Đăng ký Đăng nhập
Trang chủ Giáo dục - Đào tạo Cao đẳng - Đại học Y dược Tối ưu quy trình phân tích gen nphs2 trên mẫu máu bệnh nhân nhi mắc hội chứng th...

Tài liệu Tối ưu quy trình phân tích gen nphs2 trên mẫu máu bệnh nhân nhi mắc hội chứng thận hư tiên phát

.PDF
58
75
129

Mô tả:

an d Ph a NGUYỄN THỊ THÙY LINH rm ac y, VN KHOA Y DƯỢC U ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI ol of Me dic ine TỐI ƯU QUY TRÌNH PHÂN TÍCH GEN NPHS2 TRÊN MẪU MÁU BỆNH NHÂN NHI MẮC HỘI CHỨNG THẬN HƯ TIÊN PHÁT Co py rig ht @ Sc ho KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH Y ĐA KHOA HÀ NỘI - 2018 U ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI an d Ph a NGUYỄN THỊ THÙY LINH rm ac y, VN KHOA Y DƯỢC ol of Me dic ine TỐI ƯU QUY TRÌNH PHÂN TÍCH GEN NPHS2 TRÊN MẪU MÁU BỆNH NHÂN NHI MẮC HỘI CHỨNG THẬN HƯ TIÊN PHÁT Sc ho KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH Y ĐA KHOA Khóa: QH 2012.Y 2. ThS. BS. Vũ Vân Nga Co py rig ht @ Người hướng dẫn: 1. ThS. Phạm Thị Hồng Nhung HÀ NỘI - 2018 U LỜI CẢM ƠN rm ac y, VN Trước tiên, tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành và sâu sắc tới ThS. Phạm Thị Hồng Nhung – Giảng viên Khoa Y Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội, ThS. Vũ Vân Nga - Giảng viên Khoa Y Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội, những người thầy đã luôn hướng dẫn chỉ bảo tận tình, cho tôi nhiều ý kiến nhận xét quý báu cũng như truyền đạt cho tôi tinh thần học hỏi, làm việc nghiêm túc trong quá trình tôi thực hiện khóa luận này. an d Ph a Tôi xin chân thành cảm ơn TS. Vũ Thị Thơm – Giảng viên khoa Y Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội, người thầy luôn tận tâm giúp đỡ tôi trong quá trình học tập nghiên cứu, tạo điều kiện thuận lợi cũng như luôn sẵn sàng giải đáp mọi thắc mắc để tôi có thể hoàn thành khóa luận này. Me dic ine Để thực hiện tốt khóa luận này, tôi trân trọng cảm ơn sự tài trợ của Đại học Quốc gia Hà Nội cho đề tài mã số QG.16.23. Trong quá trình học tập, làm việc và thực hiện khóa luận, tôi đã nhận được sự giúp đỡ của các thầy cô và các bạn sinh viên làm việc tại thực tập tại Phòng thí nghiệm Bộ môn Y dược học cơ sở – Khoa Y Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội. Tôi xin chân thành cảm ơn. ol of Tôi xin gửi lời cảm ơn tới Ban chủ nhiệm khoa, cùng toàn thể các thầy cô giáo trong Khoa Y dược- Đại học Quốc gia Hà Nội đã cho tôi những kiến thức quý báu trong quá trình học tập tại trường. Hà Nội, ngày 29 tháng 05 năm 2018 Co py rig ht @ Sc ho Cuối cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới gia đình và bạn bè đã luôn bên cạnh, động viên, khích lệ tôi trong lúc khó khăn cũng như trong quá trình thực hiện khóa luận này. Nguyễn Thị Thùy Linh U DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT Base pair (Cặp bazơ nitơ) ADN Deoxyribo Nucleic Acid (Axit Deoxynucleic) dNTP Deoxynucleotide triphosphate DHPLC Denaturing high performance liquid chromatography (Sắc kí y, rm ac lỏng cao áp biến tính) Ethylene Diamine Tetra Acetic acid (Axit ethylene diamine tetraacetic) Ph a EDTA VN bp Hội chứng thận hư HCTHTP Hội chứng thận hư tiên phát Kb kilobase (= 1000 bp) NCBI National Center for Biotechnology Information (Trung tâm ine an d HCTH dic Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia – Mỹ) Gen mã hóa cho protein podocin NHLBI National Heart, Lung and Blood Instiute (Viện tim, phổi và Me NPHS2 máu quốc gia) Optical density (Mật độ quang học) PCR Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi polymerase) RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism (Đa hình độ dài ho ol of OD SNP @ SSCP Sc đoạn cắt giới hạn) Single strand conformation poly morphism (Phân tích đa hình cấu hình sợi đơn) Short Tandem Repeat (Các đoạn lặp ngắn) TAE Đệm Tris base/axit acetic/ EDTA UTR Untranslated region (Vùng không dịch mã) rig ht STR py Co Single nucleotide polymorphism (Đa hình đơn nucleotit) VN U DANH MỤC CÁC BẢNG BIỂU Trang Trình tự mồi nhân dòng gen NPHS2 .............................................. 