh !!!
Gram(-) = Đỏ !!!
1
Sự khác nhau của những phương pháp nhuộm Gram là kết quả do sự cấu tạo khác nhau về
vách tế bào của khuẩn Gram dương và khuẩn Gram âm. Cả hai khuẩn Gram dương và khuẩn
Gram âm đều có nhiều hơn một lớp tế bào bảo vệ tế bào chất và nhân từ các tác nhân của môi
trường ngoại bào. Không giống như tế bào của động vật là chúng chỉ có một lớp màng nguyên
sinh thuộc lớp phospholipid kép. Lớp màng bao bên ngoài ngoài tế bào chất của vi khuẩn được
gọi là lớp peptidoglycan hay là vách tế bào sẽ được trình bày rõ trong cả hai khuẩn Gram dương
và khuẩn Gram âm.
1.1. Lớp peptidoglycan hay lớp vách tế bào được cấu tạo gồm sự lặp lại và kéo dài của một
disaccharid liên kết với 4 amino acid
1.2. Chuỗi amino acid của lớp peptidoglycan liên kết với chuỗi amino acid kế bên bằng liên kết
đồng hóa trị. Đó là kết quả do cấu trúc ổn định của sự lưu hóa (cross-linked). Enzym tham gia
xúc tác cho sự hình thành các liên kết được gọi là enzym transpeptidase và nó nằm trong màng
nguyên sinh. Kháng sinh penicillin sẽ gắn kết và ức chế hoạt động của các enzym này. Đó là lý
do giải thích tại sao các enzym đó còn được gọi là penicillin biding protein (xem trang )
1.3. Các khuẩn Gram dương có vách tế bào rất dày và có rất nhiều các liên kết ngang (crosslinking) trong chuỗi của các amino acid. Ngược lại, các khuẩn Gram âm có vách tế bào rất mỏng
và có mô hình liên kết ngang khá đơn giản.
1.4. Vỏ bao bên ngoài vách tế bào của
vi khuẩn Gram dương có cấu tạo rất
phức tạp như là các liên kết
peptidoglycan, acid teichoic, poly
saccharid và các protein khác. Bề mặt
bên trong vách tế bào tiếp xúc với
màng nguyên sinh. Màng nguyên sinh
có chứa các protein, đó là những cầu
nối (span) của lớp kép lipid. Màng
nguyên sinh của vi khuẩn không có
cấu trúc cholesterol hay các sterol
khác (không giống như của động vật). Một sự hiện diện rất quan trọng trong cấu trúc thành vế
bào của khuẩn Gram dương là acid teichoic. Nó quyết định vai trò hoạt động như là một kháng
nguyên, cho nên nó rất quan trọng trong việc xác định huyết thanh của rất nhiều loài Gram
dương.
1.5. Vỏ của vi khuẩn Gram âm gồm có 3 lớp, không tính tới khoảng chu chất (periplasmic
space). Tương tự như vi khuẩn Gram dương, vi khuẩn Gram âm có (1) Một màng nguyên sinh
được bao quanh bởi (2) Một lớp peptidoglycan. (3) Ngoài ra, một tế bào vi khuẩn Gram âm còn
có một màng nguyên sinh bên ngoài duy nhất. Bên trong màng nguyên sinh (tương tự bên trong
vi khuẩn Gram dương) có protein gắn vào lớp phospholipid kép. Vi khuẩn Gram âm có khoảng
chu chất nằm ở giữa màng nguyên sinh và lớp peptidoglycan mỏng vô cực. Bên trong chu chất là
một chất gel gồm có các protein và enzym. Lớp peptidoglycan mỏng không có chứa acid
teichoic, mặc dù vẫn có các lipoprotein xoắn được gọi là murein lipoprotein. Các lipoprotein
này rất quan trọng, vì nó bắt nguồn từ lớp peptidoglycan và di chuyển ra bên ngoài để gắn kết đặc
hiệu với các chất ở bên ngoài màng. Lớp màng ngoài cùng này cũng tương tự như những màng
nguyên sinh khác đó là nó cũng được cấu tạo nên từ hai lớp phospholipid với đuôi kỵ nước quay
GRAM-NEGATIVE CELL ENVELOPE
OUTER MEMBRANE
MUREIN LIPOPROTEIN
PEPTIDOGLYCAN LAYER (CELL WALL)
PERIPLASMIC SPACE
CYTOPLASMIC MEMBRANE
EMBEDDED PROTEINS
vào bên trong. Và điều làm cho lớp vỏ của khuẩn Gram âm có phần độc đáo đó là phần ngoài
cùng của lớp kép chứa lipopolysaccharide (LPS).
