Tài liệu Đề thi Tin Sinh học

Họ và tên: ……………………………. PHIẾU TRẢ LỜI CÂU HỎI MSSV: ……………………………….. Lớp: ……………………………......... Ngày thi: 06/05/2015 Đề thi số: 06 Câu hỏi 1a Môn: Tin sinh học, phần thực hành Điểm K Q 0.5 Trả lời 1b 0.5 2a 0.5 2b 0.5 3a 0.5 3b 0.5 4a 0.5 4b 0.5 4c 0.5 PHYLIP_1 5 6a gi|470467480|ref|NR 074177.1| 0.5 gi|146742931|gb|EF564663.1| 0.5 gi|485099060|ref|NR 102457.1| 0.5 gi|636559474|ref|NR 115534.1| 0.5 gi|636559654|ref|NR 115714.1| 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 6b 0.5 Đề số 06 ĐỀ THI MÔN TIN SINH HỌC Phần thực hành Thời gian làm bài 60 phút. (Sinh viên làm bài trên phiếu trả lời câu hỏi) Câu 1. Tải trình tự gene có mã số trên cơ sở dữ liê êu NCBI là EF564663 về máy dưới định dạng FASTA. Cho biết: a. Trình tự EF564663 thuô cê loài sinh vâ êt nào? (chỉ cần ghi tên loài, vd: Ganoderma glucidum) b. Kích thước của trình tự EF564663 là bao nhiêu bp? Câu 2. Tìm trên cơ sở dữ liê êu NCBI mô tê trình tự của mô êt loài khác có đô ê tương đồng cao với trình tự EF564663 bằng ứng dụng Blast của NCBI. Cho biết a. Trình tự mới tìm được trên thuô êc loài sinh vâ êt nào? (chỉ cần ghi tên loài, vd: Ganoderma glucidum) b. Đô ê tương đồng của trình tự tìm được với trình tự EF564663 là bao nhiêu? Câu 3. Dùng phần mềm DNAClub tìm các ORF và vẽ bản đồ enzyme cắt giới hạn cho trình tự gene EF564663. Trả lời các câu hỏi sau: a. Có bao nhiêu ORF trong trình tự EF564663? b. Enzyme EcoR I cắt trình tự EF564663 thành mấy đoạn? Kích thước mỗi đoạn? Câu 4. Dùng chương trình Primer 3 để thiết kế mồi cho gene EF564663 với các thông số sau: (1) Kích thước sản phẩm từ 400 bp đến 500 bp. (2) Kích thước primer từ 18 Nu đến 26 Nu, tối ưu là 22 Nu. (3) Tỉ lê ê GC dao đô êng trong khoảng 45% đến 65%, tối ưu 55%. Hãy cho biết các thông số của că êp mồi thứ 1 mà chương trình lựa chọn a. Vị trí bắt đầu? Kích thước? Nhiê êt đô ê nóng chảy của mồi xuôi? b. Vị trí bắt đầu? Kích thước? Nhiê êt đô ê nóng chảy của mồi ngược? c. Kích thước của sản phẩm PCR là bao nhiêu bp? Câu 5. Vẽ giản đồ phả hê ê của 5 vi sinh vâ êt dựa trên trình tự 16S rDNA bằng phần mềm Clustalx và TreeView. Sau đây là 5 trình tự 16S rDNA tương ứng với 5 loài vi sinh vâ êt: NR115714 (Bacillus cereus) NR115534 (Lactobacillus casei) EF564663 (Arthrospira maxima) NR102457 (Anabaena cylindrica) NR074177 (Methanospirillum hungatei) Hoàn thành giản đồ phả hê ê bên dưới bằng cách điền tên 5 vi sinh vâ êt vào 5 ô trống? PHYLIP_1 gi|470467480|ref|NR 074177.1| gi|146742931|gb|EF564663.1| gi|485099060|ref|NR 102457.1| gi|636559474|ref|NR 115534.1| gi|636559654|ref|NR 115714.1| Câu 6. Vẽ giản đồ phả hê ê của 5 dòng vi khuẩn (A, B, C, D, E) dựa trên gel điê ên di bên dưới bằng phần mềm BioDiversity. Thang chuẩn Dòng A Dòng B Dòng C Dòng D Dòng E 1000 bp 900 bp 800 bp 700 bp 600 bp 500 bp 400 bp 300 bp 200 bp 100 bp a. Hoàn thành giản đồ phả hê ê bên dưới bằng cách điền tên 5 dòng vi khuẩn vào 5 ô trống? b. Cho biết đô ê tương đồng giữa 2 dòng vi khuẩn D và E?