20 Bảng 2 Thành phần và điều kiện phản ứng PCR của gen NPHS2.............. 30 Bảng 3 Tổng hợp các SNP thuộc gen NPHS2 của 149 bệnh nhân ............. 32 Bảng 4 Các đột biến sai nghĩa thuộc gen NPHS2 trong nghiên cứu .......... 33 Bảng 5 Các đột biến vô nghĩa thuộc gen NPHS2 trong nghiên cứu ........... 33 Bảng 6 Tần số kiểu gen và tần số alen của 6 SNP xuất hiện alen đột biến ...34 Co py rig ht @ Sc ho ol of Me dic ine an d Ph a rm ac y, Bảng 1 U DANH MỤC CÁC HÌNH ẢNH VN Trang Tỉ lệ mắc hội chứng thận hư ở một số nước ................................ 4 Hình 1.2 Cơ chế bệnh học HCTH ............................................................... 5 Hình 1.3 Gen NPHS2 và protein podocin ................................................... 8 Hình 1.4 Tế bào biểu mô có chân trên màng đáy cầu thận và tương tác giữa các protein cấu tạo nên tế bào ....................................................... 9 Hình 1.5 Các đột biến trên protein podocin được mã hóa bởi gen NPHS2.... 10 Hình 2.1 Sơ đồ thí nghiệm nghiên cứu ....................................................... 23 Hình 3.1 Kết quả điện di ADN tổng số trên gel agarose 0,7% ................... 25 Hình 3.2 Kết quả điện di sản phẩm PCR tối ưu nhiệt độ gắn mồi trên 6 exon gen NPHS2 .......................................................................................... 27 Hình 3.3 Kết quả điện di sản phẩm PCR tối ưu nồng độ mồi trên 6 exon gen NPHS2 .................................................................................... 28 Hình 3.4 Kết quả điện di sản phẩm PCR với nồng độ ADN khác nhau trên 6 exon gen NPHS2 ........................................................................ 29 Hình 3.5 Kết quả điện di sản phẩm PCR của 6 exon gen NPHS2 sau khi tối ưu .................................................................................................. 29 Hình 3.6 Một số kết quả giải trình tự gen NPHS2 ...................................... 31 ho ol of Me dic ine an d Ph a rm ac y, Hình 1.1 Co py rig ht @ Sc Hình 3.7 Số lượng đột biến trên 6 exon đầu tiên của gen NPHS2 ............... 31 VN U MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN y, DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT rm ac DANH MỤC CÁC BẢNG BIỂU DANH MỤC CÁC HÌNH ẢNH ĐẶT VẤN ĐỀ .................................................................................................. 1 Ph a CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ........................................................ 3 1.1. TỔNG QUAN VỀ HỘI CHỨNG THẬN HƯ TIÊN PHÁT ........ 3 an d 1.1.1. Khái niệm và đặc điểm dịch tễ học ..................................................... 3 1.1.2. Cơ chế sinh bệnh học .......................................................................... 4 1.1.3. Biến chứng của liệu pháp corticosteroid trong điều trị HCTHTP ...... 5 ine 1.1.4. Tổng quan về gen liên quan đến hội chứng thận hư tiên phát ............ 6 dic 1.2. TỔNG QUAN VỀ GEN NPHS2 ............................................... 8 1.2.1. Vị trí, cấu trúc, vai trò của gen NHPS2............................................... 8 Me 1.2.2. Đa hình di truyền gen NPHS2 ............................................................. 9 of 1.3. CÁC NGHIÊN CỨU VỀ ĐA HÌNH DI TRUYỀN GEN NPHS2 Ở BỆNH NHÂN MẮC HCTHTP ................................................... 11 ol 1.4. CÁC PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH ĐA HÌNH DI TRUYỀN ĐƠN NUCLEOTIT ....................................................................... 13 ho CHƯƠNG 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ......... 18 Sc 2.1. VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU .................................................... 18 2.1.1. Đối tượng nghiên cứu........................................................................ 18 @ 2.1.2. Hóa chất............................................................................................. 18 2.1.3. Thiết bị .............................................................................................. 