1.6. Lipopolysaccharide được cấu tạo bởi 3 thành phần liên kết đồng hóa trị:
(1). Chuỗi carbohydrat ở vị trí 1 – 50 của oligosaccharid kéo dài ra môi trường bên ngoài
(outer). Chính điều đó làm nên sự khác biệt so với các loài sinh vật khác và là yếu tố quyết định
kháng nguyên (antigenic), nên phần đó được gọi là Kháng nguyên thân O (O-specific side
chain) hay Kháng nguyên O (Nhớ O trong Outer!).
(2). Phần trung tâm Kháng nguyên O là lõi polysaccharide (core polysaccharide) tan
được trong nước
(3). Thành phần thứ ba bên trong lõi
polysaccharide là lipid A, đó là một disaccharide
với nhiều đuôi acid béo kép duỗi dài ra tới màng.
Lipid A là một chất độc đối với con người, và
nó được biết như là một chất độc tố nội sinh
(Endotoxin) của vi khuẩn Gram âm. Khi hoạt
động miễn dịch của cơ thể làm vỡ màng của vi
khuẩn Gram âm thì những mảnh vỡ có chứa lipid
A sẽ được giải phóng vào hệ tuần hoàn và gây
nên những cơn sốt, tiêu chảy hay cũng có thể
gây tử vong do nhiễm trùng huyết (hay còn gọi
là sốc nhiễm khuẩn – septic shock).
Gắn vào màng của vi khuẩn Gram âm là các protein lỗ xuyên màng (porin protein), chúng
cho phép các chất dinh dưỡng đi qua màng tế bào
VẬY NÓ CÓ Ý NGHĨA GÌ TRÊN LÂM SÀNG ?
Sự khác nhau giữa khuẩn Gram dương và khuẩn Gram âm dẫn đến sự tác động khác nhau với
môi trường. Lớp peptidoglycan dày của vi khuẩn Gram dương cho phép các chất có trọng lượng
phân tử thấp khuếch tán qua, cho nên những chất gây hư hại cho màng nguyên sinh (như kháng
sinh, thuốc nhuộm, chất tẩy rửa…) có thể đi vào. Tuy nhiên, đối với vi khuẩn Gram âm bên ngoài
màng tế bào có chứa lipopolysaccharide ngăn chặn các hợp chất gây hư hại đó đi tới lớp
peptidoglycan và lớp màng nguyên sinh dễ bị tổn thương ở bên trong…Vì thế, các chất kháng
sinh hay hóa chất dùng để tấn công vách peptidoglycan (như là penicillins, lysozyme…) không
thể đi vào. Điều thú vị ở đây là các tím tinh thể dùng để nhuộm Gram là loại phức hợp thuốc
nhuộm lớn sẽ bị các liên kết ngang (cross-linked) ở màng dày của vách vi khuẩn Gram dương giữ
lại, kết quả là làm Gram dương có màu xanh.
Lớp màng tế bào có chứa chất lipid ở bên ngoài của vi khuẩn Gram âm bị ly giải một phần do
cồn, do đó khi rửa sạch tím tinh thể và nhuộm bằng chất phản nhuộm (counterstain) safranin thì
Gram âm sẽ có màu đỏ.
1.7. Tóm lượt sự khác nhau giữa vi khuẩn Gram dương và vi khuẩn Gram âm
GRAM DƯƠNG
GRAM ÂM
2 lớp:
1. Bên trong là màng nguyên sinh
2. Bên ngoài là lớp peptidoglycan dày (60–
70% peptidoglycan)
Hàm lượng lipid thấp
3 lớp:
1. Bên trong là màng nguyên sinh
2. Lớp peptidoglycan mỏng (5–10% peptidoglycan)
3. Bên ngoài màng là lipopolysaccharide
(LPS)
Hàm lượng lipid cao
Không có nội độc tố
Có nội độc tố
Không có khoảng chu chất (periplasmic space)
Có khoảng chu chất (periplasmic space)
Không có kênh protein Porin (porin channel)
Có kênh protein Porin
Dễ bị tổn thương bởi sự tấn công của lysozyme
và penicillin
Chống lại sự tấn công của lysozyme và
penicillin
PHÂN LOẠI VI KHUẨN
Vi khuẩn có 4 hình dạng chính:
(1) Cầu khuẩn (cocci): có dạng hình cầu
(2) Trực khuẩn (bacilli): có dạng hình que. Trực khuẩn ngắn thì được gọi là coccobacilli
(3) Xoắn khuẩn (Spiral forms): có dạng hình dấu phẩy, hình chữ S, hình xoắn (spiral
shaped)
(4) Khuẩn đa hình thể (Pleomorphic): không có một hình dạng cụ thể (giống như thạch
rau câu)
Ngoài các vi khuẩn có hình dạng điển hình trên còn có các vi khuẩn có hình dạng trung gian,
ví dụ như là một cặp (song cầu khuẩn - diplococci), một cụm, một dải hay vi khuẩn lông roi.