19 ht 2.1.4. Thời gian và địa điểm nghiên cứu..................................................... 19 Co py rig 2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ........................................... 19 2.2.1. Thu thập và bảo quản mẫu sinh phẩm............................................... 20 2.2.2. Tách chiết và kiểm tra chất lượng ADN tổng số .............................. 20 U 2.2.3. Nhân dòng 6 exon của gen NPHS2 bằng PCR ................................. 21 VN 2.2.4. Xác định kiểu gen 6 exon của gen NPHS2 bằng giải trình tự .......... 23 2.2.5. Xác định tần số của các SNP thuộc gen NPHS2............................... 23 y, 2.3. ĐẠO ĐỨC NGHIÊN CỨU .................................................... 24 rm ac CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ ............................................................................... 26 3.1. TÁCH CHIẾT ADN TỔNG SỐ ............................................. 26 3.2. NHÂN DÒNG 6 EXON CỦA GEN NPHS2 BẰNG PCR ........ 26 Ph a 3.3. XÁC ĐỊNH KIỂU GEN 6 EXON CỦA GEN NPHS2 BẰNG GIẢI TRÌNH TỰ .......................................................................... 30 an d 3.4. TẦN SỐ ALEN CỦA CÁC ĐA HÌNH XUẤT HIỆN TRONG NGHIÊN CỨU .............................................................................. 33 CHƯƠNG 4. BÀN LUẬN ............................................................................. 34 ine 4.1. VỀ TỐI ƯU HÓA QUY TRÌNH PHÂN TÍCH 6 EXON ĐẦU CỦA GEN NPHS2 ........................................................................ 34 dic 4.2. VỀ PHÂN TÍCH KẾT QUẢ SNP XÁC ĐỊNH ĐƯỢC TRÊN 6 EXON ...................................................................................... …36 Me KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ...................................................................... 40 4.1. KẾT LUẬN............................................................................ 40 of 4.2. KIẾN NGHỊ ........................................................................... 40 ol TÀI LIỆU THAM KHẢO ................................................................................ Co py rig ht @ Sc ho PHỤ LỤC ........................................................................................................... U VN ĐẶT VẤN ĐỀ Co py rig ht @ Sc ho ol of Me dic ine an d Ph a rm ac y, Hội chứng thận hư tiên phát (HCTHTP) là bệnh cầu thận mạn tính thường gặp nhất ở trẻ em và là yếu tố nguy cơ chính dẫn đến suy giảm chức năng thận [14, 65]. Cho đến nay, các phương pháp điều trị bệnh chủ yếu là liệu pháp corticosteroid, thuốc ức chế miễn dịch và ghép thận. Theo tiêu chuẩn lâm sàng, HCTH được phân loại dựa vào đáp ứng của bệnh nhân với liệu pháp corticosteroid gồm hai nhóm: nhạy cảm và kháng corticosteroid [14, 38]. Phần lớn bệnh nhân mắc HCTHTP thường rất cảm thụ với liệu pháp này, tuy nhiên việc điều trị kéo dài bằng corticosteroid gây ra nhiều tác dụng phụ như hội chứng Cushing, tăng huyết áp, đục thủy tinh thể, glaucoma, loãng xương, chậm phát triển thể chất [12]. Bên cạnh đó, một tỉ lệ không nhỏ (10 – 20% trường hợp) bệnh nhân mắc HCTHTP kháng corticosteroid có nguy cơ cao tiến triển thành bệnh thận giai đoạn cuối [58]. Nhiều trường hợp kháng corticosetorid được chứng minh là do đột biến gen gây ảnh hưởng tới chức năng và sự biệt hóa của tế bào podocyte (tế bào biểu mô có chân trên màng đáy cầu thận). Bệnh có tỷ lệ tái phát cao, diễn biến điều trị lâu dài tạo ra sự lo lắng, chán nản và tiêu tốn nhiều tiền của cho bệnh nhân và gia đình người bệnh [6]. Trên thế giới, nhiều công trình nghiên cứu về HCTHTP đã được thực hiện để xác định nguyên nhân, cơ chế biểu hiện bệnh cũng như tính di truyền của bệnh. Những nghiên cứu áp dụng tiến bộ của di truyền học phân tử trong vài năm qua đã chứng minh có nhiều gen liên quan đến HCTHTP kháng corticosteroid, trong đó các đột biến của gen NPHS2 mã hóa cho protein podocin đóng vai trò quan trọng [49, 60]. Các nhà khoa học đã xác định được tổng cộng 89 đột biến điểm trên 8 exon của gen NPHS2, trong đó 56 đột biến tập trung từ exon 1 đến exon 6 được chứng minh có liên quan chặt chẽ tới HCTHTP [41]. Vì vậy, việc xác định các đột biến của gen NPHS2 nhằm tìm hiểu mối liên quan giữa di truyền với đáp ứng thuốc có thể hỗ trợ các bác sĩ lâm sàng quyết định phác đồ điều trị thích hợp cho từng bệnh nhân, hạn chế nhiều biến chứng do thuốc và giảm 1 rm ac y, VN U chi phí điều trị [43]. Đây chính là xu hướng tối ưu hóa điều trị theo từng cá thể, tích hợp xét nghiệm di truyền học trong phác đồ điều trị bệnh nhân. Tại Việt Nam chưa có nghiên cứu nào về các đa hình thái của gen NPHS2 cũng như quy trình phân tích gen này. Từ nhu cầu lâm sàng và tính cấp thiết của nghiên cứu xây dựng các phương pháp mới trong chẩn đoán, điều trị bệnh nhân mắc HCTHTP, chúng tôi tiến hành đề tài “Phân tích gen NPHS2 trên mẫu máu bệnh nhân nhi mắc hội chứng thận hư tiên phát”. Ph a 1. Mục tiêu nghiên cứu: an d - Xây dựng quy trình phân tích các đa hình di truyền nằm trong exon 1 đến exon 6 thuộc gen NPHS2 ở bệnh nhân nhi mắc HCTHTP ở Việt Nam. - Xác định tần số các đa hình gen NPHS2 trên 149 bệnh nhân nhi mắc HCTHTP ở Việt Nam. ine 2. Nội dung nghiên cứu: Co py rig ht @ Sc ho ol of Me dic - Tối ưu hóa phản ứng PCR nhân dòng exon 1 đến exon 6 thuộc gen NPHS2. - Giải trình tự và xác định các đa hình gen NPHS2. - Áp dụng quy trình phân tích gen để khảo sát tần số kiểu gen và tần số alen trên 149 bệnh nhân nhi mắc HCTHTP ở Việt Nam. 2 VN U CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU TỔNG QUAN VỀ HỘI CHỨNG THẬN HƯ TIÊN PHÁT 1.1. y, 1.1.1. Khái niệm và đặc điểm dịch tễ học Co py rig ht @ Sc ho ol of Me dic ine an d Ph a rm ac Hội chứng thận hư là biểu hiện thường gặp của bệnh cầu thận nguyên phát, diễn biến kéo dài nhiều năm với các đợt bột phát, xen lẫn những thời kỳ thuyên giảm. Đây là một hội chứng lâm sàng và sinh hóa xuất hiện ở nhiều bệnh do tổn thương ở cầu thận đặc trưng bởi phù, protein niệu cao, protein máu giảm, rối loạn lipid máu và có thể đái ra mỡ [6]. Hội chứng thận hư tiên phát là HCTH không có nguyên nhân rõ ràng, khởi phát sớm nhất trên 3 tháng tuổi, với 3 hình thái bệnh lí tổn thương cầu thận: tổn thương tối thiểu, xơ cứng hoặc hyalin hoá cục bộ hoặc một phần và tăng sinh gian mạch lan toả. Bệnh hay gặp ở tuổi tiền học đường hoặc học đường (5 – 10 tuổi) [8]. Hội chứng thận hư kháng steroid (Steroid-resistant nephrotic syndrome - SRNS) được định nghĩa là một tình trạng bệnh nhân mắc hội chứng thận hư không đạt được sự thuyên giảm sau điều trị đầy đủ theo liệu pháp corticosteroid tiêu chuẩn. Hội chứng thận hư kháng corticosteroid chiếm khoảng 10% - 15% hội chứng thận hư ở trẻ em và có xu hướng tiến triển đến giai đoạn cuối của bệnh thận trong vòng 10 năm [44]. Khi đó bệnh nhân cần được điều trị bằng lọc máu và ghép thận với chi phí cao. Tỷ lệ mắc HCTHTP thay đổi theo tuổi, giới, chủng tộc, địa dư và cơ địa. Tuổi mắc bệnh trung bình ở trẻ em Việt Nam là 8,7 ± 3,5 (tuổi đi học) trong khi đó một số nghiên cứu trên thế giới cho thấy tuổi mắc bệnh thấp hơn thường gặp ở trẻ em trước tuổi đi học. Trẻ nam gặp nhiều hơn trẻ nữ (tỷ lệ 2:1). Về chủng tộc, trẻ em Châu Á bị bệnh nhiều hơn Châu Âu (với tỷ lệ 6:1); trẻ em Châu Phi ít mắc HCTHTP, nhưng nếu trẻ em da đen mắc HCTHTP thì thường bị kháng corticosteroid [52]. Ở Mỹ, tỉ lệ mắc mới hàng năm ước tính 2,0 – 2,7/100.000 ca, tỉ lệ hiện mắc là 16/100.000 người. Tại Anh, hàng năm tỉ lệ mới mắc của trẻ em gốc Á (Đông Nam Á, Nhật, Ấn Độ) cao gấp 6 lần trẻ em châu Âu (Hình 1.1 thể hiện tỉ lệ mắc HCTH ở một số nước trên thế giới). Ở nước ta, tại các khoa Nhi 3 dic ine an d Ph a rm ac y, VN U bệnh viện đa khoa tỉnh, số trẻ em mắc hội chứng thận hư (HCTH) chiếm khoảng 0.5 – 1% tổng số bệnh nhi điều trị nội trú và chiếm 10 – 30% tổng số bệnh nhi bị các bệnh thận. Tại Bệnh viện