1.8. Phân loại vi
khuẩn
GRAM DƯƠNG
VẬY TÊN CỦA CHÚNG LÀ GÌ ?!!!!!
Hãy bắt đầu ghi nhớ 7 loại vi khuẩn Gram dương kinh điển là nguyên nhân gây nên các căn
bệnh cho con người và về cơ bản thì những vi khuẩn khác là những vi khuẩn Gram âm.
Trong vi khuẩn Gram dương gồm có: 3 vi khuẩn hình cầu và 4 vi khuẩn hình que (bacilli)
Có 3 vi khuẩn Gram dương hình cầu đều có từ coccus trong tên của chúng:
1) Streptococcus (Liên cầu khuẩn) và 2) Enterococcus có dạng dải của tụ cầu
3) Staphylococcus (Tụ cầu khuẩn) có dạng chùm của tụ cầu
2 trong 4 loài vi khuẩn hình que Gram dương có tạo nha bào (spores) (dạng hình cầu, đó là
khi vi khuẩn trở về dạng không hoạt động khi ở môi trường không thuận lợi). Đó là:
4) Bacillus
5) Clostridium
2 vi khuẩn Gram dương cuối không có dạng hình que:
6) Corynebacterium
7) Listeria
GRAM ÂM
Trong nhóm vi khuẩn Gram âm, chỉ có 2 nhóm vi khuẩn Gram âm hình cầu, đó là song cầu
khuẩn (giống như 2 hạt café đang hôn nhau): Neisseria và Moraxella
Cũng chỉ có duy nhất 1 nhóm vi khuẩn hình xoắn: Xoắn khuẩn (Xoắn khuẩn). Trong nhóm
đó đã bao gồm vi khuẩn Treponema pallidum (gây bệnh giang mai)
Phần còn lại là loại vi khuẩn Gram âm hình que hoặc đa hình thể
NGOẠI LỆ
1) Mycobacteria là một loại Gram dương khá yếu ớt nhưng được nhuộm với một phương pháp
đặc biệt được gọi là nhuộm kháng acid (acid-fast stain) hay còn được đến là phương pháp
nhuộm soi trực tiếp Zielh – Neelsen. Nhóm đặc biệt này bao gồm các vi khuẩn gây nên bệnh
lao (tuberculosis) và bệnh phong (leprosy)
2) Xoắn khuẩn (Spirochetes) cũng có 1 vách tế bào thuộc Gram âm nhưng nó rất nhỏ so với đèn
quang học kính hiển vi và phải được xem dưới kính hiển vi trong trường tối đặc biệt. Xoắn khuẩn
rất mảnh khảnh và cuộn chặt lại. Từ trong ra ngoài, nó có chất nguyên sinh được bao quanh bởi
màng nguyên sinh. Cũng giống như các vi khuẩn Gram âm khác, nó cũng có 1 lớp peptidoglycan
mỏng (vách tế bào) được bao quanh bởi màng lipoprotein có chứa LPS ở bên ngoài. Tuy nhiên,
xoắn khuẩn còn được bao quanh thêm bởi một màng giàu phospholipid và một vài protein tiếp
xúc, đây là những thứ được cho là có tác dụng bảo vệ xoắn khuẩn, giúp tránh miễn dịch nhận
nhận dạng được (vi sinh vật “lén lút”). Lông mọc qua thành tế bào ở vị trí đầu của xoắn khuẩn,
nhưng thay vì nhô ra khỏi màng bên ngoài (giống như các vi khuẩn khác được trình bày ở 2.1) thì
lông lại mọc hướng về một bên dọc theo bên dưới màng của xoắn khuẩn. Trong chuyên môn gọi
đó là lông chu chất (periplasmic flagella). Sự xoay vòng của lông chu chất làm cho xoắn khuẩn
xoay xung quanh theo vòng tròn và tạo ra lực đẩy chúng về phía trước
3) Mycoplasma không có vách tế bào. Chúng chỉ có một màng tế bào đơn giản, vì vậy nó không
thuộc Gram dương và cả Gram âm
1.9. Tóm Tắt Sự Khác Nhau Về Hình Thái Giữa Các Vi Khuẩn
HÌNH THÁI
GRAM DƯƠNG
GRAM ÂM
Hình tròn (coccus)
Streptococcus
Staphylococcus
Enterococcus
Corynebacterium
Listeria
Bacillus
Clostridium
Neisseria
Moraxella
Hình que (Bacillus)
Mycobacterium (kháng acid)
Hình xoắn ốc