Nhi Trung Ương số bệnh nhân bị thận hư chiếm gần 2% tổng số bệnh nhân và chiếm 40% tổng số bệnh nhân của khoa thận [1, 10]. Me Hình 1.1. Tỉ lệ mắc hội chứng thận hư ở một số nước trên thế giới [27] of 1.1.2. Cơ chế sinh bệnh học Co py rig ht @ Sc ho ol Cơ chế sinh bệnh học của HCTHTP đến nay vẫn chưa được biết đầy đủ. Tuy nhiên, nhiều nghiên cứu cho thấy có sự rối loạn chức năng của tế bào lympho T dẫn đến sự rối loạn đáp ứng miễn dịch. Các protein đặc biệt là các Albumin xuất hiện trong nước tiểu là do biến đổi cấu trúc màng lọc, mở rộng lỗ lọc và mất điện tích âm màng đáy. Một số bệnh nhân mang điện tích dương trong huyết tương và các phân tử protein này có thể trung hòa điện tích âm trên thành mao mạch cầu thận. Ngoài ra một số nghiên cứu còn cho thấy có vai trò của yếu tố di truyền trong cơ chế sinh bệnh học HCTHTP. Gần đây người ta thấy rằng sự thay đổi của các phân tử creatin bộc lộ trên chân lồi của các tế bào biểu mô có chân, đặc biệt là nephrin, podocin và α-actin cũng có vai trò gây xuất hiện protein niệu [4]. Hình 1.2 mô tả cơ chế gây mất albumin từ máu ra nước tiểu trong HCTH. 4 U VN y, rm ac Ph a an d Hình 1.2. Cơ chế bệnh học HCTH [53] Hầu hết các bệnh nhân bị HCTH kháng corticosteroid không rõ nguyên nhân. Tuy nhiên 1/4 đến 1/3 trường hợp HCTH kháng corticosteroid ở trẻ em hoặc HCTH bẩm sinh được chứng minh trong các nghiên cứu có nguyên nhân do gen làm ảnh hưởng tới sự biệt hóa và chức năng của tế bào podocyte [33]. ine 1.1.3. Biến chứng của liệu pháp corticosteroid trong điều trị HCTHTP Thần kinh, tâm thần: rối loạn tâm thần, trầm cảm. Tim mạch: tăng huyết áp, suy tim mất bù. Tiêu hóa: bệnh lý dạ dày – tá tràng (loét, chảy máu, thủng), viêm tụy. Nội tiết: hội chứng Cushing, chậm phát triển ở trẻ em. Chuyển hóa: tăng glucose máu, đái tháo đường, mất kali. Co py rig ht - @ Sc ho ol of Me dic Những bằng chứng về rối loạn miễn dịch là cơ sở để sử dụng corticosteroid và các thuốc ức chế miễn dịch khác trong điều trị HCTHTP. Khi chưa có corticosteroid, một tỉ lệ lớn bệnh nhân bị HCTH chết hoặc tiến triển đến bệnh thận giai đoạn cuối nhanh chóng. Từ năm 1950, corticosteroid đã được sử dụng trong điều trị HCTH giúp giảm tỉ lệ tử vong trẻ em bị HCTH xuống còn khoảng 3%. Corticosteroid có tác dụng giảm viêm ở cầu thận trong điều trị HCTHTP, từ đó các triệu chứng bệnh sẽ giảm hoặc mất hoàn toàn. Với những trẻ bị HCTH giai đoạn đầu, 90% trẻ đáp ứng với liệu pháp corticosteroid [45]. Tuy nhiên, bệnh có khả năng tái phát cao, vì vậy cần theo dõi lâu dài và tuân thủ phác đồ một cách chính xác. Mặt khác, điều trị bằng corticosteroid trong thời gian dài cũng gây ra nhiều biến chứng nghiêm trọng như [12, 45]: 5 rm ac y, VN U - Cơ xương khớp: loãng xương, hoại tử vô khuẩn chỏm xương đùi, yếu cơ, nhược cơ. - Mắt: Glaucoma, đục thủy tinh thể dưới bao. - Da: trứng cá, teo da, ban, tụ máu, đỏ mặt, chậm liền sẹo. - Nhiễm khuẩn. - Tai biến do ngừng thuốc đột ngột: suy thượng thận cấp. ho ol of Me dic ine an d Ph a Bên cạnh đó, nhiều nghiên cứu về HCTHTP đã được thực hiên cho thấy tỉ lệ bệnh nhân HCTH kháng thuốc là 10 – 20% và có xu hướng ngày càng tăng [11, 31]. Theo kết quả nghiên cứu của Lê Nam Trà và cộng sự trên 42 trẻ bị HCTHTP kháng corticosteroid được điều trị bằng methylprenisolon liều cao truyền tĩnh mạch, tỉ lệ thuyên giảm hoàn toàn là 33,3%, thuyên giảm một phần là 30,9% và không đáp ứng là 35,7% [8]. Những nghiên cứu mới về phân tích đột biến gen mã hóa tổng hợp các protein tham gia cấu trúc màng lọc cầu thận đã phần nào chứng minh giả thiết nguyên nhân gây kháng thuốc do gen. Bằng chứng là sự di truyền khả năng đáp ứng và không đáp ứng với corticosteroid ở các bệnh nhân mắc hội chứng thận hư đang ngày càng được công nhận [30]. Vấn đề cơ chế nào dẫn đến việc những bệnh nhân này ban đầu đáp ứng với corticosteroid nhưng sau đó lại kháng với corticosteroid (hiện tượng kháng corticosteroid muộn) cũng được đặt ra. Vì vậy, xét nghiệm gen di truyền đang ngày càng trở thành một công