ENTERIC (sống trong đường
tiêu hóa)
1) Escherichia coli
2) Shigella
3) Salmonella
4) Yersinia
5) Klebsiella
6) Proteus
7) Enterobacter
8) Serratia
9) Vibrio
10) Campylobacter
11) Helicobacter
12) Pseudomonas
13) Bacteroides (kỵ khí)
Haemophilus
Bordetella
Legionella
Yersinia
Francisella
Brucella
Pasteurella
Gardnerella
Spirochetes:
1) Treponema
2) Borrelia
3) Leptospira
Nhánh phát triển thêm (đặc
điểm giống loại nấm)
Actinomyces (kỵ khí)
Nocardia (có phần kháng acid)
Đa hình thể
Chlamydia
Rickettsiae
Không có vách tế bào
Mycoplasma
CẤU TRÚC CỦA TẾ BÀO CHẤT
ADN của vi khuẩn thường gồm có sợi kép ADN tạo thành 1 hình vòng tròn. Vòng tròn nhỏ
liền kề sợi kép ADN được gọi là plasmid, chúng thường chứa các gen có khảng năng chống lại
kháng sinh. Ribosom được hình thành từ phức hệ protein và ARN và có liên quan tới quá trình
dịch mã, hay còn là quá trình tổng hợp protein. Vi khuẩn thuộc loại không có màng nhân
(procaryote), có ribosom (70S) nhỏ hơn ribosom của động vật (80S) là loại ribosom có màng
nhân (eucaryote). Ribosom của vi khuẩn gồm có 2 tiểu đơn vị (subunit): 1 tiểu đơn vị lớn (50S)
và 1 tiểu đơn vị bé (30S) (còn ribosom sinh vật nhân thực có 80S gồm có 2 tiểu đơn vị là 60S và
40S). Chỉ số này có liên quan đến tỷ lệ lắng (Sevedberg).
Kháng sinh, như là erythromycin và tetracyclin, đã được phát triển để tấn công vi khuẩn như
những “viên đạn ma thuật”. Chúng ưu tiên ức chế sự tổng hợp protein tại các tiểu đơn vị của
ribosom vi khuẩn, trong khi lại bỏ mặc ribosom của động vật đứng một mình như thế?!
Erythromycin tác dụng lên tiểu đơn vị lớn 50S, trong khi tetracyclin tác dụng lên tiểu đơn vị bé
30S
ĐẶC ĐIỂM CỦA SỰ TRAO ĐỔI CHẤT
Vi khuẩn có thể được phân chia vào các nhóm dựa trên đặc tính trao đổi chất của chúng. 2 đặc
tính quan trọng bao gồm:
1) Vi sinh vật phân hóa với khí oxy
2) Vi sinh vật sử dụng nguồn năng lượng cacbon
Các đặc tính chuyển hóa khác bao gồm các sản phẩm cuối cùng của sự chuyển hóa mà do vi
khuẩn tạo ra như là acid và khí
Hiếu khí bắt buộc
Gram dương
Nocardia
(kháng acid yếu)
Bacillus cereus
Vi hiếu khí
Enterococcus
Liên cầu
(một vài Liên cầu
đặc biệt là thuộc
Yếm khí tùy ý
Tụ cầu
Bacillus anthracis
Corynebacterium
Listeria
Yếm khí bắt buộc
Clostridium
nhóm hiếu kỵ khí
tùy ngộ)
Actinomyces
Hầu hết các vi Spirochetes
khuẩn Gram âm 1) Treponema
2) Borrelia
hình que khác
3) Leptospira
Campylobacter
Gram âm
Neisseria
Pseudomonas
Bordetella
Legionella
Brucella
Kháng acid
Bacteroides
Mycobacterium
Nocardia
Không có
vách tế bào
Mycoplasma
* Chlamydia và Rickettsia không có cơ quan sử dụng khí oxy để tham gia chuyển hóa chất. Chúng phải
dựa vào ký sinh năng lượng, và phải “đánh cắp” ATP của vật chủ
PHÂN BỐ THEO KHÍ OXY
Khí Oxy
Việc vi khuẩn làm thế nào có thể chuyển hóa khí oxy là một trong những yếu chính tố chính
dùng để phân loại chúng. Các phân tử oxy rất linh động, và khi nó được nhận thêm các điện tử
(electron) thì có thể trở thành hydro peroxid (H 2O2), gốc anion superoxid (O2 ), và một gốc tự do
.
hydroxyl (OH ). Tất cả những chất đó đều là chất độc đối đối với cơ thể trừ khi nó bị đã phân
giải. Trong thực tế, chính các đại thực bào (macrophage) đã sản xuất ra các chất oxy hóa để dùng
tiêu diệt vi khuẩn. Có 3 loại enzym do một vài vi khuẩn tạo ra để làm hỏng các chất oxy hóa đó:
1) Catalase làm ức chế tác dụng hydro peroxid theo phản ứng:
2H2O2 > 2H2O + O2
2) Peroxidase cũng có tác dụng ức chế tác dụng hydro peroxid
3) Superoxid dismutase có tác dụng ức chế tác dụng của gốc anion superoxid theo phản
ứng:
-
-
O2 + O2 + 2H
+
> H2O2 + O2
Vi khuẩn là một nhóm phải luôn hoạt động liên tục, với một đầu những kẻ yêu khí oxy, với tất
cả sự bảo vệ hết lòng bởi các enzym, và những kẻ đó không thể nào sống được nếu thiếu vắng khí
oxy. Ở phía bên đối lập là những vi khuẩn không có enzym và chúng luôn từ chối sự có mặt
“ngọt ngào” của oxy:
1) Hiếu khí tuyệt đối (Obligate aerobes): Những sinh vật này cũng giống như con người,
đó là chúng chỉ dựa vào quá trình thủy phân thủy phân glycose, chu trình Kreb, và chuỗi truyền
điện tử với oxy là chất nhận điện tử cuối cùng. Những anh chàng này có tất cả những thứ còn trên
cả enzym
2) Yếm khí tùy ý (Facultative anaerobes): Đừng để cái tên này đánh lừa bạn ! Đó là
những vi khuẩn hiếu khí. Chúng sử dụng oxi như là một chất nhận điện tử trong chuỗi truyền
điện tử và có enzym catalase và superoxid dismutase. Chỉ có một điều khác biệt đó là chúng vẫn
có thể phát triển khi thiếu oxy bằng cách lên men để tạo năng lượng cho hoạt động. Như vậy,
chúng có điều kiện để là sinh vật kỵ khí nhưng chúng lại thích môi trường hiếu khí hơn. Điều này
cũng tương tự như việc các tế bào cơ của chúng ta phải chuyển sang đường phân yếm khí
(anaerobic-glycoglysis) khi phải bị hoạt động liên tục một cách quá mức.
3) Vi khuẩn vi hiếu khí (Microaerophilic) hay còn được gọi là yếm khí chịu oxy
(aerotolerant anaerobes): Đó là những vi khuẩn sử dụng sự lên men và không có hệ thống truyền
điện tử (electron transport). Nó có thể chịu đựng một lượng thấp khí oxy bởi nó có superoxiddismutase (nhưng không có catalase).
4) Yếm khí bắt buộc (Obligate anaerobes): Đó là các “chàng trai” rất ghét oxy và không
hề có enzym để bảo vệ các “chàng trai” ấy. Những người làm việc trong bệnh viện, sẽ phải
thường xuyên lấy máu để nuôi cấy. Họ sẽ để máu vào những lọ không có không khí để nuôi cấy,
đó là phương pháp phổ biến để nuôi cấy vi khuẩn yếm khí bắt buộc.
1.10. Phổ oxy của các nhóm vi khuẩn chính
Nguồn Năng Lượng Và Cacbon
Một số sinh vật sử dụng ánh sáng như là một nguồn năng lượng (sinh vật quang tự dưỡng) và
một số sinh vật lại sử dụng các hợp chất hóa học như là một nguồn năng lượng (sinh vật hóa tự
dưỡng). Trong số các sinh vật sử dụng năng lượng từ hóa học, thì những sinh vật sử dụng nguồn
chất vô cơ, như là amoni và sulfite thì được gọi là tự dưỡng (autotroph). Còn những sinh vật
khác sử dụng nguồn cacbon hữu cơ thì được gọi là dị dưỡng (heterotroph). Tất cả vi khuẩn có
vai trò quan trọng về mặt y tế là những vi khuẩn hóa dị dưỡng (chemoheterotrophs) bởi vì
chúng sử dụng những hợp chất hóa học hữu cơ, như là glucose để tạo năng lượng.
Lên men (đường phân) thì được sử dụng bởi rất nhiều vi khuẩn chuyển hóa oxy (oxygenmetabolism). Trong quá trình lên men, glucose bị chia cắt nhỏ ra thành acid pyruvic, sản sinh
ATP trực tiếp. Có nhiều con đường để phân giải glucose thành pyruvate, nhưng phổ biến nhất là
con đường Embden – Meyerhof. Đó là con đường đường phân mà chúng ta đã được học trong
hóa sinh. Theo quá trình lên men, thì những pyruvat phải bị chia cắt ra, và các sản phẩm chuyển
hóa cuối cùng trong quá trình này có thể được sử dụng để phân loại vi khuẩn. Acid lactic,
ethanol, acid propionic, aid butyric, aceton, và những hỗn hợp acid khác có thể được tạo ra.