cụ có giá trị trong việc xác định các đột biến gen có liên quan đến hội chứng thận hư và sự di truyền tính kháng steroid, từ đó có được hướng điều trị hiệu quả và trong tương lai có thể tránh những trường hợp sinh thiết thận không phù hợp [13]. Co py rig ht @ Sc 1.1.4. Tổng quan về gen liên quan đến hội chứng thận hư tiên phát Hơn hai thập kỉ qua, cơ sở phân tử của HCTH kháng corticosteroid đã được nghiên cứu trên cả trường hợp mắc HCTH kháng corticosteroid có tính chất gia đình và những trường hợp ngẫu nhiên. Các đột biến trên gen mã hóa cho các protein ở tế bào biểu mô có chân (podocyte) được mô tả như là nguyên nhân của HCTH kháng corticosteroid di truyền. Đến nay, các đột biến ở 10 gen (NPHS1, NPHS2, PLCE1, CD2AP, ACTN4, TRPC6, INF2, MYO1E, PTPRO và ARHGDIA) liên quan đến các dạng khác nhau của HCTH kháng corticosteroid đã được mô tả và 11 gen khác cũng được xác định là có liên 6 Sc ho ol of Me dic ine an d Ph a rm ac y, VN U quan (WT1, LMX1B, LAMB2, ITGB4, SCARB2, COQ2, PDSS2, MTTL1, SMARCA, MYH9 và NXF5) [23]. Kết quả của các nghiên cứu đã thực hiện trên thế giới chỉ ra các gen sau đây là nguyên nhân phổ biến nhất trong HCTH kháng corticosteroid: - Đột biến gen NPHS1 mã hóa nephrin của tế bào podocyte, thường gặp ở lứa tuổi nhỏ, đặc biệt trong HCTH bẩm sinh thể Phần Lan [31, 36]. - Đột biến gen NPHS2 mã hóa protein podocin của tế bào podocyte, thường gặp ở lứa tuổi lớn và HCTH kháng thuốc có tính chất gia đình. Đột biến gen NPHS2 gặp khoảng từ 10 – 30 % trẻ bị HCTH kháng thuốc ở Châu Âu và Trung Đông, ngược lại tỉ lệ này lại ít ở trẻ em Mỹ gốc Phi [37, 54, 60, 69]. - WT1 mã hóa cho sự di truyền ức chế protein của khối u liên quan đến phát triển thận và hệ sinh dục. Đột biến gen WT1-Wilm’tumor có thể gặp ở tất cả các trường hợp bị HCTH tiên phát kháng corticosteroid [36, 59]. - Gen ít gặp hơn là LAMB2 mã hóa lamin beta 2, PLCE1 mã hóa phospholipase C epsilon và TRP6 mã hóa cho kênh dẫn truyền canxi nằm trên màng lipid tạo thành một phức hệ với podocin quy định cơ chế cảm nhận của màng lọc cầu thận [36]. - Đột biến gen NPHS3 và đột biến ở gen epsilon phospholipase C (PLCE1 hay NPHS3) thường kết hợp với HCTH bẩm sinh và xơ hóa gian mạch lan tỏa [35]. - Các gen khác gồm ACTN4 mã hóa alpha-actinine 4, TRPC6 mã hóa cho kênh dẫn truyền canxi nằm trên màng lipid và INF2 mã hóa protein điều hòa actin, các gen này gây HCTH di truyền trội với xơ hóa cầu thận cục bộ thường xuất hiện ở trẻ vị thành niên và người trẻ tuổi [68]. Co py rig ht @ Trên cơ sở các nghiên cứu này, các đột biến của gen NPHS2 được mô tả là một trong các nguyên nhân quan trọng trong cơ chế kháng thuốc ở bệnh nhân mắc HCTHTP và được tìm thấy ở các quần thể khác nhau với tần số và mức độ biểu hiện khác nhau [20, 25]. Vì vậy, nghiên cứu của chúng tôi lựa chọn phân tích gen NPHS2 là bước đầu cho những nghiên cứu tiếp theo về mối liên quan giữa các đột biến tìm thấy với đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, đáp ứng điều trị và tiên lượng ở bệnh nhân người Việt Nam mắc HCTHTP. 7 VN U 1.2. TỔNG QUAN VỀ GEN NPHS2 1.2.1. Vị trí, cấu trúc, vai trò của gen NHPS2 dic ine an d Ph a rm ac y, Gen NPHS2 ở người được xác định vị trí vào năm 2000, có độ dài khoảng 25 kb trên vai dài nhiễm sắc thể số 1 (1q25-q31) và bao gồm 8 exon [21] (Hình 1.3). Co py rig ht @ Sc ho ol of Me Hình 1.3. Gen NPHS2 và protein podocin. A. Vị trí của gen NPHS2 trên nhiễm sắc thể số 1. B. Cấu trúc các đoạn exon và intron của gen NPHS2 mã hóa protein Podocin. Các exon được kí hiệu bằng hình chữ nhật màu đen, các intron được thể hiện bằng đường gạch nối giữa các exon. UTR là vùng không dịch mã. C. Cấu trúc protein podocin. (Nguồn: Genetics in Medicine) NPHS2 mã hóa cho protein podocin, hầu như chỉ biểu hiện ở tế bào podocyte trên cầu thận. Podocyte là tế bào biểu mô biệt hóa bao quanh mặt ngoài của màng lọc cầu thận (Hình 1.4). Những tế bào này phân ngón thành những chân bám vào mặt ngoài màng đáy, khe giữa các chân giả tạo ra những lỗ lọc đường kính khoảng n Å cho dịch lọc đi qua. Podocin là một protein màng, cấu tạo từ 383 axit amin và trọng lượng 42 kD, thuộc họ stomatin có cấu trúc giống như kẹp tóc, cả hai đầu của phân tử protein podocin đều nằm trong tế bào chất. Podocin tồn tại dưới dạng oligo trên màng lipid kép và tập trung nhiều ở các khe của màng lọc cầu thận, nơi nó tương tác với các protein khác như CD2AP hay nephrin [20]. 