10
Sự hô hấp (respiration) có thể được thực hiện ở những sinh vật hiếu khí và yếm khí tùy ý. Sự
hô hấp bao gồm sự đường phân, chu trình Krebs acid-tricacboxylic và chuỗi truyền điện tử cùng
với sự Phosphoryl – Oxi hóa. Đó là những con đường cùng kết hợp để sản xuất ATP.
Ký sinh nội bào bắt buộc (obligate intracellular): Những sinh vật này không có khả năng
thực hiện quá trình chuyển hóa để tổng hợp ATP và vì thế phải “đánh cắp” ATP từ vật chủ. Những
sinh vật nào sống trong những tế bào của vật chủ và và không thể tồn tại nếu không có vật chủ.
Ví dụ điển hình về những sinh vật ký sinh nội bào bắt buộc đó là Chlamydia và Rickettsia. Chúng
buộc phải ký sinh năng lượng vì chúng cần ATP của vật chủ như là một nguồn năng lượng.
Chúng tạo ra một hệ thống màng tế bào vận chuyển đặc biệt để “đánh cắp” ATP.
Sự khác biệt hơn nữa trong các quá trình chuyển hóa (như là sử dụng nguồn năng lượng từ
đường, từ những sản phẩm chuyển hóa cuối cùng, và từ các nhu cầu cụ thể đối với các chất dinh
dưỡng nhất định) sẽ giúp hình tượng hơn trong việc phân loại vi khuẩn và sẽ được trình bày trong
các chương cụ thể về từng sinh vật.
11
CHƯƠNG 2. CẤU TRÚC TẾ BÀO, YẾU TỐ ĐỘC
LỰC VÀ ĐỘC TÍNH
Những vi sinh vật độc hại là thứ có thể gây nên những bệnh tật. Độc lực (virulence) của một vi
sinh vật là mức độ khả năng gây bệnh của vi sinh vật. Tính độc lực phụ thuộc nhất định vào hình
dáng cấu trúc tế bào và vào ngoại độc tố, nội độc tố của vi khuẩn, tất cả những thứ đó chính là
yếu đố độc lực (virulence factor)
CẤU TRÚC TẾ BÀO NHƯ LÀ MỘT YẾU TỐ ĐỘC LỰC
Tiên mao
2.1. Tiên mao là những sợi protein dài trông giống như những chiếc đuôi mọc dài ra từ màng tế
bào vi khuẩn Gram dương và Gram âm. Những sợi tiên mao này mọc nhiều theo trục dài của vi
khuẩn, nó giúp cho vi khuẩn di động. Tiên mao (flagellum) được gắn vào vi khuẩn nhờ các thể
gốc (basal body). Các thể gốc kéo dài xuyên qua toàn bộ vách tế bào, liên với với các màng bên
trong và bên ngoài vi khuẩn Gram âm và màng bên trong vi khuẩn Gram dương (vi khuẩn Gram
dương không có màng bên ngoài). Các thể gốc có thể tự xoay vòng và xoay các sợi tiên mao.
Điều này làm cho tiên mao của vi khuẩn uốn lượn một cách nhịp nhàng để giúp vi khuẩn di
chuyển đến hoặc tránh xa dựa theo nồng độ các chất hóa học. Sự di chuyển đó được gọi là hóa
ứng động (chemotaxis)
2.2. Vi khuẩn có thể có đơn độc một cực tiên mao
(polar flagellum) (cực có nghĩa là tại một đầu của tế
bào) như trường hợp ở Vibrio cholera, hoặc có nhiều
tiên mao rải rác (ở xung quanh tế bào) như trường hợp
ở Escherichia coli và Proteus mirabilis. Shigella không
có tiên mao
Xoắn khuẩn trông rất mảnh và đều cuộn xoắn lại.
Thân tiên mao mọc ra từ một đầu vách tế bào của xoắn
khuẩn, nhưng thay vì mọc hẳn ra khỏi lớp màng ngoài
(giống như các vi khuẩn khác được trình ở mục 2.1) thì
tiên mao lại mọc dọc theo bên dưới lớp vỏ ngoài duy
nhất của xoắn khuẩn. Loại tiên mao đó trong chuyên
nghành được gọi là tiên mao chu chất (periplasmic
flagella). Những tiên mao chu chất này quấn xung
quanh xoắn khuẩn và có tác dụng tạo ra lực đẩy, đẩy
xoắn khuẩn về phía trước nhờ sự uốn vặn tế bào theo
kiểu vặn nút chai.
Pili
Pili (còn được gọi là fimbriae) là những sợi tơ thẳng
mọc ra từ vách tế bào của vi khuẩn, làm cho vi khuẩn
trông giống như con nhím.