8 U VN y, rm ac Ph a an d ine dic of Me Hình 1.4. Tế bào biểu mô có chân trên màng đáy cầu thận và tương tác giữa các protein cấu tạo nên tế bào (Nguồn: Diagnostic Pathology: Kidney diseases E-Book by Robert B Colvin, Anthony Chang) Co py rig ht @ Sc ho ol 1.2.2. Đa hình di truyền gen NPHS2 Kruglyak và Nickerson (2001) ước tính rằng hai hệ gen người bình thường trung bình giống nhau về trình tự các nucleotit tới 99,9%. Trong phần khác biệt di truyền còn lại thì đến 90% là các đa hình đơn nucleotit (single nucleotit polymorphism, viết tắt là SNP) [46]. SNP là đột biến thay thế một nucleotit trong trình tự ADN với tần số lớn hơn 1% trong quần thể. Nhiều nghiên cứu đến nay cho thấy hầu hết các SNP phổ biến chỉ có hai alen và khoảng 2/3 các SNP trong hệ gen người có nguồn gốc là các đột biến đồng hoán. SNP có ý nghĩa rất quan trọng vì nó là loại biến dị di truyền phổ biến và ổn định, hơn 99,9% trình tự hệ gen là giống nhau và sự biến đổi của phần còn lại được coi là có ảnh hưởng rất lớn đến việc bằng cách nào đó mà con người có sự phản ứng khác nhau với bệnh tật, với các nhân tố môi trường như vi khuẩn, vi rút, các độc tố và hóa chất, các thuốc và các liệu pháp điều trị khác 9 Me dic ine an d Ph a rm ac y, VN U nhau. Các SNP nằm trong vùng mã hóa của gen làm thay đổi cấu trúc và chức năng của protein được dịch mã là một trong những mục tiêu thường được phân tích nhằm chẩn đoán bệnh và lý giải cho việc tại sao mỗi người lại đáp ứng khác nhau với một loại thuốc trong cùng một điều kiện môi trường. Các điểm đa hình nucleotit này cho thấy tiềm năng không giới hạn trong việc nghiên cứu tác động của chúng đến con đường sinh bệnh học [61, 64]. Mặc dù tác động của từng SNP riêng rẽ đến sự hình thành bệnh là tương đối yếu nhưng sự tổ hợp của chúng có thể làm tăng đáng kể nguy cơ gây bệnh. Cùng với đó là sự liên quan đến khả năng đáp ứng thuốc, khả năng hấp thụ, chuyển hóa thuốc cũng như các phân tử khác [66]. Vì vậy, việc nghiên cứu mối liên hệ giữa các SNP này với sự hình thành bệnh là rất cần thiết nhằm tìm ra các chỉ thị di truyền đặc trưng cho từng quần thể. Do có cấu trúc đơn giản, chỉ thay đổi một nucleotit nên các kĩ thuật sinh học phân tử có thể phân tích nhanh chóng và hiệu quả kiểu gen của hàng trăm hay hàng ngàn cá nhân cho hàng trăm hay hàng ngàn SNP [47]. Các nhà di truyền học hy vọng rằng trong tương lai có thể hoàn thiện bản đồ các SNP có liên quan đến các bệnh lý, tiến đến việc giải mã chức năng của các gen ở mỗi cá thể giúp tiên lượng các nguy cơ mắc bệnh, từ đó có lời khuyên thích hợp trong vấn đề phòng bệnh đối với từng cá thể. Co py rig ht @ Sc ho ol of Nhiều dạng đa hình gen NPHS2 đã được xác định, trong đó chủ yếu là các SNP (Hình 1.5). Hình 1.5. Các đột biến trên podocin (Nguồn: Weber et al: Podocin gene mutation screening) 10 ho ol of Me dic ine an d Ph a rm ac y, VN U Các nhà khoa học đã xác định được 89 đột biến điểm trên 8 exon của gen NPHS2, trong đó 56 đột biến tập trung từ exon 1 đến exon 6 được chứng minh có liên quan chặt chẽ tới HCTHTP; còn 33 đột biến tập trung ở exon 7 và 8 chưa tìm được mối liên quan chặt chẽ nào với HCTHTP [41, 42]. Bên cạnh các nghiên cứu trên các exon, cũng có một số ít nghiên cứu về các đột biến trên intron của NPHS2, tuy nhiên chưa có mối liên hệ rõ ràng nào giữa các đột biến trên intron của gen này với HCTHTP kháng thuốc [34, 41]. Sáu mươi bảy biến thể đa hình của NPHS2 đã được công bố gồm 22 SNP thuộc vùng mã hóa, trong đó có 8 SNP làm thay đổi axit amin và 14 SNP không làm thay đổi axit amin. 45 đột biến còn lại nằm ở vùng không mã hóa