2.3. Pili ngắn hơn rất nhiều so với tiên mao và
không di động. Pili có thể hoạt động như là
những yếu tố bám dính (ahherence factor) (có nơi
còn gọi là adhesins). Rất nhiều vi khuẩn có
adhesin như là yếu tố quan trọng liên quan đến
khả năng năng gây bệnh của chúng.
Cho ví dụ, Neisseria gonorrhea có pili giúp
cho chúng tìm tới niêm mạc miệng và niêm mạc
cổ tử cung để gây nên bệnh lậu (gonorrhea).
Escherichia coli và Campylobacter jejuni không
thể gây nên bệnh tiêu chảy nếu chúng không có
các adhesin để tìm tới lớp tế bào thượng bì của
ruột, và Bordetella pertussis sử dụng các adhesin
để tìm tới các tế bào lông chuyển của hô hấp để
gây bệnh ho gà. Vi khuẩn không sản xuất ra được những pili thì chúng không thể bám dính vào
nạn nhân, nó mất tính độc lực và không thể gây nên sự nhiễm trùng ở người. Ngoài ra còn có
những pili rất đặc biệt, được trình bày ở chương tiếp theo, được gọi là pili giới tính (sex pili)
Vỏ (Capsul)
Vỏ là một bức tường bảo vệ xung quanh màng tế
bào của vi khuẩn Gram dương và Gram âm. Chúng
thường được cấu tạo từ những loài đường đơn. Vi
khuẩn sản xuất ra một nữa lượng đường đó, sau đó vi
khuẩn phủ lượng đường đó lên lớp thành ngoài của
chúng. Có một loại vi khuẩn, Bacillus anthracis, là
loại duy nhất có vỏ được cấu tạo từ amino acid
2.4. Vỏ có khả năng làm cho vi khuẩn có tính độc lực
cao hơn bởi vì các đại thực bào (macrophage) và các
bạch cầu đa nhân trung tính (neutrophil) không thể
thực bào vi khuẩn khi chúng được đã được bao bọc
(encapsulate) cẩn thận. Lấy ví dụ ở Streptococcus
pneumoniae có một lớp vỏ. Khi nuôi cấy thí nghiệm,
thì thấy những vi khuẩn được bao bọc bởi lớp vỏ này
phát triển một cách suôn sẻ (smooth - S) và gây ra cái
chết nhanh chóng khi được tiêm vào chuột. Một vài
Streptococcus pneumoniae không có lớp vỏ và phát
triển khó khăn (rough – R) ở trên môi trường thạch
(agar), và làm cho chúng mất đi tính độc lực hoặc khi
tiêm vào chuột thì không làm cho chuột bị chết. Hai
xét nghiệm quan trọng cho phép người thầy thuốc có
thể hình dung ra các lớp vỏ dưới kính hiển vi và hỗ trợ
cho việc xác định vi khuẩn:
1) Nhuộm màu mực nho (India ink stain): Bởi vì
vết mực không thể xâm nhập vào bên trong bởi lớp vỏ
nhầy, lớp vỏ xuất hiện như là một quầng sáng trong
suốt xung quanh tế bào. Xét nghiệm này được sử dụng
chủ yếu để xác định các loại nấm Cryptococcus
2) Phản ứng Quellung (Quellung reaction): Vi
khuẩn bị hòa lẫn với kháng thể khi chúng gắn lên lớp
vỏ nhầy. Khi kháng thể gắn lên làm cho nước tràn vào
và lớp vỏ trương phình lên vì thế dễ quan sát bằng
hiển vi.
Các kháng thể trong cơ thể của chúng ta gắn trực tiếp lên vỏ bảo vệ của vi khuẩn để giúp các
đại thực bào và các bạch cầu đa nhân trung tính tìm tới và thực bào các vi khuẩn này. Quá trình
kháng thể gắn lên lớp vỏ như vậy được gọi là sự opsonin hóa (opsonization)
2.5. Một khi kháng thể đã gắn lên vỏ của vi khuẩn (sự opsonin hóa), thì sau đó các đại thực bào
và các bạch cầu đa nhân trung tính sẽ liên kết với phần Fc trên kháng thể và thực bào vi khuẩn.
Một vaccin chống lại Streptococcus pneumoniae chứa 23 type kháng nguyên vỏ phổ biến nhất.
Sự tiêm chủng bằng vaccin đó sẽ kích thích hệ thống miễn dịch chống lại các kháng nguyên vỏ
và sản xuất ra các kháng thể để bảo vệ cá thể đã tiêm chủng khỏi sự viêm nhiễm sau này do vi
khuẩn đó gây ra.
Nha Bào
Nha bào (Endospore) chỉ có ở 2 chi của vi khuẩn. Cả 2 chi đó đều thuộc vi khuẩn Gram
dương: Bacillus hiếu khí và Clostridium yếm khí
2.6. Nha bào là một dạng mà vi khuẩn ở trạng thái không thực hiện
sự trao đổi chất và nó có khả năng đề kháng với nhiệt độ cao hoặc
thấp, khô hạn và với các chất hóa học. Chúng được bảo vệ bởi rất
nhiều lớp gồm:
A) Một màng tế bào
B) Một lớp lưới peptidoglycan dày
C) Một lớp màng tế bào khác
D) Một thành keratin giống protein (keratin – like protein)
E) Một lớp ở bên ngoài được gọi là lớp ngoại bào tử
(exosporium)
Nha bào hình thành khi có sự thiếu hụt các chất dinh dưỡng cần
thiết và có thể không hoạt động trong nhiều năm. Các dụng cụ
phẫu thuật được đun nóng ở trong một lò hấp (autoclave), lò hấp
này sử dụng hơi nước để tạo ra áp suất cao, nhiệt độ đun nóng lên
o
121 C trong 15 phút để đảm bảo phá hủy được nha bào của
Clostridium và Bacillus. Khi nha bào ở trong môi trường thuận lợi
và có các chất dinh dưỡng cần thiết thì sẽ hoạt động trở lại.
Màng Sinh Học
Màng sinh học (biofilm) là một mạng lưới polysaccharid ngoại bào, tương tự như
polysaccharid của lớp vỏ nhầy, nó tạo thành một giàn đỡ cơ học bao xung quanh vi khuẩn. Màng
sinh học cho phép vi khuẩn gắn vào các bộ phận nhân tạo, như là các ống thông tĩnh mạch, và
bảo vệ chúng khỏi sự tấn công của kháng sinh và hệ thống miễn dịch. Staphylococcus
epidermidis thường hình thành màng sinh học trên các ống thông tĩnh mạch và gây ra nhiễm
trùng huyết. Hãy tưởng tượng vi khuẩn tiết ra các chất polysaccharid để tạo ra một khối bê-tông
(concrete) bao xung quanh chúng để tạo ra một cái kho chứa sinh học (biological bunker) và rất
khó để các chất kháng sinh có thể xuyên qua các cái màng sinh học này. Cách hiệu quả để điều trị
những viêm nhiễm liên quan đến các thiết bị nhân tạo này là tháo bỏ chúng ra khỏi bệnh nhân.
Vi Khuẩn Ký Sinh Nội Bào Tùy Ý
Rất nhiều vi khuẩn bị thực bào bởi các đại thực bào và bạch cầu đa nhân trung tính của vật
chủ nhưng mà chúng tồn tại trong các tế bào máu trắng đó mà chẳng hề hấn gì !!! Những vi
khuẩn đó có khả năng ức chế phản ứng phức hợp thực bào – lysosome, do đó chúng thoát khỏi
tác dụng của hydro peroxid, gốc superoxid. Khi ở bên trong tế bào, các vi khuẩn được an toàn
khỏi tác dụng của kháng sinh và hàng rào miễn dịch.
Các Vi Khuẩn Ký Sinh Nội Bào Tùy Ý
1. Listeria monocytogenes
2. Salmonella typhi
3. Yersinia
4. Francisella tularensis
5. Brucella
6. Legionella
7. Mycobacterium
8. Nocardia
2.7. Vi khuẩn ký sinh nội bào tùy ý. Có một cách ghi nhớ hữu ích để nhớ được 8 vi khuẩn này là:
Listen Sally Yer Friend Bruce Must Leave Now
(Listeria, Salmonella, Yersinia, Francisella, Brucella, Legionella, Mycobacterium, Nocardia)
ĐỘC TỐ
Ngoại Độc Tố
Ngoại độc tố (exotoxin) là một loại protein được tiết ra từ vi khuẩn Gram dương và cả vi
khuẩn Gram âm. Nó có thể gây nên rất nhiều triệu chứng bệnh. Nội độc tố được tiết ra từ hầu hết
vi khuẩn Gram dương. Vi khuẩn Gram âm như là Vibrio cholera, Escherichia coli, và nhiều loại
khác cũng đều có thể tiết ra các nội độc tố. Những loại bệnh nghiêm trọng do ngoại độc tố gây ra
gồm bệnh than, ngộ độc thịt (botulism), uốn ván, dịch tả.
Độc tố thần kinh (neurotoxin) là các chất ngoại độc tố tấn công lên các dây thần kinh và các
tấm vận động (motor endplate) gây nên bại liệt (paralysis). Độc uốc ván và chất độc thịt là
những ví dụ điển hình.
Độc tố ruột (enterotoxin) là ngoại độc tố tấn công lên hệ tiêu hóa để gây nên bệnh tiêu chảy.
Chất ngoại độc tố này gây ức chế việc tái hấp thu NaCl, làm tăng tiết NaCl, hoặc làm chết đi các