gồm 13 thay đổi ở intron, 26 thay đổi ở vùng promoter và 6 thay đổi ở vùng 3 UTR. Đột biến p.R229Q (c.686G>A) thay thế nucleotit G thành A ở vị trí 686 trong exon 5 dẫn đến sự thay đổi axit amin arginine thành glutamine [21]. Vì vậy, các đặc điểm sinh học của chuỗi peptit được mã hóa đã thay đổi. Nghiên cứu invitro cho thấy podocin đã giảm đáng kể liên kết với nephrin [63]. Tỷ lệ xuất hiện alen p.R229Q (c.686G> A) phụ thuộc vào dân tộc: 0,030,13 ở châu Âu [25, 42, 63], và 0,005-0,025 ở các cá nhân từ gốc Phi Châu [29, 55, 63]. Các biến thể p.A61V (c.182C> T) và p.A242V (c.725C> T) là những SNP làm thay đổi protein mã hóa chủ yếu ở các cá nhân người Mỹ gốc Phi, với tần suất tương đối lần lượt là 0,015 và 0,076 (NHLBI Exome Sequencing Project). Năm 2011, Ren Q và Yu Sy trong nghiên cứu ở 35 bệnh nhân nhi và 30 người đối chứng khỏe mạnh đã phát hiện 3 SNP: 288C>T thể dị hợp ở exon 2, 945T>C thể đồng hợp và 1038A>G thể dị hợp ở exon 8 [56]. Sc 1.3. CÁC NGHIÊN CỨU VỀ ĐA HÌNH DI TRUYỀN GEN NPHS2 Ở BỆNH NHÂN MẮC HCTHTP Co py rig ht @ Trên thế giới, các nhà nghiên cứu đã tiến hành phân tích đa hình di truyền gen NPHS2 trên những nhóm bệnh nhân mắc hội chứng thận hư khác nhau. Năm 2000, Boute và cộng sự lần đầu phân tích đột biến gen NPHS2 đã phát hiện ra đột biến gen lặn trên nhiễm sắc thể thường ở các bệnh nhân người Mỹ với HCTH kháng thuốc [21]. Các nghiên cứu trước đây về tần số đột biến gen NPHS2 trong các quần thể khác nhau cho thấy chủng tộc đóng một vai trò quan trọng. Các đa hình di truyền gen NPHS2 đã được công bố có ảnh hưởng 11 Me dic ine an d Ph a rm ac y, VN U khác nhau đến các đặc điểm lâm sàng như protein niệu xuất hiện sớm, tiến triển nhanh đến bệnh thận giai đoạn cuối và sự khác biệt về thể mô bệnh học [19, 44, 65]. Tuy nhiên, không có sự đồng thuận về exon nào ảnh hưởng đến HCTH hơn hay đột biến trên exon nào có hại nhất [32]. Năm 2007, Berdeli nghiên cứu đột biến gen NPHS2 trên 295 trẻ em ở Thổ Nhĩ Kì mắc HCTHTP kháng thuốc thấy: 41 bệnh nhân (chiếm tỉ lệ 13,8%) có tiền sử gia đình và 254 bệnh nhân (chiếm 86,2%) là trường hợp ngẫu nhiên. Phân tích trên 8 exon của gen NPHS2 bằng phương pháp giải trình tự thấy có 53 đột biến, trong đó 37 đột biến mới. Tỷ lệ phát hiện đột biến là 24,7% trên tất cả các bệnh nhân, 29,2% ở nhóm có tiền sử gia đình và 24% ở nhóm ngẫu nhiên [18]. Trong nghiên cứu của Basiratnia và cộng sự năm 2013 trên 99 trẻ em mắc hội chứng thận hư ở Tây Nam Iran, sau khi phân tích kết quả trên hai nhóm là nhóm kháng corticosteroid (49 bệnh nhân) và nhóm nhạy cảm với corticosteroid (50 bệnh nhân), đã đề xuất phác đồ điều trị mới cho nhóm trẻ em mắc HCTH kháng thuốc dựa trên xác định các đột biến gen NPHS2 [51]. Joshi và cộng sự năm 2013 đã chỉ ra trong nghiên cứu của mình sự biểu hiện đa dạng về đột biến gen NPHS2 ở các chủng người và các quốc gia khác nhau. Từ đó đề xuất sự tiếp cận có hệ thống để kiểm tra di truyền cho từng bệnh nhân mắc HCTH kháng thuốc nhằm hỗ trợ các bác sĩ trong việc lựa chọn điều trị thích hợp [40]. Co py rig ht @ Sc ho ol of Mặc dù vậy, cũng có một số nghiên cứu phân tích các exon khác nhau của gen NPHS2 trên đối tượng bệnh nhân mắc HCTH lại không tìm thấy đột biến gen nào. Nghiên cứu của Dedi Rachmadi và cộng sự năm 2015 trên đối tượng bệnh nhân nhi mắc hội chứng thận hư kháng steroid ở Indonesia đã phân tích các đa hình di truyền trên các exon 1, 2 và 8 bằng phương pháp giải trình tự gen và mối liên quan với các biểu hiện lâm sàng. Kết quả cho thấy không có mối tương quan giữa 6 đa hình di truyền gen NPHS2 đã xác định được với các biểu hiện lâm sàng của bệnh nhân (p>0,05) và không tìm thấy đột biến mới. Tuy nhiên, tác giả cũng đưa ra kết luận trong nghiên cứu này chỉ có 28 trên 59 mẫu giải trình tự thành công do hạn chế về thời gian và tài chính [28]. Vì vậy có thể các exon khác của gen mã hóa cho protein podocin đóng vai trò trong cơ chế sinh bệnh học của hội chứng thận hư kháng 12
- Xem thêm -

Tài liệu liên quan

Tài liệu vừa đăng